with questions or comments.Basepairing follows the paper Leontis, Stombaugh, Westhof Nucleic Acids Research 30 No. 16, August 15, 2002. See the FR3D Basepair catalog. Basepairs are either cis or trans, denoted c and t below. Each base can use one of three edges, the Waston-Crick edge (W), the Hoogsteen edge (H) or the Sugar edge (S). Basepairs listed below indicate which base is using which edge. For example, a line reading A108 G130 tSH would mean that A108 is using its Sugar Edge and G130 is using its Hoogsteen edge. In the case that both bases use the same edge, a capital letter indicates which base uses the edge in the dominant way. For perfectly symmetric basepairs such as AU cWW, the capital and lowercase letters are irrelevant. Bifurcated basepairs are indicated by the text bif. It does not indicate which base uses which edge.
Base stacking is divided into three subcategories, according to the faces used by each base. The faces are named this way: Imagine a base making a Watson-Crick basepair in a helical context. The side of the base that faces toward the 3' end of the strand is called the 3 face, while the side that faces the 5' end is called the 5 face. The stacking one finds in a helix is thus refered to as s35, meaning that the first base uses the 3 face and the second uses the 5 face. Two other types of stacking (s33 and s55) occur in other contexts.
Each pair is listed twice. For instance, if A108 G130 tSH is listed, then so is G130 A108 tHS. The order in which the edges are listed still corresponds to the base which is using that edge. Similarly with stacking. The chain is indicated in parentheses.
Starting from hairpin loops, cWW interactions are classified as being nested if they do not cross any previously established nested cWW pairs. The last column indicates, for all interactions, the number of nested cWW pairs crossed by the interaction (which may be visualized on the circular diagram of pairwise interactions).
Classification of basepairs and base stacking is done using the program FR3D developed by the Bowling Green State University RNA group, including Neocles Leontis, Craig L. Zirbel, Jesse Stombaugh, Ali Mokdad, and Michael Sarver.
Base-phosphate interactions are described in a forthcoming paper by the BGSU RNA group. See the catalog of FR3D Base-phosphate interactions. Backbone connectivity relations are denoted c35 or c53. c35 indicates that the first nucleotide uses its O3' atom to connect to the phosphorus of the second nucleotide and then to the O5' atom of the second nucleotide. c53 is used when the order of the nucleotides is reversed.
Backbone conformations are two-character codes which apply to the portion of the backbone shared by the two listed nucleotides. They are only listed once, with the nucleotides in increasing order. Nucleotides missing a base in the PDB file are omitted by FR3D. Conformations are calculated by Dangle and Suitename from the Richardson lab at Duke University.
Non-self interactions listed first, if any, then self interactions.
Please write to Craig L. Zirbel at with questions or comments.
1 C 38(A) - C 37(A) - H_9BPh - 0
2 U 40(A) - G 44(A) - W_5BPh - 0
3 C 42(A) - G 41(A) - H_9BPh - 0
4 C 43(A) - G 41(A) - H_9BPh - 0
5 G 96(A) - U 919(B) - S_1BPh - 553
6 A 108(A) - A 66(A) - H_7BPh - 41
7 U 12(B) - C 11(B) - H_9BPh - 0
8 A 13(B) - A 526(B) - W_6BPh - 0
9 G 17(B) - G 555(B) - S_1BPh - 514
10 G 26(B) - A 513(B) - W_5BPh - 0
11 G 48(B) - G 177(B) - W_5BPh - 0
12 U 112(B) - G 70(B) - W_5BPh - 13
13 G 117(B) - A 52(B) - W_4BPh - 0
14 A 119(B) - A 52(B) - W_6BPh - 0
15 A 119(B) - A 118(B) - H_0BPh - 0
16 U 120(B) - A 119(B) - H_9BPh - 0
17 G 124(B) - G 117(B) - W_5BPh - 5
18 C 128(B) - C 116(B) - H_7BPh - 11
19 C 140(B) - U 139(B) - H_9BPh - 0
20 G 189(B) - U 206(B) - W_4BPh - 0
21 A 195(B) - C 198(B) - H_7BPh - 0
22 A 195(B) - A 199(B) - W_6BPh - 0
23 A 196(B) - U 828(B) - SW_2BPh - 388
24 C 198(B) - A 197(B) - H_8BPh - 0
25 C 201(B) - U 200(B) - H_9BPh - 0
26 A 204(B) - A 191(B) - W_6BPh - 0
27 G 205(B) - A 190(B) - W_4BPh - 0
28 G 220(B) - A 428(B) - W_5BPh - 0
29 A 222(B) - U 234(B) - SW_2BPh - 0
30 G 232(B) - C 420(B) - W_4BPh - 6
31 A 241(B) - A 256(B) - W_6BPh - 0
32 G 242(B) - A 255(B) - W_4BPh - 0
33 G 247(B) - A 251(B) - W_3BPh - 0
34 C 249(B) - C 246(B) - W_6BPh - 0
35 C 249(B) - G 248(B) - H_0BPh - 0
36 G 254(B) - U 243(B) - W_4BPh - 0
37 A 270(B) - G 370(B) - SW_2BPh - 0
38 G 271(B) - A 270(B) - H_0BPh - 0
39 U 280(B) - A 279(B) - H_9BPh - 0
40 G 307(B) - A 310(B) - W_3BPh - 0
41 A 309(B) - A 330(B) - SW_2BPh - 8
42 A 311(B) - A 332(B) - SW_2BPh - 10
43 G 329(B) - A 501(B) - W_3BPh - 68
44 C 336(B) - C 334(B) - H_7BPh - 1
45 G 338(B) - C 323(B) - W_3BPh - 4
46 U 355(B) - A 354(B) - H_9BPh - 0
47 A 371(B) - A 402(B) - W_6BPh - 0
48 G 372(B) - A 401(B) - W_3BPh - 0
49 C 383(B) - G 386(B) - H_8BPh - 0
50 C 385(B) - A 384(B) - H_9BPh - 0
51 G 388(B) - G 247(B) - S_1BPh - 21
52 G 388(B) - G 386(B) - W_5BPh - 0
53 G 388(B) - U 390(B) - H_0BPh - 0
54 U 392(B) - A 391(B) - H_9BPh - 0
55 G 400(B) - U 373(B) - W_5BPh - 0
56 G 408(B) - U 224(B) - S_1BPh - 18
57 C 413(B) - A 412(B) - H_9BPh - 0
58 U 431(B) - A 430(B) - H_9BPh - 0
59 G 450(B) - A 454(B) - W_5BPh - 0
60 A 453(B) - G 458(B) - SW_2BPh - 0
61 C 455(B) - A 454(B) - H_9BPh - 0
62 C 455(B) - G 473(B) - W_6BPh - 0
63 A 457(B) - A 471(B) - W_6BPh - 0
64 G 458(B) - A 470(B) - W_5BPh - 0
65 C 461(B) - A 460(B) - H_9BPh - 0
66 G 463(B) - A 466(B) - W_4BPh - 0
67 G 469(B) - U 459(B) - W_5BPh - 0
68 G 476(B) - A 479(B) - W_3BPh - 0
69 A 477(B) - A 501(B) - W_6BPh - 4
70 C 484(B) - A 483(B) - H_8BPh - 0
71 G 489(B) - C1320(B) - S_1BPh - 697
72 G 489(B) - A1321(B) - W_3BPh - 696
73 G 500(B) - A 503(B) - W_4BPh - 0
74 A 501(B) - A 477(B) - W_6BPh - 4
75 A 507(B) - A 482(B) - W_6BPh - 0
76 C 516(B) - A 515(B) - H_8BPh - 0
77 C 527(B) - U2779(B) - H_7BPh - 9
78 G 539(B) - G 524(B) - S_1BPh - 14
79 C 557(B) - A 556(B) - H_8BPh - 0
80 G 561(B) - A 532(B) - S_1BPh - 0
81 U 568(B) - U 571(B) - W_5BPh - 0
82 G 570(B) - C2499(B) - W_4BPh - 126
83 U 573(B) - A 572(B) - H_9BPh - 0
84 U 573(B) - A2031(B) - W_5BPh - 13
85 G 585(B) - A1253(B) - W_4BPh - 0
86 G 600(B) - U 606(B) - S_1BPh - 5
87 G 605(B) - U 658(B) - S_1BPh - 2
88 C 610(B) - A 609(B) - H_9BPh - 0
89 A 614(B) - A 613(B) - SW_2BPh - 0
90 G 619(B) - A 608(B) - W_4BPh - 0
91 G 620(B) - G 619(B) - W_3BPh - 0
92 A 627(B) - A 637(B) - W_6BPh - 0
93 G 629(B) - C 640(B) - S_1BPh - 9
94 G 630(B) - A 633(B) - W_3BPh - 0
95 U 642(B) - C 645(B) - W_5BPh - 0
96 A 655(B) - A 603(B) - W_6BPh - 0
97 G 663(B) - G 940(B) - S_1BPh - 154
98 A 670(B) - G 669(B) - H_7BPh - 0
99 C 687(B) - A 788(B) - W_6BPh - 3
100 U 714(B) - C 717(B) - W_5BPh - 0
101 G 725(B) - A 705(B) - W_5BPh - 0
102 A 734(B) - A 699(B) - W_6BPh - 0
103 C 736(B) - A 735(B) - H_8BPh - 0
104 G 748(B) - A 750(B) - H_0BPh - 0
105 A 761(B) - A 734(B) - W_6BPh - 0
106 U 762(B) - A1431(B) - W_5BPh - 489
107 G 776(B) - C2072(B) - W_5BPh - 510
108 G 776(B) - A2241(B) - S_1BPh - 384
109 A 783(B) - G 784(B) - H_0BPh - 0
110 A 788(B) - A 685(B) - H_7BPh - 3
111 A 789(B) - A 752(B) - SW_2BPh - 26
112 C 791(B) - A 788(B) - H_7BPh - 0
113 G 801(B) - C 672(B) - W_3BPh - 2
114 U 803(B) - A 802(B) - H_9BPh - 0
115 A 804(B) - A 675(B) - W_6BPh - 0
116 G 805(B) - U 828(B) - W_4BPh - 22
117 C 806(B) - G 805(B) - H_8BPh - 0
118 U 811(B) - G1250(B) - W_5BPh - 0
119 G 818(B) - U1188(B) - W_5BPh - 0
120 A 821(B) - U 569(B) - SW_2BPh - 248
121 U 827(B) - A2430(B) - H_9BPh - 296
122 G 830(B) - U 807(B) - S_1BPh - 22
123 G 859(B) - A 917(B) - W_4BPh - 0
124 G 916(B) - U 860(B) - W_4BPh - 0
125 A 918(B) - G 81(A) - SW_2BPh - 568
126 A 918(B) - A2268(B) - W_6BPh - 357
127 U 934(B) - A 933(B) - H_9BPh - 0
128 G 956(B) - A 960(B) - W_3BPh - 0
129 U 958(B) - C 90(A) - W_5BPh - 559
130 G 969(B) - C 985(B) - S_1BPh - 15
131 A 973(B) - A 820(B) - W_6BPh - 0
132 C 985(B) - A 984(B) - H_8BPh - 0
133 G 989(B) - G 971(B) - W_5BPh - 17
134 G1034(B) - A1020(B) - S_1BPh - 13
135 C1064(B) - A1070(B) - H_7BPh - 0
136 U1066(B) - A1069(B) - W_5BPh - 0
137 A1077(B) - A1089(B) - W_6BPh - 10
138 C1079(B) - A1088(B) - H_8BPh - 8
139 U1083(B) - A1086(B) - W_5BPh - 0
140 U1094(B) - U1097(B) - W_5BPh - 0
141 C1104(B) - A1103(B) - H_9BPh - 0
142 G1110(B) - A1048(B) - W_3BPh - 0
143 G1120(B) - U1019(B) - W_3BPh - 5
144 G1125(B) - A1029(B) - W_3BPh - 0
145 A1126(B) - A1028(B) - W_6BPh - 0
146 G1128(B) - G2490(B) - H_0BPh - 530
147 A1133(B) - U1132(B) - H_0BPh - 0
148 G1154(B) - A1000(B) - W_5BPh - 0
149 C1158(B) - G1157(B) - H_9BPh - 0
150 G1186(B) - G 974(B) - S_1BPh - 0
151 G1187(B) - A 819(B) - W_3BPh - 0
152 G1191(B) - C 840(B) - S_1BPh - 3
153 A1205(B) - G 333(B) - W_6BPh - 318
154 G1215(B) - G 512(B) - W_3BPh - 497
155 G1248(B) - G 450(B) - W_4BPh - 435
156 U1255(B) - A2060(B) - W_5BPh - 657
157 A1265(B) - A2014(B) - W_6BPh - 0
158 G1266(B) - A2013(B) - W_3BPh - 0
159 G1271(B) - A 750(B) - S_1BPh - 501
160 A1272(B) - U 755(B) - W_6BPh - 496
161 A1287(B) - G1649(B) - SW_2BPh - 360
162 C1289(B) - G1288(B) - H_8BPh - 0
163 G1299(B) - A1640(B) - W_5BPh - 0
164 C1314(B) - U1313(B) - H_7BPh - 0
165 C1330(B) - U1329(B) - H_8BPh - 0
166 U1340(B) - U1602(B) - H_9BPh - 0
167 C1345(B) - U1344(B) - H_7BPh - 0
168 C1349(B) - C1348(B) - H_9BPh - 0
169 G1358(B) - U1372(B) - W_5BPh - 0
170 G1364(B) - A1367(B) - W_4BPh - 0
171 G1371(B) - A1359(B) - W_5BPh - 0
172 G1377(B) - A1353(B) - W_5BPh - 0
173 U1391(B) - U1394(B) - W_5BPh - 0
174 C1398(B) - U1397(B) - H_7BPh - 0
175 G1418(B) - A1579(B) - W_5BPh - 0
176 A1427(B) - A1571(B) - W_6BPh - 0
177 C1428(B) - A1570(B) - H_7BPh - 0
178 G1478(B) - C1558(B) - S_1BPh - 11
179 C1498(B) - U1497(B) - H_8BPh - 0
180 A1522(B) - A1469(B) - W_6BPh - 0
181 G1527(B) - A1544(B) - W_5BPh - 0
182 G1537(B) - G1538(B) - S_1BPh - 0
183 G1543(B) - A1528(B) - W_3BPh - 0
184 G1573(B) - A1383(B) - S_1BPh - 40
185 C1574(B) - G1573(B) - H_9BPh - 0
186 C1604(B) - A1603(B) - H_9BPh - 0
187 C1611(B) - A1610(B) - H_9BPh - 0
188 C1615(B) - A 750(B) - W_6BPh - 402
189 C1617(B) - A1614(B) - W_6BPh - 0
190 C1617(B) - C1615(B) - H_7BPh - 0
191 G1628(B) - C2699(B) - S_1BPh - 638
192 G1631(B) - A1634(B) - W_5BPh - 0
193 A1634(B) - C 698(B) - W_6BPh - 383
194 U1636(B) - A1635(B) - H_9BPh - 0
195 C1646(B) - A1274(B) - W_6BPh - 0
196 C1646(B) - A1275(B) - H_7BPh - 0
197 A1654(B) - G2049(B) - W_6BPh - 394
198 A1655(B) - C2050(B) - SW_2BPh - 394
199 C1656(B) - A1655(B) - H_8BPh - 0
200 G1661(B) - G2688(B) - S_1BPh - 627
201 G1667(B) - G1992(B) - W_4BPh - 1
202 C1670(B) - A1669(B) - H_9BPh - 0
203 U1671(B) - C1670(B) - H_9BPh - 0
204 U1671(B) - G1674(B) - W_5BPh - 2
205 A1676(B) - U1993(B) - SW_2BPh - 2
206 U1680(B) - C1764(B) - W_5BPh - 83
207 G1681(B) - G1763(B) - S_1BPh - 0
208 G1687(B) - A1700(B) - W_4BPh - 0
209 A1690(B) - A1978(B) - W_6BPh - 10
210 C1694(B) - U1693(B) - H_8BPh - 0
211 A1698(B) - A1689(B) - W_6BPh - 0
212 A1700(B) - G1767(B) - SW_2BPh - 66
213 G1719(B) - A1551(B) - S_1BPh - 135
214 G1740(B) - C1550(B) - W_3BPh - 144
215 G1743(B) - U1716(B) - W_4BPh - 0
216 G1753(B) - G1756(B) - W_4BPh - 0
217 G1756(B) - A1757(B) - H_0BPh - 0
218 C1761(B) - C1760(B) - H_8BPh - 0
219 G1763(B) - A1701(B) - W_4BPh - 19
220 A1780(B) - C 787(B) - H_7BPh - 237
221 A1784(B) - U1779(B) - W_6BPh - 0
222 A1787(B) - A1786(B) - H_7BPh - 0
223 G1799(B) - A1819(B) - W_4BPh - 0
224 C1804(B) - A1803(B) - H_9BPh - 0
225 G1807(B) - A1810(B) - W_3BPh - 0
226 G1814(B) - A1802(B) - W_5BPh - 0
227 A1815(B) - A1802(B) - W_6BPh - 0
228 C1830(B) - A1829(B) - H_9BPh - 0
229 C1838(B) - A1899(B) - H_8BPh - 2
230 U1859(B) - A1858(B) - H_9BPh - 0
231 G1869(B) - A1872(B) - W_3BPh - 0
232 G1884(B) - A1858(B) - W_3BPh - 0
233 U1886(B) - A1885(B) - H_9BPh - 0
234 A1918(B) - A1912(B) - W_6BPh - 0
235 C1920(B) - A1919(B) - H_9BPh - 0
236 G1929(B) - G1906(B) - H_0BPh - 0
237 G1930(B) - G1906(B) - H_0BPh - 0
238 G1930(B) - A1969(B) - W_4BPh - 0
239 G1935(B) - G1964(B) - W_3BPh - 0
240 U1951(B) - G1954(B) - W_5BPh - 0
241 G1954(B) - C1986(B) - W_4BPh - 20
242 U1956(B) - U1955(B) - H_9BPh - 0
243 C1962(B) - A1936(B) - W_6BPh - 0
244 C1965(B) - U1940(B) - H_8BPh - 1
245 G1968(B) - U1931(B) - W_4BPh - 0
246 G1972(B) - G1828(B) - H_0BPh - 2
247 G1980(B) - A1786(B) - S_1BPh - 10
248 A1981(B) - A1785(B) - H_0BPh - 9
249 C2006(B) - A2005(B) - H_7BPh - 0
250 G2012(B) - U1267(B) - W_4BPh - 0
251 A2014(B) - A1265(B) - W_6BPh - 0
252 U2016(B) - A2015(B) - H_9BPh - 0
253 U2022(B) - C2021(B) - H_9BPh - 0
254 G2029(B) - A2033(B) - W_5BPh - 0
255 A2030(B) - U2500(B) - SW_2BPh - 27
256 A2031(B) - A2030(B) - H_0BPh - 0
257 G2032(B) - A2572(B) - W_3BPh - 25
258 C2036(B) - G2035(B) - H_8BPh - 0
259 C2055(B) - A 575(B) - H_7BPh - 527
260 A2060(B) - G2446(B) - SW_2BPh - 3
261 G2061(B) - G2502(B) - H_0BPh - 2
262 U2092(B) - C2226(B) - H_9BPh - 0
263 C2145(B) - A2147(B) - H_9BPh - 0
264 C2200(B) - A2199(B) - H_7BPh - 0
265 G2238(B) - U2076(B) - W_3BPh - 3
266 G2238(B) - A2077(B) - W_5BPh - 2
267 U2249(B) - C2248(B) - H_9BPh - 0
268 G2250(B) - A2497(B) - S_1BPh - 62
269 A2266(B) - A2273(B) - W_6BPh - 0
270 A2268(B) - A 918(B) - W_6BPh - 357
271 G2289(B) - A2346(B) - S_1BPh - 0
272 G2307(B) - C2306(B) - H_0BPh - 0
273 U2312(B) - A2311(B) - H_9BPh - 0
274 G2357(B) - G2360(B) - W_4BPh - 0
275 G2365(B) - A2352(B) - W_3BPh - 0
276 G2375(B) - A2378(B) - W_4BPh - 0
277 G2389(B) - G2282(B) - S_1BPh - 0
278 U2390(B) - C2283(B) - H_9BPh - 0
279 G2391(B) - A2425(B) - W_5BPh - 0
280 G2409(B) - U1865(B) - S_1BPh - 356
281 A2411(B) - A2406(B) - W_6BPh - 0
282 A2430(B) - U2245(B) - W_6BPh - 0
283 U2431(B) - A2434(B) - W_5BPh - 0
284 U2441(B) - A2439(B) - H_9BPh - 0
285 G2447(B) - A2450(B) - S_1BPh - 0
286 G2447(B) - C2501(B) - H_0BPh - 51
287 A2448(B) - G2447(B) - H_0BPh - 0
288 U2460(B) - A2459(B) - H_9BPh - 0
289 G2472(B) - U2477(B) - W_4BPh - 0
290 U2474(B) - U2473(B) - H_9BPh - 0
291 C2475(B) - U2474(B) - H_8BPh - 0
292 A2476(B) - A2468(B) - W_6BPh - 3
293 U2479(B) - A2478(B) - H_9BPh - 0
294 A2497(B) - A2451(B) - W_6BPh - 2
295 G2502(B) - U1255(B) - W_3BPh - 657
296 G2529(B) - U2473(B) - S_1BPh - 41
297 A2530(B) - U2528(B) - H_7BPh - 0
298 G2535(B) - A2530(B) - W_3BPh - 0
299 G2543(B) - U2647(B) - W_3BPh - 100
300 C2556(B) - U2555(B) - H_9BPh - 0
301 U2563(B) - A2566(B) - W_5BPh - 0
302 G2570(B) - U1130(B) - S_1BPh - 532
303 G2576(B) - U2506(B) - W_5BPh - 3
304 G2578(B) - A2052(B) - H_0BPh - 5
305 G2581(B) - U2580(B) - W_5BPh - 0
306 G2595(B) - A2598(B) - W_4BPh - 0
307 G2608(B) - A2587(B) - W_3BPh - 0
308 A2614(B) - G2578(B) - H_7BPh - 35
309 G2627(B) - G2777(B) - W_3BPh - 7
310 G2638(B) - A2776(B) - W_4BPh - 0
311 A2654(B) - C2666(B) - W_6BPh - 0
312 G2655(B) - A2665(B) - W_3BPh - 0
313 C2658(B) - A2657(B) - H_9BPh - 0
314 G2659(B) - A2662(B) - W_3BPh - 0
315 G2664(B) - U2656(B) - W_5BPh - 0
316 C2667(B) - C2666(B) - H_9BPh - 0
317 G2688(B) - U2720(B) - W_5BPh - 0
318 G2692(B) - G2848(B) - S_1BPh - 61
319 G2709(B) - C1639(B) - S_1BPh - 648
320 C2712(B) - C1760(B) - H_7BPh - 651
321 G2719(B) - U2689(B) - W_4BPh - 0
322 G2732(B) - G2645(B) - H_0BPh - 0
323 G2747(B) - U2756(B) - W_3BPh - 0
324 C2755(B) - U2743(B) - W_6BPh - 2
325 C2755(B) - G2744(B) - H_7BPh - 1
326 G2763(B) - A2740(B) - W_4BPh - 0
327 C2767(B) - A2766(B) - H_9BPh - 0
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329 A2821(B) - A2820(B) - H_7BPh - 0
330 G2822(B) - G1653(B) - W_4BPh - 761
331 G2822(B) - C2824(B) - S_1BPh - 0
332 A2835(B) - A2879(B) - H_7BPh - 2
333 G2857(B) - A2860(B) - W_3BPh - 0
334 U2866(B) - A2850(B) - W_5BPh - 0
335 G2867(B) - A2868(B) - S_1BPh - 0
336 C2874(B) - A2873(B) - H_9BPh - 0
337 G2890(B) - A2809(B) - W_5BPh - 0
338 G2894(B) - G2892(B) - S_1BPh - 1
339 G 2(A) - G 2(A) - H_0BPh - 0
340 C 3(A) - C 3(A) - H_0BPh - 0
341 C 4(A) - C 4(A) - H_0BPh - 0
342 U 5(A) - U 5(A) - H_0BPh - 0
343 G 6(A) - G 6(A) - H_0BPh - 0
344 G 7(A) - G 7(A) - H_0BPh - 0
345 C 8(A) - C 8(A) - H_0BPh - 0
346 G 10(A) - G 10(A) - H_0BPh - 0
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348 G 16(A) - G 16(A) - H_0BPh - 0
349 C 17(A) - C 17(A) - H_0BPh - 0
350 G 18(A) - G 18(A) - H_0BPh - 0
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352 G 20(A) - G 20(A) - H_0BPh - 0
353 U 22(A) - U 22(A) - H_0BPh - 0
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370 A 50(A) - A 50(A) - H_0BPh - 0
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