Instances of tSH-tHH-cSH-tWH-tHS_sarcin/ricin Motif |
Filename Discrepancy 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Chains 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6 1-7 1-8 1-9 1-10 1-11 1-12 1-13 2-3 2-4 2-5 2-6 2-7 2-8 2-9 2-10 2-11 2-12 2-13 3-4 3-5 3-6 3-7 3-8 3-9 3-10 3-11 3-12 3-13 4-5 4-6 4-7 4-8 4-9 4-10 4-11 4-12 4-13 5-6 5-7 5-8 5-9 5-10 5-11 5-12 5-13 6-7 6-8 6-9 6-10 6-11 6-12 6-13 7-8 7-9 7-10 7-11 7-12 7-13 8-9 8-10 8-11 8-12 8-13 9-10 9-11 9-12 9-13 10-11 10-12 10-13 11-12 11-13 12-13
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LIB00005 2 1S72 0.1134 U 172 C 173 A 174 G 175 U 176 A 177 U 178 A 158 G 159 A 160 A 161 C 162 U 163 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cwW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH ntSH s55 s55 s55 ---- ---- ---- ---- ntHH thH ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW ncWS ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 3 2J01 0.1192 U 202 C 203 A 204 G 205 U 206 A 207 C 208 G 188 G 189 A 190 A 191 C 192 U 193 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cwW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ns33 tSH ncSW s55 s55 ---- ---- ---- ---- ---- thH ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ncWW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 4 2AW4 0.1722 C 239 C 240 A 241 G 242 U 243 A 244 G 245 C 253 G 254 A 255 A 256 C 257 G 258 BBBBBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ns55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 nbif tHS s55 ---- ---- ---- cWW ns55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 5 1S72 0.1899 U 210 U 211 A 212 G 213 U 214 A 215 A 216 U 224 G 225 A 226 A 227 C 228 G 229 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH tSH ns55 s55 s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 6 2J01 0.2099 U 239 G 240 A 241 G 242 U 243 A 244 G 245 C 253 G 254 A 255 A 256 A 257 G 258 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ns33 tSH ns55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 tHh ntHH ---- cSH ncSH ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 nbif tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 7 1S72 0.2210 G 75 G 76 A 77 G 78 U 79 A 80 C 81 G 101 G 102 A 103 A 104 A 105 C 106 9999999999999 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH ns55 s55 s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ncWW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 8 2J01 0.2217 U 1263 G 1264 A 1265 G 1266 U 1267 A 1268 A 1269 U 2011 G 2012 A 2013 A 2014 A 2015 U 2016 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cwW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH ncSW ncsS s55 ---- ---- ---- ---- ---- tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- ns35 ns35 ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW ncWS ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 9 2AW4 0.2236 U 1263 A 1264 A 1265 G 1266 U 1267 A 1268 A 1269 U 2011 G 2012 A 2013 A 2014 A 2015 U 2016 BBBBBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cwW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ns33 tSH ns55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 10 1NBS 0.2384 U 165 G 166 A 167 G 168 U 169 A 170 U 171 A 138 A 139 A 140 A 141 A 142 A 143 BBBBBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s33 ntSH ncSW ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 thH ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ns33 ntWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW ncWS ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 11 1Q9A 0.2475 C 2652 U 2653 A 2654 G 2655 U 2656 A 2657 C 2658 G 2663 G 2664 A 2665 C 2666 C 2667 G 2668 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ns33 cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH ns55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 ntHH ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ---- ---- ---- s35 ncWW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 12 1S72 0.2556 A 2689 U 2690 A 2691 G 2692 U 2693 A 2694 C 2695 G 2700 G 2701 A 2702 A 2703 C 2704 U 2705 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH tSH ---- ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ---- ---- ---- s35 ---- tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 13 1Y69 0.2612 U 1276 G 1277 A 1278 G 1279 U 1280 A 1281 A 1282 U 1994 G 1995 A 1996 A 1997 A 1998 U 1999 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cwW ns33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH s55 ncSs s55 ---- ---- ---- ---- s53 ntHH ntHH ---- ncSH ---- ---- ---- s33 ntSH ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 ntWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 14 1UN6 0.2727 U 72 U 73 A 74 G 75 U 76 A 77 C 78 G 98 G 99 A 100 A 101 U 102 A 103 EEEEEEEEEEEEE s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cwW s55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ncSH ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- ns35 ---- ---- s33 tWH ---- ---- ---- s35 ---- tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 15 1UN6 0.2736 U 72 U 73 A 74 G 75 U 76 A 77 C 78 G 98 G 99 A 100 A 101 U 102 A 103 FFFFFFFFFFFFF s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cwW ns55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ---- ---- ---- s35 ---- tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 16 1S72 0.2926 A 1367 U 1368 A 1369 G 1370 U 1371 A 1372 G 1373 U 2052 G 2053 A 2054 A 2055 C 2056 U 2057 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ---- ncsS s55 ---- ---- ---- ---- ntHH tHh ntHH ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ntWH ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW ntHS ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
LIB00005 17 1S72 0.2972 C 585 C 586 A 587 G 588 U 589 A 590 A 591 U 567 G 568 A 569 C 570 C 571 G 572 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s33 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH ncSW s55 ncsS s55 ---- ---- ---- ---- s53 ntHH ---- ---- cSH ---- ---- ---- s33 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s33 tWH ---- ---- ---- s35 ntHW tHS s55 ---- ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- s35 ---- s35
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Created on 9/14/2008 | Questions or comments? Send us an email! |