Instances of tSH-tSH-tHS_kink-turn Motif |
Filename Discrepancy 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Chains 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6 1-7 1-8 1-9 1-10 1-11 1-12 1-13 2-3 2-4 2-5 2-6 2-7 2-8 2-9 2-10 2-11 2-12 2-13 3-4 3-5 3-6 3-7 3-8 3-9 3-10 3-11 3-12 3-13 4-5 4-6 4-7 4-8 4-9 4-10 4-11 4-12 4-13 5-6 5-7 5-8 5-9 5-10 5-11 5-12 5-13 6-7 6-8 6-9 6-10 6-11 6-12 6-13 7-8 7-9 7-10 7-11 7-12 7-13 8-9 8-10 8-11 8-12 8-13 9-10 9-11 9-12 9-13 10-11 10-12 10-13 11-12 11-13 12-13
LIB00007 1 2GIS 0.0000 U 17 G 18 G 19 A 20 G 21 C 31 G 32 A 33 U 34 G 35 A 36 A 37 A 38 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH s55 ns35 ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH ntSH ---- ncsS ---- tSs s33 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSs ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 2 2J01 0.3097 U 1234 G 1235 G 1236 A 1237 G 1238 C 1208 G 1209 A 1210 U 1211 G 1212 A 1213 A 1214 G 1215 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ntSH s35 ---- ---- ---- ---- ---- s33 ntSH ntSH ---- ncsS ---- tSs s35 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- ---- ---- ---- ---- s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 3 1T0K 0.3335 C 9 G 10 G 11 A 12 G 13 C 54 A 55 G 56 A 57 G 58 A 59 U 60 G 61 CCCCCDDDDDDDD s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH ntSH s55 ncSH ---- ---- ---- ---- ---- s33 ntSH ntSH ---- ncsS ---- tSs s33 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ntSs ---- ---- s35 ---- ---- ---- ncsS ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 4 1S72 0.3548 U 1338 G 1339 G 1340 A 1341 C 1342 G 1312 A 1313 U 1314 G 1315 G 1316 A 1317 A 1318 G 1319 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ns55 ncSH ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH ntSH ---- ncsS ---- tSs s35 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 5 2AW4 0.3569 U 1234 G 1235 G 1236 A 1237 G 1238 C 1208 U 1209 G 1210 C 1211 G 1212 A 1213 A 1214 G 1215 BBBBBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ntSH ncSH ---- ---- ---- ---- ---- s33 tSH ncSW ---- ncsS ---- ntSs s35 ---- ntHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWH ---- ---- ---- ---- ---- ---- s55 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 6 2J01 0.4045 G 81 G 82 G 83 A 84 G 85 C 97 G 98 U 99 G 100 G 102 A 103 U 104 C 105 AAAAAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH ntSH s55 s35 ---- ---- ---- ---- ---- s33 ntSH ntSH ---- ncsS ---- tSs s33 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- tsS ---- ---- s35 ---- ---- ---- csS ---- ---- ---- ---- ---- ncSs ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00007 7 1S72 0.4064 G 77 G 78 G 79 A 80 G 81 C 93 G 94 A 95 A 96 G 97 A 98 A 99 C 100 0000000000000 s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ntSH tSH ns55 ncSH ---- ---- ---- ---- ---- ns33 tSH ncSW ---- ncsS ---- tSs s33 ---- tHS s55 ---- ---- cWW s55 ---- ---- ---- tsS ---- ---- s35 ---- ---- ---- ncsS ---- ---- ncSs ---- ---- ncSs ---- ---- ---- s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncSH ---- ---- s35 ---- s35
|
Return to the Motif Library index Learn more about basepairs at the Online Basepair Catalog Download candidates in PDB format Download FR3D SaveSearch File |
|
|
|
Created on 9/14/2008 | Questions or comments? Send us an email! |