Instances of cWW-tWH-cWW_GAAA-receptor Motif |
Filename Discrepancy 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Chains 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6 1-7 1-8 1-9 1-10 2-3 2-4 2-5 2-6 2-7 2-8 2-9 2-10 3-4 3-5 3-6 3-7 3-8 3-9 3-10 4-5 4-6 4-7 4-8 4-9 4-10 5-6 5-7 5-8 5-9 5-10 6-7 6-8 6-9 6-10 7-8 7-9 7-10 8-9 8-10 9-10
LIB00012 1 1HR2 0.0000 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 AAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ncSH s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 2 1HR2 0.0468 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ncSH s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 3 1U6B 0.0827 C 146 C 147 U 148 A 149 A 150 G 151 U 160 A 161 G 163 G 164 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ncSH s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 4 2R8S 0.0906 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 RRRRRRRRRR s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ncSH s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 5 3BWP 0.1057 C 345 C 346 U 347 A 348 A 349 G 350 U 332 A 333 G 335 G 336 AAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ncWH ---- ---- tWH s55 ---- cSH ---- s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 6 1GRZ 0.1384 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 AAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ns33 tWH s55 ---- ---- ncSH s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 7 1GRZ 0.1430 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW ns35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ncWH ---- ns33 ntWH s55 ---- ---- ---- s33 ns55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 8 1NBS 0.1448 C 145 C 146 U 147 A 148 C 149 G 150 U 159 A 160 G 162 G 163 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH ns55 ---- cSH ---- s33 ns55 ---- ---- s35 ntHS ns55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 9 1U6B 0.1539 C 60 C 61 U 62 A 63 A 64 G 65 U 80 A 81 G 83 G 84 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ---- s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 10 1X8W 0.1710 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 CCCCCCCCCC s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s35 ---- ---- ---- ---- ---- cWW s55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ---- s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 11 1X8W 0.1741 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 DDDDDDDDDD s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 s35 ncWH ---- ---- tWH s55 ---- ---- ---- s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 12 1X8W 0.1800 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 AAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ncWW cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 ncWH ---- ---- ns33 ntWH s55 ---- ---- ---- s33 ns55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 13 1KXK 0.1981 G 14 C 15 U 16 A 17 A 18 G 19 U 54 A 55 G 57 C 58 AAAAAAAAAA s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- nbif cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW ns55 s35 ---- ---- ---- tWH s55 ---- cSH ---- s33 s55 ---- ---- s35 ntHW s55 ---- ---- cWW ---- ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
LIB00012 14 1X8W 0.2003 C 222 C 223 U 224 A 225 A 226 G 227 U 247 A 248 G 250 G 251 BBBBBBBBBB s35 ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- cWW s35 ---- ---- ---- ---- ntWH cWW s55 ---- ---- ---- ns33 ntWH ns55 ---- ---- s35 s33 ns55 ---- ---- s35 ntHW ns55 ---- ---- cWW ns55 ---- ---- ---- ---- ---- s35 ---- s35
|
Return to the Motif Library index Learn more about basepairs at the Online Basepair Catalog Download candidates in PDB format Download FR3D SaveSearch File |
|
|
|
Created on 9/14/2008 | Questions or comments? Send us an email! |