Query 50dd00d9255b8 run time not recorded
Unaligned nucleotides are translucent. Right click to view Jmol menu. More HelpQuery summary
- Molecule 1
- PDB id: 2QBG, Chains: A, Nucleotides: all
- Molecule 2
- PDB id: 3V2F, Chains: B, Nucleotides: all
- Iteration 1
- d = 0.5, p = 3, β = 100
- Iteration 2
- d = 0.5, p = 9, β = 20
Local geometric similarity
Blue (low geometric discrepancy) indicates high 3D similarity.
Red (high geometric discrepancy) indicates low 3D similarity.
Bar Diagram Help
The arcs indicate basepairing interactions and are colored by type.
Bar Diagram Help
Basepair interactions are annotated according to the
Leontis-Westhof nomenclature and are colored by type.
Basepair Table Help
<0.1 | <0.2 | <0.3 | <0.4 | <0.5 | <0.6 | <0.7 | <0.8 | <0.9 | <1.0 | >=1.0 |
2QBG | 3V2F | Disc | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
--- | --- | B:U1 | --- | |||
A:G2 | cWW | A:C118 | B:C2 | cWW | B:G119 | |
A:C3 | cWW | A:G117 | B:C3 | cWW | B:G118 | |
A:C4 | cWW | A:G116 | B:C4 | cWW | B:G117 | |
A:U5 | cWW | A:A115 | B:C5 | cWW | B:G116 | |
A:G6 | cWW | A:C114 | B:C6 | cWW | B:G115 | |
A:G7 | cWW | A:C113 | B:G7 | cWW | B:C114 | |
A:C8 | cWW | A:G112 | B:U8 | cWW | B:G113 | |
A:G9 | cWW | A:U111 | B:G9 | cWW | B:U112 | |
A:G10 | cWW | A:C110 | B:C10 | cWW | B:G111 | |
--- | A:A109 | B:C11 | cWW | B:G110 | ||
--- | --- | B:C12 | --- | |||
A:C11 | cWW | A:A109 | --- | B:G110 | ||
A:C12 | --- | --- | --- | |||
A:G13 | --- | B:A13 | --- | |||
A:U14 | --- | B:U14 | --- | |||
--- | --- | B:A15 | --- | |||
A:A15 | --- | --- | --- | |||
A:G16 | cWW | A:C68 | B:G16 | cWW | B:C68 | |
A:C17 | cWW | A:G67 | B:C17 | cWW | B:G67 | |
A:G18 | cWW | A:U65 | B:G18 | cWW | B:C65 | |
A:C19 | cWW | A:G64 | B:G19 | cWW | B:C64 | |
A:G20 | cWW | A:C63 | B:C20 | cWW | B:G63 | |
A:G21 | cWW | A:C62 | B:G21 | cWW | B:C62 | |
A:U22 | cWW | A:G61 | B:U22 | cWW | B:G61 | |
A:G23 | cWW | A:C60 | B:G23 | cWW | B:C60 | |
A:G24 | tSW | A:C27 | B:G24 | tSW | B:C27 | |
--- | --- | B:A25 | --- | |||
A:U25 | --- | --- | --- | |||
A:C26 | --- | B:A26 | --- | |||
A:C27 | tWS | A:G24 | B:C27 | tWS | B:G24 | |
A:C28 | cWW | A:G56 | B:C28 | cWW | B:G56 | |
A:A29 | cWW | A:U55 | B:A29 | cWW | B:U55 | |
A:C30 | cWW | A:G54 | B:C30 | cWW | B:G54 | |
A:C31 | cWW | A:G51 | B:C31 | ncWW | B:G51 | |
A:C31 | cSW | A:A53 | B:C31 | --- | ||
A:U32 | cWW | A:A50 | B:C32 | cWW | B:G50 | |
A:G33 | cWW | A:C49 | B:G33 | cWW | B:C49 | |
A:A34 | cWW | A:U48 | B:U34 | cWW | B:A48 | |
A:A34 | A:C36 | B:U34 | cSH | B:C36 | ||
--- | --- | B:U35 | --- | |||
A:C35 | --- | --- | --- | |||
A:C36 | A:A34 | B:C36 | cHS | B:U34 | ||
A:C36 | A:C49 | B:C36 | cWS | B:C49 | ||
A:C37 | cWS | A:U48 | B:C37 | cWS | B:A48 | |
A:C38 | cWW | A:G44 | B:C38 | cWW | B:G44 | |
A:A39 | cSW | A:A46 | B:A39 | cSW | B:A46 | |
A:U40 | --- | B:U40 | --- | |||
A:G41 | --- | B:U41 | --- | |||
A:C42 | --- | B:C42 | --- | |||
A:C43 | --- | B:C43 | --- | |||
A:G44 | cWW | A:C38 | B:G44 | cWW | B:C38 | |
A:G44 | tSW | A:C47 | B:G44 | tSW | B:C47 | |
A:A45 | --- | B:A45 | --- | |||
A:A46 | cWS | A:A39 | B:A46 | cWS | B:A39 | |
A:C47 | tWS | A:G44 | B:C47 | tWS | B:G44 | |
A:U48 | cWW | A:A34 | B:A48 | cWW | B:U34 | |
A:U48 | cSW | A:C37 | B:A48 | cSW | B:C37 | |
A:C49 | cWW | A:G33 | B:C49 | cWW | B:G33 | |
A:C49 | A:C36 | B:C49 | cSW | B:C36 | ||
A:A50 | cWW | A:U32 | B:G50 | cWW | B:C32 | |
A:G51 | cWW | A:C31 | B:G51 | ncWW | B:C31 | |
--- | --- | B:A52 | --- | |||
--- | --- | B:A53 | --- | |||
A:A52 | --- | --- | --- | |||
A:A53 | cWS | A:C31 | --- | B:C31 | ||
A:G54 | cWW | A:C30 | B:G54 | cWW | B:C30 | |
A:U55 | cWW | A:A29 | B:U55 | cWW | B:A29 | |
A:G56 | cWW | A:C28 | B:G56 | cWW | B:C28 | |
A:A57 | --- | B:A57 | --- | |||
A:A58 | --- | B:A58 | --- | |||
A:A59 | --- | B:A59 | --- | |||
A:C60 | cWW | A:G23 | B:C60 | cWW | B:G23 | |
A:G61 | cWW | A:U22 | B:G61 | cWW | B:U22 | |
A:C62 | cWW | A:G21 | B:C62 | cWW | B:G21 | |
A:C63 | cWW | A:G20 | B:G63 | cWW | B:C20 | |
A:G64 | cWW | A:C19 | B:C64 | cWW | B:G19 | |
A:U65 | cWW | A:G18 | B:C65 | cWW | B:G18 | |
A:A66 | --- | B:A66 | --- | |||
A:G67 | cWW | A:C17 | B:G67 | cWW | B:C17 | |
A:C68 | cWW | A:G16 | B:C68 | cWW | B:G16 | |
A:G69 | tHS | A:G107 | B:G69 | cWW | B:U108 | |
A:C70 | cWW | A:G106 | B:C70 | cWW | B:G107 | |
A:C71 | cWW | A:G105 | B:C71 | cWW | B:G106 | |
A:G72 | tSH | A:A104 | B:G72 | tSH | B:A105 | |
A:A73 | tHW | A:U103 | B:A73 | tHW | B:U104 | |
A:U74 | bif | A:G102 | B:U74 | nbif | B:G103 | |
A:G75 | --- | B:G75 | --- | |||
A:G76 | bif | A:G100 | B:G76 | bif | B:G101 | |
A:U77 | tWH | A:A99 | B:U77 | tWH | B:A100 | |
A:A78 | tHS | A:G98 | B:A78 | tHS | B:G99 | |
A:G79 | cWW | A:C97 | B:C79 | cWW | B:G98 | |
A:U80 | cWW | A:G96 | B:U80 | cWW | B:G97 | |
A:G81 | cWW | A:U95 | B:G81 | cWW | B:U96 | |
A:U82 | cWW | A:A94 | B:G82 | cWW | B:C95 | |
A:G83 | cWW | A:C93 | B:G83 | cWW | B:C94 | |
A:G84 | cWW | A:C92 | B:C84 | cWW | B:G93 | |
A:G85 | cWW | A:C91 | B:G85 | cWW | B:C92 | |
A:G86 | cWW | A:C90 | B:G86 | cWW | B:C91 | |
A:U87 | --- | B:G87 | --- | |||
--- | --- | B:C88 | --- | |||
--- | --- | B:G89 | --- | |||
--- | --- | B:A90 | --- | |||
A:C88 | --- | --- | --- | |||
A:U89 | --- | --- | --- | |||
A:C90 | cWW | A:G86 | B:C91 | cWW | B:G86 | |
A:C91 | cWW | A:G85 | B:C92 | cWW | B:G85 | |
A:C92 | cWW | A:G84 | B:G93 | cWW | B:C84 | |
A:C93 | cWW | A:G83 | B:C94 | cWW | B:G83 | |
A:A94 | cWW | A:U82 | B:C95 | cWW | B:G82 | |
A:U95 | cWW | A:G81 | B:U96 | cWW | B:G81 | |
A:G96 | cWW | A:U80 | B:G97 | cWW | B:U80 | |
A:C97 | cWW | A:G79 | B:G98 | cWW | B:C79 | |
A:G98 | tSH | A:A78 | B:G99 | tSH | B:A78 | |
A:A99 | tHW | A:U77 | B:A100 | tHW | B:U77 | |
A:G100 | bif | A:G76 | B:G101 | bif | B:G76 | |
A:A101 | --- | B:A102 | --- | |||
A:G102 | bif | A:U74 | B:G103 | nbif | B:U74 | |
A:U103 | tWH | A:A73 | B:U104 | tWH | B:A73 | |
A:A104 | tHS | A:G72 | B:A105 | tHS | B:G72 | |
A:G105 | cWW | A:C71 | B:G106 | cWW | B:C71 | |
A:G106 | cWW | A:C70 | B:G107 | cWW | B:C70 | |
A:G107 | tSH | A:G69 | B:U108 | cWW | B:G69 | |
A:A108 | --- | B:C109 | --- | |||
A:A109 | cWW | A:C11 | B:G110 | --- | ||
A:A109 | --- | B:G110 | cWW | B:C11 | ||
A:C110 | cWW | A:G10 | B:G111 | cWW | B:C10 | |
A:U111 | cWW | A:G9 | B:U112 | cWW | B:G9 | |
A:G112 | cWW | A:C8 | B:G113 | cWW | B:U8 | |
A:C113 | cWW | A:G7 | B:C114 | cWW | B:G7 | |
A:C114 | cWW | A:G6 | B:G115 | cWW | B:C6 | |
A:A115 | cWW | A:U5 | B:G116 | cWW | B:C5 | |
A:G116 | cWW | A:C4 | B:G117 | cWW | B:C4 | |
A:G117 | cWW | A:C3 | B:G118 | cWW | B:C3 | |
A:C118 | cWW | A:G2 | B:G119 | cWW | B:C2 | |
--- | --- | B:A120 | --- |
-GCCUGGCGG--CCGU-AGCGCGGUGG-UCCCACCUGA-CCCCAUGCCGAACUCAG--AAGUGAAACGCCGUAGCGCCGA UCCCCCGUGCCC--AUA-GCGGCGUGGA-ACCACCCGUU-CCCAUUCCGAACACGGAA--GUGAAACGCGCCAGCGCCGA UGGUAGUGUGGGGU---CUCCCCAUGCGAGAGUAGGGAACUGCCAGGC-- UGGUACUGGGCGGGCGA--CCGCCUGGGAGAGUAGGUCGGUGCGGGGGA-
Summary statistics
Summary statistics is not available for this query.
Select a file to be downloaded: