Loop HL_5JUU

3D structure

PDB id: 5JUU (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit)
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 4 Å

Loop

Sequence: CAUAGAGGGUGUAGAAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCCAGUGAAAUACCACUACCUUUAUAG
Length: 60 nucleotides
Bulged bases: 5JUU|1|B|U|2453, 5JUU|1|B|A|2458, 5JUU|1|B|C|2495, 5JUU|1|B|C|2496, 5JUU|1|B|U|2498, 5JUU|1|B|A|2502
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5JUU|1|B|C|2444
5JUU|1|B|A|2445
5JUU|1|B|U|2446
5JUU|1|B|A|2447
5JUU|1|B|G|2448
5JUU|1|B|A|2449
5JUU|1|B|G|2450
5JUU|1|B|G|2451
5JUU|1|B|G|2452
5JUU|1|B|U|2453
5JUU|1|B|G|2454
5JUU|1|B|U|2455
5JUU|1|B|A|2456
5JUU|1|B|G|2457
5JUU|1|B|A|2458
5JUU|1|B|A|2459
5JUU|1|B|U|2460
5JUU|1|B|A|2461
5JUU|1|B|A|2462
5JUU|1|B|G|2463
5JUU|1|B|U|2464
5JUU|1|B|G|2465
5JUU|1|B|G|2466
5JUU|1|B|G|2467
5JUU|1|B|A|2468
5JUU|1|B|G|2469
5JUU|1|B|C|2470
5JUU|1|B|U|2471
5JUU|1|B|U|2472
5JUU|1|B|C|2473
5JUU|1|B|G|2474
5JUU|1|B|G|2475
5JUU|1|B|C|2476
5JUU|1|B|G|2477
5JUU|1|B|C|2478
5JUU|1|B|C|2479
5JUU|1|B|A|2480
5JUU|1|B|G|2481
5JUU|1|B|U|2482
5JUU|1|B|G|2483
5JUU|1|B|A|2484
5JUU|1|B|A|2485
5JUU|1|B|A|2486
5JUU|1|B|U|2487
5JUU|1|B|A|2488
5JUU|1|B|C|2489
5JUU|1|B|C|2490
5JUU|1|B|A|2491
5JUU|1|B|C|2492
5JUU|1|B|U|2493
5JUU|1|B|A|2494
5JUU|1|B|C|2495
5JUU|1|B|C|2496
5JUU|1|B|U|2497
5JUU|1|B|U|2498
5JUU|1|B|U|2499
5JUU|1|B|A|2500
5JUU|1|B|U|2501
5JUU|1|B|A|2502
5JUU|1|B|G|2503

Current chains

Chain B: 25S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain E: uL1 (yeast L1)
Chain EC: IRES
Chain L: eL8 (yeast L8)
Chain NA: eL36 (yeast L36)

HL_5JUU_089