HL_6YS3_052

3D structure

PDB id

6YS3 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.58 Angstroms with modeled GBC SecM peptide

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

2.58 Å

Loop

Sequence

CCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGGCCUUGAAAUACCACCCUUUAAUG

Length

84 nucleotides

Bulged bases

6YS3|1|b|U|2115, 6YS3|1|b|G|2116, 6YS3|1|b|U|2122, 6YS3|1|b|A|2130, 6YS3|1|b|G|2131, 6YS3|1|b|U|2134, 6YS3|1|b|U|2135, 6YS3|1|b|A|2146, 6YS3|1|b|C|2147, 6YS3|1|b|G|2148, 6YS3|1|b|A|2151, 6YS3|1|b|G|2152, 6YS3|1|b|U|2153, 6YS3|1|b|A|2162, 6YS3|1|b|G|2163, 6YS3|1|b|C|2168, 6YS3|1|b|C|2182

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

6YS3|1|b|C|2107
6YS3|1|b|C|2108
6YS3|1|b|U|2109
6YS3|1|b|U|2110
6YS3|1|b|G|2111
6YS3|1|b|A|2112
6YS3|1|b|U|2113
6YS3|1|b|G|2114
6YS3|1|b|U|2115
6YS3|1|b|G|2116
6YS3|1|b|U|2117
6YS3|1|b|A|2118
6YS3|1|b|G|2119
6YS3|1|b|G|2120
6YS3|1|b|A|2121
6YS3|1|b|U|2122
6YS3|1|b|A|2123
6YS3|1|b|G|2124
6YS3|1|b|G|2125
6YS3|1|b|U|2126
6YS3|1|b|G|2127
6YS3|1|b|G|2128
6YS3|1|b|G|2129
6YS3|1|b|A|2130
6YS3|1|b|G|2131
6YS3|1|b|G|2132
6YS3|1|b|C|2133
6YS3|1|b|U|2134
6YS3|1|b|U|2135
6YS3|1|b|U|2136
6YS3|1|b|G|2137
6YS3|1|b|A|2138
6YS3|1|b|A|2139
6YS3|1|b|G|2140
6YS3|1|b|U|2141
6YS3|1|b|G|2142
6YS3|1|b|U|2143
6YS3|1|b|G|2144
6YS3|1|b|G|2145
6YS3|1|b|A|2146
6YS3|1|b|C|2147
6YS3|1|b|G|2148
6YS3|1|b|C|2149
6YS3|1|b|C|2150
6YS3|1|b|A|2151
6YS3|1|b|G|2152
6YS3|1|b|U|2153
6YS3|1|b|C|2154
6YS3|1|b|U|2155
6YS3|1|b|G|2156
6YS3|1|b|C|2157
6YS3|1|b|A|2158
6YS3|1|b|U|2159
6YS3|1|b|G|2160
6YS3|1|b|G|2161
6YS3|1|b|A|2162
6YS3|1|b|G|2163
6YS3|1|b|C|2164
6YS3|1|b|C|2165
6YS3|1|b|G|2166
6YS3|1|b|G|2167
6YS3|1|b|C|2168
6YS3|1|b|C|2169
6YS3|1|b|U|2170
6YS3|1|b|U|2171
6YS3|1|b|G|2172
6YS3|1|b|A|2173
6YS3|1|b|A|2174
6YS3|1|b|A|2175
6YS3|1|b|U|2176
6YS3|1|b|A|2177
6YS3|1|b|C|2178
6YS3|1|b|C|2179
6YS3|1|b|A|2180
6YS3|1|b|C|2181
6YS3|1|b|C|2182
6YS3|1|b|C|2183
6YS3|1|b|U|2184
6YS3|1|b|U|2185
6YS3|1|b|U|2186
6YS3|1|b|A|2187
6YS3|1|b|A|2188
6YS3|1|b|U|2189
6YS3|1|b|G|2190

Current chains

Chain b

23S rRNA

Nearby chains