Loop HL_8QOI

3D structure

PDB id: 8QOI (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of the human 80S ribosome at 1.9 A resolution - the molecular role of chemical modifications and ions in RNA
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 1.9 Å

Loop

Sequence: GAGACAUGAGAGGUGUAGAAUAAGUGGGAGGCCCGGGCCGCCGGUGAAAUACCACUACUCUGAUCGUUUUGCGGGGUCCGCCGGCCCUGCGGGCCGCCGGUGAAAUACCACUACUCUGAUCGUUU*U
Length: 126 nucleotides
Bulged bases: 8QOI|1|L5|G|3958, 8QOI|1|L5|A|3962, 8QOI|1|L5|A|3963, 8QOI|1|L5|G|4035, 8QOI|1|L5|U|4044, 8QOI|1|L5|C|4054, 8QOI|1|L5|C|4057, 8QOI|1|L5|U|4058, 8QOI|1|L5|G|4014, 8QOI|1|L5|C|4015, 8QOI|1|L5|G|4016, 8QOI|1|L5|G|4017, 8QOI|1|L5|G|4018, 8QOI|1|L5|G|4019, 8QOI|1|L5|U|4020, 8QOI|1|L5|C|4021, 8QOI|1|L5|C|4022, 8QOI|1|L5|G|4023, 8QOI|1|L5|C|4024, 8QOI|1|L5|C|4025, 8QOI|1|L5|G|4026, 8QOI|1|L5|G|4027, 8QOI|1|L5|C|4028, 8QOI|1|L5|C|4029, 8QOI|1|L5|C|4030, 8QOI|1|L5|U|4031, 8QOI|1|L5|G|4032, 8QOI|1|L5|C|4033, 8QOI|1|L5|G|4035, 8QOI|1|L5|C|4038, 8QOI|1|L5|G|4042, 8QOI|1|L5|U|4044, 8QOI|1|L5|A|4046, 8QOI|1|L5|A|4047, 8QOI|1|L5|A|4053, 8QOI|1|L5|C|4054, 8QOI|1|L5|C|4057, 8QOI|1|L5|U|4058, 8QOI|1|L5|G|4061, 8QOI|1|L5|A|4062, 8QOI|1|L5|U|4063, 8QOI|1|L5|C|4064
QA status: Missing nucleotides

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

8QOI|1|L5|G|3944
8QOI|1|L5|A|3945
8QOI|1|L5|G|3946
8QOI|1|L5|A|3947
8QOI|1|L5|C|3948
8QOI|1|L5|A|3949
8QOI|1|L5|U|3950
8QOI|1|L5|G|3951
8QOI|1|L5|A|3952
8QOI|1|L5|G|3953
8QOI|1|L5|A|3954
8QOI|1|L5|G|3955
8QOI|1|L5|G|3956
8QOI|1|L5|U|3957
8QOI|1|L5|G|3958
8QOI|1|L5|U|3959
8QOI|1|L5|A|3960
8QOI|1|L5|G|3961
8QOI|1|L5|A|3962
8QOI|1|L5|A|3963
8QOI|1|L5|U|3964
8QOI|1|L5|A|3965
8QOI|1|L5|A|3966
8QOI|1|L5|G|3967
8QOI|1|L5|U|3968
8QOI|1|L5|G|3969
8QOI|1|L5|G|3970
8QOI|1|L5|G|3971
8QOI|1|L5|A|3972
8QOI|1|L5|G|3973
8QOI|1|L5|G|3974
8QOI|1|L5|C|3975
8QOI|1|L5|C|3976
8QOI|1|L5|C|3977
8QOI|1|L5|G|4034
8QOI|1|L5|G|4035
8QOI|1|L5|G|4036
8QOI|1|L5|C|4037
8QOI|1|L5|C|4038
8QOI|1|L5|G|4039
8QOI|1|L5|C|4040
8QOI|1|L5|C|4041
8QOI|1|L5|G|4042
8QOI|1|L5|G|4043
8QOI|1|L5|U|4044
8QOI|1|L5|G|4045
8QOI|1|L5|A|4046
8QOI|1|L5|A|4047
8QOI|1|L5|A|4048
8QOI|1|L5|U|4049
8QOI|1|L5|A|4050
8QOI|1|L5|C|4051
8QOI|1|L5|C|4052
8QOI|1|L5|A|4053
8QOI|1|L5|C|4054
8QOI|1|L5|U|4055
8QOI|1|L5|A|4056
8QOI|1|L5|C|4057
8QOI|1|L5|U|4058
8QOI|1|L5|C|4059
8QOI|1|L5|U|4060
8QOI|1|L5|G|4061
8QOI|1|L5|A|4062
8QOI|1|L5|U|4063
8QOI|1|L5|C|4064
8QOI|1|L5|G|4065
8QOI|1|L5|U|4066
8QOI|1|L5|U|4067
8QOI|1|L5|U|4068
8QOI|1|L5|U|4069
8QOI|1|L5|G|4014
8QOI|1|L5|C|4015
8QOI|1|L5|G|4016
8QOI|1|L5|G|4017
8QOI|1|L5|G|4018
8QOI|1|L5|G|4019
8QOI|1|L5|U|4020
8QOI|1|L5|C|4021
8QOI|1|L5|C|4022
8QOI|1|L5|G|4023
8QOI|1|L5|C|4024
8QOI|1|L5|C|4025
8QOI|1|L5|G|4026
8QOI|1|L5|G|4027
8QOI|1|L5|C|4028
8QOI|1|L5|C|4029
8QOI|1|L5|C|4030
8QOI|1|L5|U|4031
8QOI|1|L5|G|4032
8QOI|1|L5|C|4033
8QOI|1|L5|G|4034
8QOI|1|L5|G|4035
8QOI|1|L5|G|4036
8QOI|1|L5|C|4037
8QOI|1|L5|C|4038
8QOI|1|L5|G|4039
8QOI|1|L5|C|4040
8QOI|1|L5|C|4041
8QOI|1|L5|G|4042
8QOI|1|L5|G|4043
8QOI|1|L5|U|4044
8QOI|1|L5|G|4045
8QOI|1|L5|A|4046
8QOI|1|L5|A|4047
8QOI|1|L5|A|4048
8QOI|1|L5|U|4049
8QOI|1|L5|A|4050
8QOI|1|L5|C|4051
8QOI|1|L5|C|4052
8QOI|1|L5|A|4053
8QOI|1|L5|C|4054
8QOI|1|L5|U|4055
8QOI|1|L5|A|4056
8QOI|1|L5|C|4057
8QOI|1|L5|U|4058
8QOI|1|L5|C|4059
8QOI|1|L5|U|4060
8QOI|1|L5|G|4061
8QOI|1|L5|A|4062
8QOI|1|L5|U|4063
8QOI|1|L5|C|4064
8QOI|1|L5|G|4065
8QOI|1|L5|U|4066
8QOI|1|L5|U|4067
8QOI|1|L5|U|4068
*
8QOI|1|L5|U|4069

Current chains

Chain L5: 28S rRNA (3773-MER)

Nearby chains

Chain Li: 60S ribosomal protein L36
Chain SB: 40S ribosomal protein S3a

HL_8QOI_056