HL_9AZS_063

3D structure

PDB id

9AZS (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

In situ human Post-eEF1A-AT-P-E state 80S ribosome

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

2.8 Å

Loop

Sequence

GAGGUGUAGAAUAAGUGGGAGGCCCCCGGCGCCGGUCCGCCGGCCCUGCGGGCCGCCGGUGAAAUACCACUACUC

Length

75 nucleotides

Bulged bases

9AZS|1|L5|U|3959, 9AZS|1|L5|A|3962, 9AZS|1|L5|G|3970, 9AZS|1|L5|G|3974, 9AZS|1|L5|C|3978, 9AZS|1|L5|C|3979, 9AZS|1|L5|G|3980, 9AZS|1|L5|G|3981, 9AZS|1|L5|C|3982, 9AZS|1|L5|G|3983, 9AZS|1|L5|C|3984, 9AZS|1|L5|C|3985, 9AZS|1|L5|G|4018, 9AZS|1|L5|G|4019, 9AZS|1|L5|U|4020, 9AZS|1|L5|C|4021, 9AZS|1|L5|C|4022, 9AZS|1|L5|G|4023, 9AZS|1|L5|C|4024, 9AZS|1|L5|C|4025, 9AZS|1|L5|G|4026, 9AZS|1|L5|G|4027, 9AZS|1|L5|C|4028, 9AZS|1|L5|C|4029, 9AZS|1|L5|C|4030, 9AZS|1|L5|U|4031, 9AZS|1|L5|G|4032, 9AZS|1|L5|C|4033, 9AZS|1|L5|G|4035, 9AZS|1|L5|C|4038, 9AZS|1|L5|G|4039, 9AZS|1|L5|G|4043, 9AZS|1|L5|U|4044, 9AZS|1|L5|U|4049, 9AZS|1|L5|C|4052, 9AZS|1|L5|A|4053, 9AZS|1|L5|C|4057, 9AZS|1|L5|U|4058

QA status

Unknown status

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

9AZS|1|L5|G|3953
9AZS|1|L5|A|3954
9AZS|1|L5|G|3955
9AZS|1|L5|G|3956
9AZS|1|L5|U|3957
9AZS|1|L5|G|3958
9AZS|1|L5|U|3959
9AZS|1|L5|A|3960
9AZS|1|L5|G|3961
9AZS|1|L5|A|3962
9AZS|1|L5|A|3963
9AZS|1|L5|U|3964
9AZS|1|L5|A|3965
9AZS|1|L5|A|3966
9AZS|1|L5|G|3967
9AZS|1|L5|U|3968
9AZS|1|L5|G|3969
9AZS|1|L5|G|3970
9AZS|1|L5|G|3971
9AZS|1|L5|A|3972
9AZS|1|L5|G|3973
9AZS|1|L5|G|3974
9AZS|1|L5|C|3975
9AZS|1|L5|C|3976
9AZS|1|L5|C|3977
9AZS|1|L5|C|3978
9AZS|1|L5|C|3979
9AZS|1|L5|G|3980
9AZS|1|L5|G|3981
9AZS|1|L5|C|3982
9AZS|1|L5|G|3983
9AZS|1|L5|C|3984
9AZS|1|L5|C|3985
9AZS|1|L5|G|4018
9AZS|1|L5|G|4019
9AZS|1|L5|U|4020
9AZS|1|L5|C|4021
9AZS|1|L5|C|4022
9AZS|1|L5|G|4023
9AZS|1|L5|C|4024
9AZS|1|L5|C|4025
9AZS|1|L5|G|4026
9AZS|1|L5|G|4027
9AZS|1|L5|C|4028
9AZS|1|L5|C|4029
9AZS|1|L5|C|4030
9AZS|1|L5|U|4031
9AZS|1|L5|G|4032
9AZS|1|L5|C|4033
9AZS|1|L5|G|4034
9AZS|1|L5|G|4035
9AZS|1|L5|G|4036
9AZS|1|L5|C|4037
9AZS|1|L5|C|4038
9AZS|1|L5|G|4039
9AZS|1|L5|C|4040
9AZS|1|L5|C|4041
9AZS|1|L5|G|4042
9AZS|1|L5|G|4043
9AZS|1|L5|U|4044
9AZS|1|L5|G|4045
9AZS|1|L5|A|4046
9AZS|1|L5|A|4047
9AZS|1|L5|A|4048
9AZS|1|L5|U|4049
9AZS|1|L5|A|4050
9AZS|1|L5|C|4051
9AZS|1|L5|C|4052
9AZS|1|L5|A|4053
9AZS|1|L5|C|4054
9AZS|1|L5|U|4055
9AZS|1|L5|A|4056
9AZS|1|L5|C|4057
9AZS|1|L5|U|4058
9AZS|1|L5|C|4059

Current chains

Chain L5

28S rRNA

Nearby chains

Chain Et

Transfer RNA; tRNA

Chain Lz

60S ribosomal protein L10a