IL_4U24_376

3D structure

PDB id

4U24 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin.

Experimental method

X-RAY DIFFRACTION

Resolution

2.9 Å

Loop

Sequence

GGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGC*GCUCAC

Length

44 nucleotides

Bulged bases

4U24|1|DA|U|1065, 4U24|1|DA|G|1068, 4U24|1|DA|U|1083, 4U24|1|DA|A|1084

QA status

Unknown status

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

4U24|1|DA|G|1055
4U24|1|DA|G|1056
4U24|1|DA|A|1057
4U24|1|DA|U|1058
4U24|1|DA|G|1059
4U24|1|DA|U|1060
4U24|1|DA|U|1061
4U24|1|DA|G|1062
4U24|1|DA|G|1063
4U24|1|DA|C|1064
4U24|1|DA|U|1065
4U24|1|DA|U|1066
4U24|1|DA|A|1067
4U24|1|DA|G|1068
4U24|1|DA|A|1069
4U24|1|DA|A|1070
4U24|1|DA|G|1071
4U24|1|DA|C|1072
4U24|1|DA|A|1073
4U24|1|DA|G|1074
4U24|1|DA|C|1075
4U24|1|DA|C|1076
4U24|1|DA|A|1077
4U24|1|DA|U|1078
4U24|1|DA|C|1079
4U24|1|DA|A|1080
4U24|1|DA|U|1081
4U24|1|DA|U|1082
4U24|1|DA|U|1083
4U24|1|DA|A|1084
4U24|1|DA|A|1085
4U24|1|DA|A|1086
4U24|1|DA|G|1087
4U24|1|DA|A|1088
4U24|1|DA|A|1089
4U24|1|DA|A|1090
4U24|1|DA|G|1091
4U24|1|DA|C|1092
*
4U24|1|DA|G|1099
4U24|1|DA|C|1100
4U24|1|DA|U|1101
4U24|1|DA|C|1102
4U24|1|DA|A|1103
4U24|1|DA|C|1104

Current chains

Chain DA

23S rRNA

Nearby chains

Chain D4

50S ribosomal protein L36

Chain DG

50S ribosomal protein L6

Chain DI

50S ribosomal protein L11