Loop IL_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: AGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAGUGC*GCUCACU
Length: 46 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|U|1078, 5IMQ|1|D|C|1079, 5IMQ|1|D|A|1088
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|A|1054
5IMQ|1|D|G|1055
5IMQ|1|D|G|1056
5IMQ|1|D|A|1057
5IMQ|1|D|G|1058
5IMQ|1|D|G|1059
5IMQ|1|D|U|1060
5IMQ|1|D|U|1061
5IMQ|1|D|G|1062
5IMQ|1|D|G|1063
5IMQ|1|D|C|1064
5IMQ|1|D|U|1065
5IMQ|1|D|U|1066
5IMQ|1|D|A|1067
5IMQ|1|D|G|1068
5IMQ|1|D|A|1069
5IMQ|1|D|A|1070
5IMQ|1|D|G|1071
5IMQ|1|D|C|1072
5IMQ|1|D|A|1073
5IMQ|1|D|G|1074
5IMQ|1|D|C|1075
5IMQ|1|D|C|1076
5IMQ|1|D|A|1077
5IMQ|1|D|U|1078
5IMQ|1|D|C|1079
5IMQ|1|D|C|1080
5IMQ|1|D|U|1081
5IMQ|1|D|U|1082
5IMQ|1|D|U|1083
5IMQ|1|D|A|1084
5IMQ|1|D|A|1085
5IMQ|1|D|A|1086
5IMQ|1|D|G|1087
5IMQ|1|D|A|1088
5IMQ|1|D|G|1089
5IMQ|1|D|U|1090
5IMQ|1|D|G|1091
5IMQ|1|D|C|1092
*
5IMQ|1|D|G|1099
5IMQ|1|D|C|1100
5IMQ|1|D|U|1101
5IMQ|1|D|C|1102
5IMQ|1|D|A|1103
5IMQ|1|D|C|1104
5IMQ|1|D|U|1105

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain 1: 50S ribosomal protein L36
Chain 2: 50S ribosomal protein L10
Chain 3: 50S ribosomal protein L11
Chain B: Elongation factor 4
Chain e: 50S ribosomal protein L6

IL_5IMQ_086