Loop IL_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: CGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAG*CGAGUCCGAACAGGGCGCAAAG
Length: 52 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|U|613, 5IMQ|1|D|U|614, 5IMQ|1|D|A|616, 5IMQ|1|D|G|620, 5IMQ|1|D|A|637, 5IMQ|1|D|A|653, 5IMQ|1|D|A|654, 5IMQ|1|D|A|655
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|C|601
5IMQ|1|D|G|602
5IMQ|1|D|A|603
5IMQ|1|D|G|604
5IMQ|1|D|C|605
5IMQ|1|D|U|606
5IMQ|1|D|U|607
5IMQ|1|D|A|608
5IMQ|1|D|A|609
5IMQ|1|D|G|609|||A
5IMQ|1|D|C|610
5IMQ|1|D|C|611
5IMQ|1|D|G|612
5IMQ|1|D|U|613
5IMQ|1|D|U|614
5IMQ|1|D|G|615
5IMQ|1|D|A|616
5IMQ|1|D|G|617
5IMQ|1|D|G|618
5IMQ|1|D|C|618|||A
5IMQ|1|D|G|619
5IMQ|1|D|G|620
5IMQ|1|D|A|621
5IMQ|1|D|G|622
5IMQ|1|D|G|623
5IMQ|1|D|C|624
5IMQ|1|D|G|625
5IMQ|1|D|U|626
5IMQ|1|D|A|627
5IMQ|1|D|G|628
*
5IMQ|1|D|C|635
5IMQ|1|D|G|636
5IMQ|1|D|A|637
5IMQ|1|D|G|638
5IMQ|1|D|U|639
5IMQ|1|D|C|640
5IMQ|1|D|C|641
5IMQ|1|D|G|642
5IMQ|1|D|A|643
5IMQ|1|D|A|644
5IMQ|1|D|C|645
5IMQ|1|D|A|646
5IMQ|1|D|G|647
5IMQ|1|D|G|648
5IMQ|1|D|G|649
5IMQ|1|D|C|650
5IMQ|1|D|G|651
5IMQ|1|D|C|652
5IMQ|1|D|A|653
5IMQ|1|D|A|654
5IMQ|1|D|A|655
5IMQ|1|D|G|656

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain c: 50S ribosomal protein L4
Chain h: 50S ribosomal protein L15
Chain x: 50S ribosomal protein L33
Chain z: 50S ribosomal protein L35

IL_5IMQ_162