Loop IL_6YS3

3D structure

PDB id: 6YS3 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.58 Angstroms with modeled GBC SecM peptide
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 2.58 Å

Loop

Sequence: CCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAA*UCACUGG
Length: 46 nucleotides
Bulged bases: 6YS3|1|b|A|1059, 6YS3|1|b|U|1060, 6YS3|1|b|U|1067, 6YS3|1|b|U|1068, 6YS3|1|b|A|1069, 6YS3|1|b|A|1071, 6YS3|1|b|U|1080, 6YS3|1|b|A|1086, 6YS3|1|b|A|1087, 6YS3|1|b|G|1089, 6YS3|1|b|A|1105
QA status: Unknown status

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

6YS3|1|b|C|1054
6YS3|1|b|C|1055
6YS3|1|b|A|1056
6YS3|1|b|G|1057
6YS3|1|b|G|1058
6YS3|1|b|A|1059
6YS3|1|b|U|1060
6YS3|1|b|G|1061
6YS3|1|b|U|1062
6YS3|1|b|U|1063
6YS3|1|b|G|1064
6YS3|1|b|G|1065
6YS3|1|b|C|1066
6YS3|1|b|U|1067
6YS3|1|b|U|1068
6YS3|1|b|A|1069
6YS3|1|b|G|1070
6YS3|1|b|A|1071
6YS3|1|b|A|1072
6YS3|1|b|G|1073
6YS3|1|b|C|1074
6YS3|1|b|A|1075
6YS3|1|b|G|1076
6YS3|1|b|C|1077
6YS3|1|b|C|1078
6YS3|1|b|A|1079
6YS3|1|b|U|1080
6YS3|1|b|C|1081
6YS3|1|b|A|1082
6YS3|1|b|U|1083
6YS3|1|b|U|1084
6YS3|1|b|U|1085
6YS3|1|b|A|1086
6YS3|1|b|A|1087
6YS3|1|b|A|1088
6YS3|1|b|G|1089
6YS3|1|b|A|1090
6YS3|1|b|A|1091
6YS3|1|b|A|1092
*
6YS3|1|b|U|1103
6YS3|1|b|C|1104
6YS3|1|b|A|1105
6YS3|1|b|C|1106
6YS3|1|b|U|1107
6YS3|1|b|G|1108
6YS3|1|b|G|1109

Current chains

Chain b: 23S rRNA

Nearby chains

Chain 8: 50S ribosomal protein L36

IL_6YS3_116