IL_8QBT_187

3D structure

PDB id

8QBT (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

E. coli ApdP-stalled ribosomal complex

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

2.2 Å

Loop

Sequence

GGUGGGAGGCUUUGAAG*UGGAGCCGACCUUGAAAUACCAC

Length

40 nucleotides

Bulged bases

8QBT|1|A|U|2132, 8QBT|1|A|C|2164, 8QBT|1|A|U|2172

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

8QBT|1|A|G|2120
8QBT|1|A|G|2121
8QBT|1|A|U|2122
8QBT|1|A|G|2123
8QBT|1|A|G|2124
8QBT|1|A|G|2125
8QBT|1|A|A|2126
8QBT|1|A|G|2127
8QBT|1|A|G|2128
8QBT|1|A|C|2129
8QBT|1|A|U|2130
8QBT|1|A|U|2131
8QBT|1|A|U|2132
8QBT|1|A|G|2133
8QBT|1|A|A|2134
8QBT|1|A|A|2135
8QBT|1|A|G|2136
*
8QBT|1|A|U|2155
8QBT|1|A|G|2156
8QBT|1|A|G|2157
8QBT|1|A|A|2158
8QBT|1|A|G|2159
8QBT|1|A|C|2160
8QBT|1|A|C|2161
8QBT|1|A|G|2162
8QBT|1|A|A|2163
8QBT|1|A|C|2164
8QBT|1|A|C|2165
8QBT|1|A|U|2166
8QBT|1|A|U|2167
8QBT|1|A|G|2168
8QBT|1|A|A|2169
8QBT|1|A|A|2170
8QBT|1|A|A|2171
8QBT|1|A|U|2172
8QBT|1|A|A|2173
8QBT|1|A|C|2174
8QBT|1|A|C|2175
8QBT|1|A|A|2176
8QBT|1|A|C|2177

Current chains

Chain A

23S rRNA

Nearby chains

Chain 7

Transfer RNA; tRNA