J10_5IMQ_001
3D structure
- PDB id
- _5IM (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- Experimental method
- Resolution
Loop
- Sequence
- AAGAUGGUAAG*UACAAGCAGUCA*UGGCGUGC*GAGCC*GGCA*UGAACUG*CUAC*GCGCAG*CCACGGCGUCAAGCCGGUAAGG*CCGAGGUCUU
- Length
- 89 nucleotides
- Bulged bases
- 5IMQ|1|D|U|562, 5IMQ|1|D|G|2795, 5IMQ|1|D|C|2798, 5IMQ|1|D|A|2801, 5IMQ|1|D|G|2802, 5IMQ|1|D|G|2894
- QA status
- Valid loop
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
5IMQ|1|D|A|5
5IMQ|1|D|A|6
5IMQ|1|D|G|7
5IMQ|1|D|A|8
5IMQ|1|D|U|9
5IMQ|1|D|G|10
5IMQ|1|D|G|11
5IMQ|1|D|U|12
5IMQ|1|D|A|13
5IMQ|1|D|A|14
5IMQ|1|D|G|15
*
5IMQ|1|D|U|525
5IMQ|1|D|A|526
5IMQ|1|D|C|527
5IMQ|1|D|A|528
5IMQ|1|D|A|529
5IMQ|1|D|G|530
5IMQ|1|D|C|531
5IMQ|1|D|A|532
5IMQ|1|D|G|533
5IMQ|1|D|U|534
5IMQ|1|D|C|535
5IMQ|1|D|A|536
*
5IMQ|1|D|U|557
5IMQ|1|D|G|558
5IMQ|1|D|G|559
5IMQ|1|D|C|560
5IMQ|1|D|G|561
5IMQ|1|D|U|562
5IMQ|1|D|G|563
5IMQ|1|D|C|564
*
5IMQ|1|D|G|577
5IMQ|1|D|A|578
5IMQ|1|D|G|579
5IMQ|1|D|C|580
5IMQ|1|D|C|581
*
5IMQ|1|D|G|1259
5IMQ|1|D|G|1260
5IMQ|1|D|C|1261
5IMQ|1|D|A|1262
*
5IMQ|1|D|U|2017
5IMQ|1|D|G|2018
5IMQ|1|D|A|2019
5IMQ|1|D|A|2020
5IMQ|1|D|C|2021
5IMQ|1|D|U|2022
5IMQ|1|D|G|2023
*
5IMQ|1|D|C|2040
5IMQ|1|D|U|2041
5IMQ|1|D|A|2042
5IMQ|1|D|C|2043
*
5IMQ|1|D|G|2625
5IMQ|1|D|C|2626
5IMQ|1|D|G|2627
5IMQ|1|D|C|2628
5IMQ|1|D|A|2629
5IMQ|1|D|G|2630
*
5IMQ|1|D|C|2788
5IMQ|1|D|C|2789
5IMQ|1|D|A|2790
5IMQ|1|D|C|2791
5IMQ|1|D|G|2792
5IMQ|1|D|G|2793
5IMQ|1|D|C|2794
5IMQ|1|D|G|2795
5IMQ|1|D|U|2797
5IMQ|1|D|C|2798
5IMQ|1|D|A|2799
5IMQ|1|D|A|2801
5IMQ|1|D|G|2802
5IMQ|1|D|C|2803
5IMQ|1|D|C|2804
5IMQ|1|D|G|2805
5IMQ|1|D|G|2807
5IMQ|1|D|U|2808
5IMQ|1|D|A|2809
5IMQ|1|D|A|2810
5IMQ|1|D|G|2811
5IMQ|1|D|G|2812
*
5IMQ|1|D|C|2888
5IMQ|1|D|C|2889
5IMQ|1|D|G|2891
5IMQ|1|D|A|2892
5IMQ|1|D|G|2893
5IMQ|1|D|G|2894
5IMQ|1|D|U|2895
5IMQ|1|D|C|2896
5IMQ|1|D|U|2897
5IMQ|1|D|U|2898
Current chains
- Chain D
- 23S ribosomal RNA
Nearby chains
- Chain b
- 50S ribosomal protein L3
- Chain c
- 50S ribosomal protein L4
- Chain f
- 50S ribosomal protein L13
- Chain h
- 50S ribosomal protein L15
- Chain m
- 50S ribosomal protein L20
- Chain n
- 50S ribosomal protein L21
- Chain o
- 50S ribosomal protein L22
- Chain w
- 50S ribosomal protein L32
Coloring options: