Loop J12_6GZZ

3D structure

PDB id: _6GZ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description
Experimental method
Resolution

Loop

Sequence: CCCGAGCCGAUGAAG*CGAAUGG*CCGGC*GUCACCG*CGGGGGGAACCU*AGAGGAGAGGAAAGA*UCGACUCCCU*GGGGACCAGCCUAAACCGUC*GGCGGGGUCGUGGGGCCCU*AGGGUACCCGAGUACCCC*GGGGAAUCUGGG*CCUAAGGCUAAGUACUCCGGG
Length: 161 nucleotides
Bulged bases: 6GZZ|1|A1|U|49, 6GZZ|1|A1|C|281, 6GZZ|1|A1|C|287, 6GZZ|1|A1|U|289, 6GZZ|1|A1|G|290, 6GZZ|1|A1|A|399, 6GZZ|1|A1|A|429, 6GZZ|1|A1|A|430, 6GZZ|1|A1|U|433, 6GZZ|1|A1|U|463
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

6GZZ|1|A1|C|39
6GZZ|1|A1|C|40
6GZZ|1|A1|C|41
6GZZ|1|A1|G|42
6GZZ|1|A1|A|43
6GZZ|1|A1|G|44
6GZZ|1|A1|C|45
6GZZ|1|A1|C|46
6GZZ|1|A1|G|47
6GZZ|1|A1|A|48
6GZZ|1|A1|U|49
6GZZ|1|A1|G|50
6GZZ|1|A1|A|51
6GZZ|1|A1|A|52
6GZZ|1|A1|G|53
*
6GZZ|1|A1|C|114
6GZZ|1|A1|G|115
6GZZ|1|A1|A|116
6GZZ|1|A1|A|117
6GZZ|1|A1|U|118
6GZZ|1|A1|G|119
6GZZ|1|A1|G|120
*
6GZZ|1|A1|C|127
6GZZ|1|A1|C|128
6GZZ|1|A1|G|129
6GZZ|1|A1|G|130
6GZZ|1|A1|C|131
*
6GZZ|1|A1|G|146
6GZZ|1|A1|U|147
6GZZ|1|A1|C|148
6GZZ|1|A1|A|149
6GZZ|1|A1|C|150
6GZZ|1|A1|C|151
6GZZ|1|A1|G|152
*
6GZZ|1|A1|C|164
6GZZ|1|A1|G|165
6GZZ|1|A1|G|166
6GZZ|1|A1|G|167
6GZZ|1|A1|G|168
6GZZ|1|A1|G|169
6GZZ|1|A1|G|170
6GZZ|1|A1|A|171
6GZZ|1|A1|A|172
6GZZ|1|A1|C|173
6GZZ|1|A1|C|174
6GZZ|1|A1|U|175
*
6GZZ|1|A1|A|201
6GZZ|1|A1|G|202
6GZZ|1|A1|A|203
6GZZ|1|A1|G|204
6GZZ|1|A1|G|205
6GZZ|1|A1|A|206
6GZZ|1|A1|G|207
6GZZ|1|A1|A|208
6GZZ|1|A1|G|209
6GZZ|1|A1|G|210
6GZZ|1|A1|A|211
6GZZ|1|A1|A|212
6GZZ|1|A1|A|213
6GZZ|1|A1|G|214
6GZZ|1|A1|A|215
*
6GZZ|1|A1|U|220
6GZZ|1|A1|C|221
6GZZ|1|A1|G|222
6GZZ|1|A1|A|223
6GZZ|1|A1|C|224
6GZZ|1|A1|U|225
6GZZ|1|A1|C|226
6GZZ|1|A1|C|227
6GZZ|1|A1|C|228
6GZZ|1|A1|U|229
*
6GZZ|1|A1|G|248
6GZZ|1|A1|G|249
6GZZ|1|A1|G|250
6GZZ|1|A1|G|251
6GZZ|1|A1|A|252
6GZZ|1|A1|C|253
6GZZ|1|A1|C|254
6GZZ|1|A1|A|255
6GZZ|1|A1|G|256
6GZZ|1|A1|C|257
6GZZ|1|A1|C|258
6GZZ|1|A1|U|259
6GZZ|1|A1|A|260
6GZZ|1|A1|A|261
6GZZ|1|A1|A|262
6GZZ|1|A1|C|263
6GZZ|1|A1|C|264
6GZZ|1|A1|G|265
6GZZ|1|A1|U|266
6GZZ|1|A1|C|267
*
6GZZ|1|A1|G|279
6GZZ|1|A1|G|280
6GZZ|1|A1|C|281
6GZZ|1|A1|G|282
6GZZ|1|A1|G|283
6GZZ|1|A1|G|284
6GZZ|1|A1|G|285
6GZZ|1|A1|U|286
6GZZ|1|A1|C|287
6GZZ|1|A1|G|288
6GZZ|1|A1|U|289
6GZZ|1|A1|G|290
6GZZ|1|A1|G|291
6GZZ|1|A1|G|292
6GZZ|1|A1|G|293
6GZZ|1|A1|C|294
6GZZ|1|A1|C|295
6GZZ|1|A1|C|296
6GZZ|1|A1|U|297
*
6GZZ|1|A1|A|389
6GZZ|1|A1|G|390
6GZZ|1|A1|G|391
6GZZ|1|A1|G|392
6GZZ|1|A1|U|393
6GZZ|1|A1|A|394
6GZZ|1|A1|C|395
6GZZ|1|A1|C|396
6GZZ|1|A1|C|397
6GZZ|1|A1|G|398
6GZZ|1|A1|A|399
6GZZ|1|A1|G|400
6GZZ|1|A1|U|401
6GZZ|1|A1|A|402
6GZZ|1|A1|C|403
6GZZ|1|A1|C|404
6GZZ|1|A1|C|405
6GZZ|1|A1|C|406
*
6GZZ|1|A1|G|425
6GZZ|1|A1|G|426
6GZZ|1|A1|G|427
6GZZ|1|A1|G|428
6GZZ|1|A1|A|429
6GZZ|1|A1|A|430
6GZZ|1|A1|U|431
6GZZ|1|A1|C|432
6GZZ|1|A1|U|433
6GZZ|1|A1|G|434
6GZZ|1|A1|G|435
6GZZ|1|A1|G|436
*
6GZZ|1|A1|C|448
6GZZ|1|A1|C|449
6GZZ|1|A1|U|450
6GZZ|1|A1|A|451
6GZZ|1|A1|A|452
6GZZ|1|A1|G|453
6GZZ|1|A1|G|454
6GZZ|1|A1|C|455
6GZZ|1|A1|U|456
6GZZ|1|A1|A|457
6GZZ|1|A1|A|458
6GZZ|1|A1|G|459
6GZZ|1|A1|U|460
6GZZ|1|A1|A|461
6GZZ|1|A1|C|462
6GZZ|1|A1|U|463
6GZZ|1|A1|C|464
6GZZ|1|A1|C|465
6GZZ|1|A1|G|466
6GZZ|1|A1|G|467
6GZZ|1|A1|G|468

Current chains

Chain A1: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain E1: 50S ribosomal protein L4
Chain H1: 50S ribosomal protein L9
Chain S1: 50S ribosomal protein L23
Chain W1: 50S ribosomal protein L28
Chain c1: 50S ribosomal protein L34
Chain d1: 50S ribosomal protein L35

J12_6GZZ_001