J3_8Q4F_025

3D structure

PDB id

8Q4F (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

3.1 Å

Loop

Sequence

GUGGAUGC*GCGAAAAGAAC*GAGUGAAAAAGAACCUGAAAC

Length

40 nucleotides

Bulged bases

8Q4F|1|a|A|504, 8Q4F|1|a|A|508

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

8Q4F|1|a|G|24
8Q4F|1|a|U|25
8Q4F|1|a|G|26
8Q4F|1|a|G|27
8Q4F|1|a|A|28
8Q4F|1|a|U|29
8Q4F|1|a|G|30
8Q4F|1|a|C|31
*
8Q4F|1|a|G|474
8Q4F|1|a|C|475
8Q4F|1|a|G|476
8Q4F|1|a|A|477
8Q4F|1|a|A|478
8Q4F|1|a|A|479
8Q4F|1|a|A|480
8Q4F|1|a|G|481
8Q4F|1|a|A|482
8Q4F|1|a|A|483
8Q4F|1|a|C|484
*
8Q4F|1|a|G|496
8Q4F|1|a|A|497
8Q4F|1|a|G|498
8Q4F|1|a|U|499
8Q4F|1|a|G|500
8Q4F|1|a|A|501
8Q4F|1|a|A|502
8Q4F|1|a|A|503
8Q4F|1|a|A|504
8Q4F|1|a|A|505
8Q4F|1|a|G|506
8Q4F|1|a|A|507
8Q4F|1|a|A|508
8Q4F|1|a|C|509
8Q4F|1|a|C|510
8Q4F|1|a|U|511
8Q4F|1|a|G|512
8Q4F|1|a|A|513
8Q4F|1|a|A|514
8Q4F|1|a|A|515
8Q4F|1|a|C|516

Current chains

Chain a

23S rRNA

Nearby chains

Chain p

Large ribosomal subunit protein bL20

Chain t

Large ribosomal subunit protein uL24

Chain z

Large ribosomal subunit protein bL32