J4_6GZQ_016

3D structure

PDB id

6GZQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

T. thermophilus hibernating 70S ribosome

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

3.28 Å

Loop

Sequence

UGGUUUAAUUC*GAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCG*UGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUG*CCCUUACGGCCUGGGCGACACA

Length

106 nucleotides

Bulged bases

6GZQ|1|A2|U|934, 6GZQ|1|A2|A|952, 6GZQ|1|A2|G|953, 6GZQ|1|A2|G|970, 6GZQ|1|A2|G|975, 6GZQ|1|A2|G|1002, 6GZQ|1|A2|G|1009, 6GZQ|1|A2|U|1031, 6GZQ|1|A2|C|1195, 6GZQ|1|A2|C|1199, 6GZQ|1|A2|A|1206, 6GZQ|1|A2|C|1207

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

6GZQ|1|A2|U|929
6GZQ|1|A2|G|930
6GZQ|1|A2|G|931
6GZQ|1|A2|U|932
6GZQ|1|A2|U|933
6GZQ|1|A2|U|934
6GZQ|1|A2|A|935
6GZQ|1|A2|A|936
6GZQ|1|A2|U|937
6GZQ|1|A2|U|938
6GZQ|1|A2|C|939
*
6GZQ|1|A2|G|950
6GZQ|1|A2|A|951
6GZQ|1|A2|A|952
6GZQ|1|A2|G|953
6GZQ|1|A2|A|954
6GZQ|1|A2|A|955
6GZQ|1|A2|C|956
6GZQ|1|A2|C|957
6GZQ|1|A2|U|958
6GZQ|1|A2|U|959
6GZQ|1|A2|A|960
6GZQ|1|A2|C|961
6GZQ|1|A2|C|962
6GZQ|1|A2|A|963
6GZQ|1|A2|G|964
6GZQ|1|A2|G|965
6GZQ|1|A2|C|966
6GZQ|1|A2|C|967
6GZQ|1|A2|U|968
6GZQ|1|A2|U|969
6GZQ|1|A2|G|970
6GZQ|1|A2|A|971
6GZQ|1|A2|C|972
6GZQ|1|A2|A|973
6GZQ|1|A2|U|974
6GZQ|1|A2|G|975
6GZQ|1|A2|C|976
6GZQ|1|A2|U|977
6GZQ|1|A2|A|978
6GZQ|1|A2|G|979
6GZQ|1|A2|G|980
6GZQ|1|A2|G|981
6GZQ|1|A2|A|982
6GZQ|1|A2|A|983
6GZQ|1|A2|C|984
6GZQ|1|A2|C|985
6GZQ|1|A2|C|986
6GZQ|1|A2|G|987
*
6GZQ|1|A2|U|998
6GZQ|1|A2|G|999
6GZQ|1|A2|G|1000
6GZQ|1|A2|G|1001
6GZQ|1|A2|G|1002
6GZQ|1|A2|U|1003
6GZQ|1|A2|G|1004
6GZQ|1|A2|C|1005
6GZQ|1|A2|C|1006
6GZQ|1|A2|C|1007
6GZQ|1|A2|C|1008
6GZQ|1|A2|G|1009
6GZQ|1|A2|C|1010
6GZQ|1|A2|G|1011
6GZQ|1|A2|A|1012
6GZQ|1|A2|G|1013
6GZQ|1|A2|G|1014
6GZQ|1|A2|G|1015
6GZQ|1|A2|G|1016
6GZQ|1|A2|A|1017
6GZQ|1|A2|G|1018
6GZQ|1|A2|C|1019
6GZQ|1|A2|C|1020
6GZQ|1|A2|C|1021
6GZQ|1|A2|U|1022
6GZQ|1|A2|A|1023
6GZQ|1|A2|G|1024
6GZQ|1|A2|C|1025
6GZQ|1|A2|A|1026
6GZQ|1|A2|C|1027
6GZQ|1|A2|A|1028
6GZQ|1|A2|G|1029
6GZQ|1|A2|G|1030
6GZQ|1|A2|U|1031
6GZQ|1|A2|G|1032
*
6GZQ|1|A2|C|1189
6GZQ|1|A2|C|1190
6GZQ|1|A2|C|1191
6GZQ|1|A2|U|1192
6GZQ|1|A2|U|1193
6GZQ|1|A2|A|1194
6GZQ|1|A2|C|1195
6GZQ|1|A2|G|1196
6GZQ|1|A2|G|1197
6GZQ|1|A2|C|1198
6GZQ|1|A2|C|1199
6GZQ|1|A2|U|1200
6GZQ|1|A2|G|1201
6GZQ|1|A2|G|1202
6GZQ|1|A2|G|1203
6GZQ|1|A2|C|1204
6GZQ|1|A2|G|1205
6GZQ|1|A2|A|1206
6GZQ|1|A2|C|1207
6GZQ|1|A2|A|1208
6GZQ|1|A2|C|1209
6GZQ|1|A2|A|1210

Current chains

Chain A2

16S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain J2

30S ribosomal protein S10

Chain M2

30S ribosomal protein S13

Chain N2

30S ribosomal protein S14 type Z

Chain S2

30S ribosomal protein S19

Chain V2

Ribosome hibernation promoting factor