Loop J5_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: CUAAACC*GGGGUCGUGGGGC*GUACCCGAGUAC*GGAAUCUGGG*CCUAAG
Length: 48 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|A|270|||A, 5IMQ|1|D|U|270|||Z, 5IMQ|1|D|C|271|||A, 5IMQ|1|D|G|271|||B, 5IMQ|1|D|G|370, 5IMQ|1|D|G|372, 5IMQ|1|D|U|373, 5IMQ|1|D|G|400, 5IMQ|1|D|U|403, 5IMQ|1|D|U|405
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|C|268
5IMQ|1|D|U|269
5IMQ|1|D|A|270
5IMQ|1|D|A|270|||A
5IMQ|1|D|A|270|||B
5IMQ|1|D|C|270|||C
5IMQ|1|D|C|270|||D
*
5IMQ|1|D|G|270|||V
5IMQ|1|D|G|270|||W
5IMQ|1|D|G|270|||X
5IMQ|1|D|G|270|||Y
5IMQ|1|D|U|270|||Z
5IMQ|1|D|C|271|||A
5IMQ|1|D|G|271|||B
5IMQ|1|D|U|271|||C
5IMQ|1|D|G|271
5IMQ|1|D|G|272
5IMQ|1|D|G|273
5IMQ|1|D|G|273|||A
5IMQ|1|D|C|273|||B
*
5IMQ|1|D|G|363|||D
5IMQ|1|D|U|363|||E
5IMQ|1|D|A|363|||F
5IMQ|1|D|C|364
5IMQ|1|D|C|365
5IMQ|1|D|C|366
5IMQ|1|D|G|370
5IMQ|1|D|A|371
5IMQ|1|D|G|372
5IMQ|1|D|U|373
5IMQ|1|D|A|374
5IMQ|1|D|C|375
*
5IMQ|1|D|G|399
5IMQ|1|D|G|400
5IMQ|1|D|A|401
5IMQ|1|D|A|402
5IMQ|1|D|U|403
5IMQ|1|D|C|404
5IMQ|1|D|U|405
5IMQ|1|D|G|406
5IMQ|1|D|G|407
5IMQ|1|D|G|408
*
5IMQ|1|D|C|419
5IMQ|1|D|C|420
5IMQ|1|D|U|421
5IMQ|1|D|A|422
5IMQ|1|D|A|423
5IMQ|1|D|G|424

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain v: 50S ribosomal protein L31

J5_5IMQ_003