Loop J5_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: GGAACUCUGCAAGUUGG*UGCUCCCU*GGGGAGCC*GUGAACAGG*CGCUGUC
Length: 49 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|G|1758, 5IMQ|1|D|G|1763, 5IMQ|1|D|G|1992, 5IMQ|1|D|U|1993
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|G|1666
5IMQ|1|D|G|1667
5IMQ|1|D|A|1668
5IMQ|1|D|A|1669
5IMQ|1|D|C|1670
5IMQ|1|D|U|1671
5IMQ|1|D|C|1672
5IMQ|1|D|U|1673
5IMQ|1|D|G|1674
5IMQ|1|D|C|1675
5IMQ|1|D|A|1676
5IMQ|1|D|A|1677
5IMQ|1|D|G|1678
5IMQ|1|D|U|1679
5IMQ|1|D|U|1680
5IMQ|1|D|G|1681
5IMQ|1|D|G|1682
*
5IMQ|1|D|U|1706
5IMQ|1|D|G|1707
5IMQ|1|D|C|1708
5IMQ|1|D|U|1709
5IMQ|1|D|C|1710
5IMQ|1|D|C|1711
5IMQ|1|D|C|1712
5IMQ|1|D|U|1716
*
5IMQ|1|D|G|1743
5IMQ|1|D|G|1746
5IMQ|1|D|G|1747
5IMQ|1|D|G|1748
5IMQ|1|D|A|1749
5IMQ|1|D|G|1750
5IMQ|1|D|C|1751
5IMQ|1|D|C|1752
*
5IMQ|1|D|G|1756
5IMQ|1|D|U|1757
5IMQ|1|D|G|1758
5IMQ|1|D|A|1759
5IMQ|1|D|A|1760
5IMQ|1|D|C|1761
5IMQ|1|D|A|1762
5IMQ|1|D|G|1763
5IMQ|1|D|G|1764
*
5IMQ|1|D|C|1988
5IMQ|1|D|G|1989
5IMQ|1|D|C|1990
5IMQ|1|D|U|1991
5IMQ|1|D|G|1992
5IMQ|1|D|U|1993
5IMQ|1|D|C|1994

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain A: Small subunit ribosomal RNA; SSU rRNA
Chain b: 50S ribosomal protein L3
Chain g: 50S ribosomal protein L14
Chain l: 50S ribosomal protein L19

J5_5IMQ_011