Loop J5_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: AAAAGACCCCGUG*CCGGGGAUAACA*UCGAUGUC*GGUUCAG*CGGUCU
Length: 46 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|A|2062, 5IMQ|1|D|U|2068, 5IMQ|1|D|A|2448, 5IMQ|1|D|U|2506, 5IMQ|1|D|U|2585, 5IMQ|1|D|U|2609
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|A|2057
5IMQ|1|D|A|2058
5IMQ|1|D|A|2059
5IMQ|1|D|A|2060
5IMQ|1|D|G|2061
5IMQ|1|D|A|2062
5IMQ|1|D|C|2063
5IMQ|1|D|C|2064
5IMQ|1|D|C|2065
5IMQ|1|D|C|2066
5IMQ|1|D|G|2067
5IMQ|1|D|U|2068
5IMQ|1|D|G|2069
*
5IMQ|1|D|C|2442
5IMQ|1|D|C|2443
5IMQ|1|D|G|2444
5IMQ|1|D|G|2445
5IMQ|1|D|G|2446
5IMQ|1|D|G|2447
5IMQ|1|D|A|2448
5IMQ|1|D|U|2449
5IMQ|1|D|A|2450
5IMQ|1|D|A|2451
5IMQ|1|D|C|2452
5IMQ|1|D|A|2453
*
5IMQ|1|D|U|2500
5IMQ|1|D|C|2501
5IMQ|1|D|G|2502
5IMQ|1|D|A|2503
5IMQ|1|D|U|2504
5IMQ|1|D|G|2505
5IMQ|1|D|U|2506
5IMQ|1|D|C|2507
*
5IMQ|1|D|G|2582
5IMQ|1|D|G|2583
5IMQ|1|D|U|2584
5IMQ|1|D|U|2585
5IMQ|1|D|C|2586
5IMQ|1|D|A|2587
5IMQ|1|D|G|2588
*
5IMQ|1|D|C|2606
5IMQ|1|D|G|2607
5IMQ|1|D|G|2608
5IMQ|1|D|U|2609
5IMQ|1|D|C|2610
5IMQ|1|D|U|2611

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain 4: Transfer RNA; tRNA
Chain B: Elongation factor 4
Chain a: 50S ribosomal protein L2
Chain b: 50S ribosomal protein L3
Chain c: 50S ribosomal protein L4
Chain h: 50S ribosomal protein L15
Chain i: 50S ribosomal protein L16
Chain o: 50S ribosomal protein L22
Chain w: 50S ribosomal protein L32

J5_5IMQ_012