Loop J5_8EVQ

3D structure

PDB id: 8EVQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Hypopseudouridylated Ribosome bound with TSV IRES, eEF2, GDP, and sordarin, Structure I
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 2.72 Å

Loop

Sequence: CUUGUCUCAAA*UGACAAUAAAUAAC*GGAAUGAG*CGAGG(A2M)ACAAU*AUAG
Length: 48 nucleotides
Bulged bases: None detected
QA status: Modified nucleotides: A2M

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

8EVQ|1|B5|C|31
8EVQ|1|B5|U|32
8EVQ|1|B5|U|33
8EVQ|1|B5|G|34
8EVQ|1|B5|U|35
8EVQ|1|B5|C|36
8EVQ|1|B5|U|37
8EVQ|1|B5|C|38
8EVQ|1|B5|A|39
8EVQ|1|B5|A|40
8EVQ|1|B5|A|41
*
8EVQ|1|B5|U|466
8EVQ|1|B5|G|467
8EVQ|1|B5|A|468
8EVQ|1|B5|C|469
8EVQ|1|B5|A|470
8EVQ|1|B5|A|471
8EVQ|1|B5|U|472
8EVQ|1|B5|A|473
8EVQ|1|B5|A|474
8EVQ|1|B5|A|475
8EVQ|1|B5|U|476
8EVQ|1|B5|A|477
8EVQ|1|B5|A|478
8EVQ|1|B5|C|479
*
8EVQ|1|B5|G|509
8EVQ|1|B5|G|510
8EVQ|1|B5|A|511
8EVQ|1|B5|A|512
8EVQ|1|B5|U|513
8EVQ|1|B5|G|514
8EVQ|1|B5|A|515
8EVQ|1|B5|G|516
*
8EVQ|1|B5|C|536
8EVQ|1|B5|G|537
8EVQ|1|B5|A|538
8EVQ|1|B5|G|539
8EVQ|1|B5|G|540
8EVQ|1|B5|A2M|541
8EVQ|1|B5|A|542
8EVQ|1|B5|C|543
8EVQ|1|B5|A|544
8EVQ|1|B5|A|545
8EVQ|1|B5|U|546
*
8EVQ|1|B5|A|592
8EVQ|1|B5|U|593
8EVQ|1|B5|A|594
8EVQ|1|B5|G|595

Current chains

Chain B5: 18S rRNA

Nearby chains

Chain BE: 40S ribosomal protein S4-A
Chain BJ: 40S ribosomal protein S9-A
Chain BX: 40S ribosomal protein S23-A
Chain BY: 40S ribosomal protein S24-A
Chain Be: 40S ribosomal protein S30-A

J5_8EVQ_008