J6_4U24_003

3D structure

PDB id

4U24 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin.

Experimental method

X-RAY DIFFRACTION

Resolution

2.9 Å

Loop

Sequence

GG*CGAACC*GAGGAAAAGAAAU*AGAUU*AGCAGC*GCUAAAUAC

Length

41 nucleotides

Bulged bases

4U24|1|DA|A|223

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

4U24|1|DA|G|45
4U24|1|DA|G|46
*
4U24|1|DA|C|179
4U24|1|DA|G|180
4U24|1|DA|A|181
4U24|1|DA|A|182
4U24|1|DA|C|183
4U24|1|DA|C|184
*
4U24|1|DA|G|212
4U24|1|DA|A|213
4U24|1|DA|G|214
4U24|1|DA|G|215
4U24|1|DA|A|216
4U24|1|DA|A|217
4U24|1|DA|A|218
4U24|1|DA|A|219
4U24|1|DA|G|220
4U24|1|DA|A|221
4U24|1|DA|A|222
4U24|1|DA|A|223
4U24|1|DA|U|224
*
4U24|1|DA|A|231
4U24|1|DA|G|232
4U24|1|DA|A|233
4U24|1|DA|U|234
4U24|1|DA|U|235
*
4U24|1|DA|A|262
4U24|1|DA|G|263
4U24|1|DA|C|264
4U24|1|DA|A|265
4U24|1|DA|G|266
4U24|1|DA|C|267
*
4U24|1|DA|G|425
4U24|1|DA|C|426
4U24|1|DA|U|427
4U24|1|DA|A|428
4U24|1|DA|A|429
4U24|1|DA|A|430
4U24|1|DA|U|431
4U24|1|DA|A|432
4U24|1|DA|C|433

Current chains

Chain DA

23S rRNA

Nearby chains

Chain D2

50S ribosomal protein L34