Loop J6_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: CCAAGGGUUCCU*AGGGUUAGGCGGGAC*GGCAGC*GCCCU*ACCCGUACCGCAAAC*GUGG
Length: 57 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|U|1341, 5IMQ|1|D|C|1607, 5IMQ|1|D|A|1609, 5IMQ|1|D|A|1610
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|C|1305
5IMQ|1|D|C|1306
5IMQ|1|D|A|1307
5IMQ|1|D|A|1308
5IMQ|1|D|G|1309
5IMQ|1|D|G|1310
5IMQ|1|D|G|1311
5IMQ|1|D|U|1312
5IMQ|1|D|U|1313
5IMQ|1|D|C|1314
5IMQ|1|D|C|1315
5IMQ|1|D|U|1316
*
5IMQ|1|D|A|1336
5IMQ|1|D|G|1337
5IMQ|1|D|G|1338
5IMQ|1|D|G|1339
5IMQ|1|D|U|1340
5IMQ|1|D|U|1341
5IMQ|1|D|A|1342
5IMQ|1|D|G|1343
5IMQ|1|D|G|1344
5IMQ|1|D|C|1345
5IMQ|1|D|G|1346
5IMQ|1|D|G|1347
5IMQ|1|D|G|1348
5IMQ|1|D|A|1349
5IMQ|1|D|C|1350
*
5IMQ|1|D|G|1381
5IMQ|1|D|G|1382
5IMQ|1|D|C|1383
5IMQ|1|D|A|1384
5IMQ|1|D|G|1385
5IMQ|1|D|C|1386
*
5IMQ|1|D|G|1401
5IMQ|1|D|C|1402
5IMQ|1|D|C|1403
5IMQ|1|D|C|1404
5IMQ|1|D|U|1405
*
5IMQ|1|D|A|1597
5IMQ|1|D|C|1598
5IMQ|1|D|C|1599
5IMQ|1|D|C|1600
5IMQ|1|D|G|1601
5IMQ|1|D|U|1602
5IMQ|1|D|A|1603
5IMQ|1|D|C|1604
5IMQ|1|D|C|1605
5IMQ|1|D|G|1606
5IMQ|1|D|C|1607
5IMQ|1|D|A|1608
5IMQ|1|D|A|1609
5IMQ|1|D|A|1610
5IMQ|1|D|C|1611
*
5IMQ|1|D|G|1620
5IMQ|1|D|U|1621
5IMQ|1|D|G|1622
5IMQ|1|D|G|1623

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain p: 50S ribosomal protein L23
Chain y: 50S ribosomal protein L34

J6_5IMQ_001