3D structure

PDB id
8Q4F (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description
Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome
Experimental method
ELECTRON MICROSCOPY
Resolution
3.1 Å

Loop

Sequence
GG*CGAACC*GAGGAAAAGAAAU*AGAUU*AGCAG*CUAAAUAC
Length
39 nucleotides
Bulged bases
8Q4F|1|a|A|223
QA status
Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
R3DMCS Rfam
Detailed Annotation
No text annotation
Broad Annotation
No text annotation
Motif group
Not in a motif group
Basepair signature
Not available
Number of instances in this motif group
0

Unit IDs

8Q4F|1|a|G|45
8Q4F|1|a|G|46
*
8Q4F|1|a|C|179
8Q4F|1|a|G|180
8Q4F|1|a|A|181
8Q4F|1|a|A|182
8Q4F|1|a|C|183
8Q4F|1|a|C|184
*
8Q4F|1|a|G|212
8Q4F|1|a|A|213
8Q4F|1|a|G|214
8Q4F|1|a|G|215
8Q4F|1|a|A|216
8Q4F|1|a|A|217
8Q4F|1|a|A|218
8Q4F|1|a|A|219
8Q4F|1|a|G|220
8Q4F|1|a|A|221
8Q4F|1|a|A|222
8Q4F|1|a|A|223
8Q4F|1|a|U|224
*
8Q4F|1|a|A|231
8Q4F|1|a|G|232
8Q4F|1|a|A|233
8Q4F|1|a|U|234
8Q4F|1|a|U|235
*
8Q4F|1|a|A|262
8Q4F|1|a|G|263
8Q4F|1|a|C|264
8Q4F|1|a|A|265
8Q4F|1|a|G|266
*
8Q4F|1|a|C|426
8Q4F|1|a|U|427
8Q4F|1|a|A|428
8Q4F|1|a|A|429
8Q4F|1|a|A|430
8Q4F|1|a|U|431
8Q4F|1|a|A|432
8Q4F|1|a|C|433

Current chains

Chain a
23S rRNA

Nearby chains

Chain 1
Large ribosomal subunit protein bL34

Coloring options:

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