J6_8QFD_001
3D structure
- PDB id
- 8QFD (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- UFL1 E3 ligase bound 60S ribosome
- Experimental method
- ELECTRON MICROSCOPY
- Resolution
- 2.2 Å
Loop
- Sequence
- GGCGAC*GGAGAAGAAAC*GGAUU*AAGAG*CUAAAUAC*GUC
- Length
- 38 nucleotides
- Bulged bases
- 8QFD|1|5|A|61, 8QFD|1|8|U|34
- QA status
- Valid loop
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
8QFD|1|5|G|16
8QFD|1|5|G|17
8QFD|1|5|C|18
8QFD|1|5|G|19
8QFD|1|5|A|20
8QFD|1|5|C|21
*
8QFD|1|5|G|52
8QFD|1|5|G|53
8QFD|1|5|A|54
8QFD|1|5|G|55
8QFD|1|5|A|56
8QFD|1|5|A|57
8QFD|1|5|G|58
8QFD|1|5|A|59
8QFD|1|5|A|60
8QFD|1|5|A|61
8QFD|1|5|C|62
*
8QFD|1|5|G|69
8QFD|1|5|G|70
8QFD|1|5|A|71
8QFD|1|5|U|72
8QFD|1|5|U|73
*
8QFD|1|5|A|100
8QFD|1|5|A|101
8QFD|1|5|G|102
8QFD|1|5|A|103
8QFD|1|5|G|104
*
8QFD|1|5|C|327
8QFD|1|5|U|328
8QFD|1|5|A|329
8QFD|1|5|A|330
8QFD|1|5|A|331
8QFD|1|5|U|332
8QFD|1|5|A|333
8QFD|1|5|C|334
*
8QFD|1|8|G|33
8QFD|1|8|U|34
8QFD|1|8|C|35
Current chains
- Chain 5
- 28S rRNA
- Chain 8
- 5.8S rRNA
Nearby chains
- Chain L
- 60S ribosomal protein L13
- Chain N
- 60S ribosomal protein L15
- Chain h
- 60S ribosomal protein L35
- Chain i
- 60S ribosomal protein L36
- Chain j
- Ribosomal protein L37
Coloring options: