Loop J8_7OPE

3D structure

PDB id: 7OPE (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: RqcH DR variant bound to 50S-peptidyl-tRNA-RqcP RQC complex (rigid body refinement)
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.2 Å

Loop

Sequence: UUAGAAAG*UACAAGU*AUAGUA*UUAC*GCGCAG*CCAU*AGUAAG*CGAGGA
Length: 47 nucleotides
Bulged bases: 7OPE|1|A|G|576, 7OPE|1|A|G|2050
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

7OPE|1|A|U|8
7OPE|1|A|U|9
7OPE|1|A|A|10
7OPE|1|A|G|11
7OPE|1|A|A|12
7OPE|1|A|A|13
7OPE|1|A|A|14
7OPE|1|A|G|15
*
7OPE|1|A|U|571
7OPE|1|A|A|572
7OPE|1|A|C|573
7OPE|1|A|A|574
7OPE|1|A|A|575
7OPE|1|A|G|576
7OPE|1|A|U|577
*
7OPE|1|A|A|2047
7OPE|1|A|U|2048
7OPE|1|A|A|2049
7OPE|1|A|G|2050
7OPE|1|A|U|2051
7OPE|1|A|A|2052
*
7OPE|1|A|U|2069
7OPE|1|A|U|2070
7OPE|1|A|A|2071
7OPE|1|A|C|2072
*
7OPE|1|A|G|2654
7OPE|1|A|C|2655
7OPE|1|A|G|2656
7OPE|1|A|C|2657
7OPE|1|A|A|2658
7OPE|1|A|G|2659
*
7OPE|1|A|C|2817
7OPE|1|A|C|2818
7OPE|1|A|A|2819
7OPE|1|A|U|2820
*
7OPE|1|A|A|2831
7OPE|1|A|G|2832
7OPE|1|A|U|2833
7OPE|1|A|A|2834
7OPE|1|A|A|2835
7OPE|1|A|G|2836
*
7OPE|1|A|C|2914
7OPE|1|A|G|2915
7OPE|1|A|A|2916
7OPE|1|A|G|2917
7OPE|1|A|G|2918
7OPE|1|A|A|2919

Current chains

Chain A: 23S rRNA

Nearby chains

Chain F: 50S ribosomal protein L3
Chain N: 50S ribosomal protein L13
Chain U: 50S ribosomal protein L20
Chain W: 50S ribosomal protein L22
Chain f: 50S ribosomal protein L32

J8_7OPE_001