Loop J9_5IMQ

3D structure

PDB id: 5IMQ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: GCCGAUGAAGG*CCGAAUG*CG*CACC*GGGGGGAACC*GAGGAGAGGAAAG*CGACU*ACCAG*CUAAGUAC
Length: 65 nucleotides
Bulged bases: 5IMQ|1|D|U|50, 5IMQ|1|D|A|223
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

5IMQ|1|D|G|45
5IMQ|1|D|C|46
5IMQ|1|D|C|47
5IMQ|1|D|G|48
5IMQ|1|D|A|49
5IMQ|1|D|U|50
5IMQ|1|D|G|51
5IMQ|1|D|A|52
5IMQ|1|D|A|53
5IMQ|1|D|G|54
5IMQ|1|D|G|55
*
5IMQ|1|D|C|115
5IMQ|1|D|C|116
5IMQ|1|D|G|117
5IMQ|1|D|A|118
5IMQ|1|D|A|119
5IMQ|1|D|U|120
5IMQ|1|D|G|121
*
5IMQ|1|D|C|130
5IMQ|1|D|G|131
*
5IMQ|1|D|C|148
5IMQ|1|D|A|149
5IMQ|1|D|C|150
5IMQ|1|D|C|151
*
5IMQ|1|D|G|175
5IMQ|1|D|G|176
5IMQ|1|D|G|177
5IMQ|1|D|G|178
5IMQ|1|D|G|179
5IMQ|1|D|G|180
5IMQ|1|D|A|181
5IMQ|1|D|A|182
5IMQ|1|D|C|183
5IMQ|1|D|C|184
*
5IMQ|1|D|G|212
5IMQ|1|D|A|213
5IMQ|1|D|G|214
5IMQ|1|D|G|215
5IMQ|1|D|A|216
5IMQ|1|D|G|217
5IMQ|1|D|A|218
5IMQ|1|D|G|219
5IMQ|1|D|G|220
5IMQ|1|D|A|221
5IMQ|1|D|A|222
5IMQ|1|D|A|223
5IMQ|1|D|G|224
*
5IMQ|1|D|C|231
5IMQ|1|D|G|232
5IMQ|1|D|A|233
5IMQ|1|D|C|234
5IMQ|1|D|U|235
*
5IMQ|1|D|A|262
5IMQ|1|D|C|263
5IMQ|1|D|C|264
5IMQ|1|D|A|265
5IMQ|1|D|G|266
*
5IMQ|1|D|C|426
5IMQ|1|D|U|427
5IMQ|1|D|A|428
5IMQ|1|D|A|429
5IMQ|1|D|G|430
5IMQ|1|D|U|431
5IMQ|1|D|A|432
5IMQ|1|D|C|433

Current chains

Chain D: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain p: 50S ribosomal protein L23
Chain y: 50S ribosomal protein L34

J9_5IMQ_001