HL_8QYX_028

3D structure

PDB id

8QYX (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Human 60S ribosomal subunit

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

1.78 Å

Loop

Sequence

GACGGUGGCCAUGGAAGUCGGAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACC

Length

51 nucleotides

Bulged bases

8QYX|1|A2|G|1975, 8QYX|1|A2|G|1981, 8QYX|1|A2|A|1983, 8QYX|1|A2|A|1984, 8QYX|1|A2|C|1987, 8QYX|1|A2|G|1988, 8QYX|1|A2|U|1992, 8QYX|1|A2|G|1995, 8QYX|1|A2|U|1997, 8QYX|1|A2|A|2009, 8QYX|1|A2|A|2010, 8QYX|1|A2|C|2011, 8QYX|1|A2|U|2015

QA status

Unknown status

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

8QYX|1|A2|G|1969
8QYX|1|A2|A|1970
8QYX|1|A2|C|1971
8QYX|1|A2|G|1972
8QYX|1|A2|G|1973
8QYX|1|A2|U|1974
8QYX|1|A2|G|1975
8QYX|1|A2|G|1976
8QYX|1|A2|C|1977
8QYX|1|A2|C|1978
8QYX|1|A2|A|1979
8QYX|1|A2|U|1980
8QYX|1|A2|G|1981
8QYX|1|A2|G|1982
8QYX|1|A2|A|1983
8QYX|1|A2|A|1984
8QYX|1|A2|G|1985
8QYX|1|A2|U|1986
8QYX|1|A2|C|1987
8QYX|1|A2|G|1988
8QYX|1|A2|G|1989
8QYX|1|A2|A|1990
8QYX|1|A2|A|1991
8QYX|1|A2|U|1992
8QYX|1|A2|C|1993
8QYX|1|A2|C|1994
8QYX|1|A2|G|1995
8QYX|1|A2|C|1996
8QYX|1|A2|U|1997
8QYX|1|A2|A|1998
8QYX|1|A2|A|1999
8QYX|1|A2|G|2000
8QYX|1|A2|G|2001
8QYX|1|A2|A|2002
8QYX|1|A2|G|2003
8QYX|1|A2|U|2004
8QYX|1|A2|G|2005
8QYX|1|A2|U|2006
8QYX|1|A2|G|2007
8QYX|1|A2|U|2008
8QYX|1|A2|A|2009
8QYX|1|A2|A|2010
8QYX|1|A2|C|2011
8QYX|1|A2|A|2012
8QYX|1|A2|A|2013
8QYX|1|A2|C|2014
8QYX|1|A2|U|2015
8QYX|1|A2|C|2016
8QYX|1|A2|A|2017
8QYX|1|A2|C|2018
8QYX|1|A2|C|2019

Current chains

Chain A2

28S rRNA

Nearby chains

Chain D1

Ribosomal protein uL16-like

Chain g1

Large ribosomal subunit protein eL40