HL_9AZC_060

3D structure

PDB id

9AZC (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

In situ human 80S ribosome (Consensus map)

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

2.19 Å

Loop

Sequence

GAGGUGUAGAAUAAGUGGGAGGCCCCCGGCGCCGGUCCGCCGGCCCUGCGGGCCGCCGGUGAAAUACCACUACUC

Length

75 nucleotides

Bulged bases

9AZC|1|L5|G|3956, 9AZC|1|L5|G|3970, 9AZC|1|L5|G|3974, 9AZC|1|L5|C|3978, 9AZC|1|L5|C|3979, 9AZC|1|L5|G|3980, 9AZC|1|L5|G|3981, 9AZC|1|L5|C|3982, 9AZC|1|L5|G|3983, 9AZC|1|L5|C|3984, 9AZC|1|L5|C|3985, 9AZC|1|L5|G|4018, 9AZC|1|L5|G|4019, 9AZC|1|L5|U|4020, 9AZC|1|L5|C|4021, 9AZC|1|L5|C|4022, 9AZC|1|L5|G|4023, 9AZC|1|L5|C|4024, 9AZC|1|L5|C|4025, 9AZC|1|L5|G|4026, 9AZC|1|L5|G|4027, 9AZC|1|L5|C|4028, 9AZC|1|L5|C|4029, 9AZC|1|L5|C|4030, 9AZC|1|L5|U|4031, 9AZC|1|L5|G|4032, 9AZC|1|L5|C|4033, 9AZC|1|L5|G|4034, 9AZC|1|L5|G|4035, 9AZC|1|L5|C|4038, 9AZC|1|L5|G|4042, 9AZC|1|L5|G|4043, 9AZC|1|L5|U|4044, 9AZC|1|L5|U|4049, 9AZC|1|L5|A|4053, 9AZC|1|L5|C|4054, 9AZC|1|L5|C|4057, 9AZC|1|L5|U|4058

QA status

Unknown status

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

9AZC|1|L5|G|3953
9AZC|1|L5|A|3954
9AZC|1|L5|G|3955
9AZC|1|L5|G|3956
9AZC|1|L5|U|3957
9AZC|1|L5|G|3958
9AZC|1|L5|U|3959
9AZC|1|L5|A|3960
9AZC|1|L5|G|3961
9AZC|1|L5|A|3962
9AZC|1|L5|A|3963
9AZC|1|L5|U|3964
9AZC|1|L5|A|3965
9AZC|1|L5|A|3966
9AZC|1|L5|G|3967
9AZC|1|L5|U|3968
9AZC|1|L5|G|3969
9AZC|1|L5|G|3970
9AZC|1|L5|G|3971
9AZC|1|L5|A|3972
9AZC|1|L5|G|3973
9AZC|1|L5|G|3974
9AZC|1|L5|C|3975
9AZC|1|L5|C|3976
9AZC|1|L5|C|3977
9AZC|1|L5|C|3978
9AZC|1|L5|C|3979
9AZC|1|L5|G|3980
9AZC|1|L5|G|3981
9AZC|1|L5|C|3982
9AZC|1|L5|G|3983
9AZC|1|L5|C|3984
9AZC|1|L5|C|3985
9AZC|1|L5|G|4018
9AZC|1|L5|G|4019
9AZC|1|L5|U|4020
9AZC|1|L5|C|4021
9AZC|1|L5|C|4022
9AZC|1|L5|G|4023
9AZC|1|L5|C|4024
9AZC|1|L5|C|4025
9AZC|1|L5|G|4026
9AZC|1|L5|G|4027
9AZC|1|L5|C|4028
9AZC|1|L5|C|4029
9AZC|1|L5|C|4030
9AZC|1|L5|U|4031
9AZC|1|L5|G|4032
9AZC|1|L5|C|4033
9AZC|1|L5|G|4034
9AZC|1|L5|G|4035
9AZC|1|L5|G|4036
9AZC|1|L5|C|4037
9AZC|1|L5|C|4038
9AZC|1|L5|G|4039
9AZC|1|L5|C|4040
9AZC|1|L5|C|4041
9AZC|1|L5|G|4042
9AZC|1|L5|G|4043
9AZC|1|L5|U|4044
9AZC|1|L5|G|4045
9AZC|1|L5|A|4046
9AZC|1|L5|A|4047
9AZC|1|L5|A|4048
9AZC|1|L5|U|4049
9AZC|1|L5|A|4050
9AZC|1|L5|C|4051
9AZC|1|L5|C|4052
9AZC|1|L5|A|4053
9AZC|1|L5|C|4054
9AZC|1|L5|U|4055
9AZC|1|L5|A|4056
9AZC|1|L5|C|4057
9AZC|1|L5|U|4058
9AZC|1|L5|C|4059

Current chains

Chain L5

28S rRNA

Nearby chains