Loop HL_9AZN

3D structure

PDB id: 9AZN (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: In situ human A/P-P/E state 80S ribosome
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 2.98 Å

Loop

Sequence: CAGUCGAGAGUGGACGGGAGCGGCGGCCGGAGCCCCGCGGACGCUACG
Length: 48 nucleotides
Bulged bases: 9AZN|1|L5|G|2096, 9AZN|1|L5|U|2097, 9AZN|1|L5|G|2112, 9AZN|1|L5|C|2249, 9AZN|1|L5|C|2255, 9AZN|1|L5|C|2257, 9AZN|1|L5|C|2266, 9AZN|1|L5|U|2267, 9AZN|1|L5|C|2269
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

9AZN|1|L5|C|2087
9AZN|1|L5|A|2088
9AZN|1|L5|G|2089
9AZN|1|L5|U|2090
9AZN|1|L5|C|2091
9AZN|1|L5|G|2092
9AZN|1|L5|A|2093
9AZN|1|L5|G|2094
9AZN|1|L5|A|2095
9AZN|1|L5|G|2096
9AZN|1|L5|U|2097
9AZN|1|L5|G|2098
9AZN|1|L5|G|2099
9AZN|1|L5|A|2100
9AZN|1|L5|C|2101
9AZN|1|L5|G|2102
9AZN|1|L5|G|2103
9AZN|1|L5|G|2104
9AZN|1|L5|A|2105
9AZN|1|L5|G|2106
9AZN|1|L5|C|2107
9AZN|1|L5|G|2108
9AZN|1|L5|G|2109
9AZN|1|L5|C|2110
9AZN|1|L5|G|2111
9AZN|1|L5|G|2112
9AZN|1|L5|C|2249
9AZN|1|L5|C|2250
9AZN|1|L5|G|2251
9AZN|1|L5|G|2252
9AZN|1|L5|A|2253
9AZN|1|L5|G|2254
9AZN|1|L5|C|2255
9AZN|1|L5|C|2256
9AZN|1|L5|C|2257
9AZN|1|L5|C|2258
9AZN|1|L5|G|2259
9AZN|1|L5|C|2260
9AZN|1|L5|G|2261
9AZN|1|L5|G|2262
9AZN|1|L5|A|2263
9AZN|1|L5|C|2264
9AZN|1|L5|G|2265
9AZN|1|L5|C|2266
9AZN|1|L5|U|2267
9AZN|1|L5|A|2268
9AZN|1|L5|C|2269
9AZN|1|L5|G|2270

Current chains

Chain L5: 28S rRNA

Nearby chains

Chain LC: 60S ribosomal protein L4
Chain LE: 60S ribosomal protein L6 [Homo sapiens]
Chain LF: 60S ribosomal protein L7
Chain LQ: 60S ribosomal protein L18
Chain Lb: 60S ribosomal protein L29
Chain Lr: 60S ribosomal protein L28

HL_9AZN_035