HL_9AZN_061

3D structure

PDB id

9AZN (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

In situ human A/P-P/E state 80S ribosome

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

2.98 Å

Loop

Sequence

GAGGUGUAGAAUAAGUGGGAGGCCCCCGGCGCCGGUCCGCCGGCCCUGCGGGCCGCCGGUGAAAUACCACUACUC

Length

75 nucleotides

Bulged bases

9AZN|1|L5|G|3961, 9AZN|1|L5|A|3962, 9AZN|1|L5|A|3965, 9AZN|1|L5|A|3966, 9AZN|1|L5|C|3978, 9AZN|1|L5|C|3979, 9AZN|1|L5|G|3980, 9AZN|1|L5|G|3981, 9AZN|1|L5|C|3982, 9AZN|1|L5|G|3983, 9AZN|1|L5|C|3984, 9AZN|1|L5|C|3985, 9AZN|1|L5|G|4018, 9AZN|1|L5|G|4019, 9AZN|1|L5|U|4020, 9AZN|1|L5|C|4021, 9AZN|1|L5|C|4022, 9AZN|1|L5|G|4023, 9AZN|1|L5|C|4024, 9AZN|1|L5|C|4025, 9AZN|1|L5|G|4026, 9AZN|1|L5|G|4027, 9AZN|1|L5|C|4028, 9AZN|1|L5|C|4029, 9AZN|1|L5|C|4030, 9AZN|1|L5|U|4031, 9AZN|1|L5|G|4032, 9AZN|1|L5|C|4033, 9AZN|1|L5|G|4034, 9AZN|1|L5|G|4035, 9AZN|1|L5|C|4038, 9AZN|1|L5|G|4043, 9AZN|1|L5|U|4044, 9AZN|1|L5|A|4053, 9AZN|1|L5|C|4054, 9AZN|1|L5|U|4058

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

9AZN|1|L5|G|3953
9AZN|1|L5|A|3954
9AZN|1|L5|G|3955
9AZN|1|L5|G|3956
9AZN|1|L5|U|3957
9AZN|1|L5|G|3958
9AZN|1|L5|U|3959
9AZN|1|L5|A|3960
9AZN|1|L5|G|3961
9AZN|1|L5|A|3962
9AZN|1|L5|A|3963
9AZN|1|L5|U|3964
9AZN|1|L5|A|3965
9AZN|1|L5|A|3966
9AZN|1|L5|G|3967
9AZN|1|L5|U|3968
9AZN|1|L5|G|3969
9AZN|1|L5|G|3970
9AZN|1|L5|G|3971
9AZN|1|L5|A|3972
9AZN|1|L5|G|3973
9AZN|1|L5|G|3974
9AZN|1|L5|C|3975
9AZN|1|L5|C|3976
9AZN|1|L5|C|3977
9AZN|1|L5|C|3978
9AZN|1|L5|C|3979
9AZN|1|L5|G|3980
9AZN|1|L5|G|3981
9AZN|1|L5|C|3982
9AZN|1|L5|G|3983
9AZN|1|L5|C|3984
9AZN|1|L5|C|3985
9AZN|1|L5|G|4018
9AZN|1|L5|G|4019
9AZN|1|L5|U|4020
9AZN|1|L5|C|4021
9AZN|1|L5|C|4022
9AZN|1|L5|G|4023
9AZN|1|L5|C|4024
9AZN|1|L5|C|4025
9AZN|1|L5|G|4026
9AZN|1|L5|G|4027
9AZN|1|L5|C|4028
9AZN|1|L5|C|4029
9AZN|1|L5|C|4030
9AZN|1|L5|U|4031
9AZN|1|L5|G|4032
9AZN|1|L5|C|4033
9AZN|1|L5|G|4034
9AZN|1|L5|G|4035
9AZN|1|L5|G|4036
9AZN|1|L5|C|4037
9AZN|1|L5|C|4038
9AZN|1|L5|G|4039
9AZN|1|L5|C|4040
9AZN|1|L5|C|4041
9AZN|1|L5|G|4042
9AZN|1|L5|G|4043
9AZN|1|L5|U|4044
9AZN|1|L5|G|4045
9AZN|1|L5|A|4046
9AZN|1|L5|A|4047
9AZN|1|L5|A|4048
9AZN|1|L5|U|4049
9AZN|1|L5|A|4050
9AZN|1|L5|C|4051
9AZN|1|L5|C|4052
9AZN|1|L5|A|4053
9AZN|1|L5|C|4054
9AZN|1|L5|U|4055
9AZN|1|L5|A|4056
9AZN|1|L5|C|4057
9AZN|1|L5|U|4058
9AZN|1|L5|C|4059

Current chains

Chain L5

28S rRNA

Nearby chains

Chain Lz

60S ribosomal protein L10a

Chain PE

Transfer RNA; tRNA