Loop IL_7ACJ

3D structure

PDB id: 7ACJ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.2 Å

Loop

Sequence: GAUUCUGGAUUCGACGG*UUCGGACGCGGG(5MU)(PSU)CAAC(PSU)CCCGCC
Length: 42 nucleotides
Bulged bases: 7ACJ|1|4|A|8, 7ACJ|1|4|U|12, 7ACJ|1|4|U|16, 7ACJ|1|4|U|17, 7ACJ|1|4|C|18, 7ACJ|1|4|G|19, 7ACJ|1|4|G|333
QA status: Modified nucleotides: 5MU, PSU

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

7ACJ|1|4|G|7
7ACJ|1|4|A|8
7ACJ|1|4|U|9
7ACJ|1|4|U|10
7ACJ|1|4|C|11
7ACJ|1|4|U|12
7ACJ|1|4|G|13
7ACJ|1|4|G|14
7ACJ|1|4|A|15
7ACJ|1|4|U|16
7ACJ|1|4|U|17
7ACJ|1|4|C|18
7ACJ|1|4|G|19
7ACJ|1|4|A|20
7ACJ|1|4|C|21
7ACJ|1|4|G|22
7ACJ|1|4|G|23
*
7ACJ|1|4|U|329
7ACJ|1|4|U|330
7ACJ|1|4|C|331
7ACJ|1|4|G|332
7ACJ|1|4|G|333
7ACJ|1|4|A|334
7ACJ|1|4|C|335
7ACJ|1|4|G|336
7ACJ|1|4|C|337
7ACJ|1|4|G|338
7ACJ|1|4|G|339
7ACJ|1|4|G|340
7ACJ|1|4|5MU|341
7ACJ|1|4|PSU|342
7ACJ|1|4|C|343
7ACJ|1|4|A|344
7ACJ|1|4|A|345
7ACJ|1|4|C|346
7ACJ|1|4|PSU|347
7ACJ|1|4|C|348
7ACJ|1|4|C|349
7ACJ|1|4|C|350
7ACJ|1|4|G|351
7ACJ|1|4|C|352
7ACJ|1|4|C|353

Current chains

Chain 4: transfer-messanger RNA (tmRNA)

Nearby chains

Chain 1: Large subunit ribosomal RNA; LSU rRNA
Chain 5: SsrA-binding protein
Chain A: 50S ribosomal protein L27
Chain E: 50S ribosomal protein L5
Chain M: 50S ribosomal protein L16
Chain r: 30S ribosomal protein S13
Chain x: 30S ribosomal protein S19

IL_7ACJ_213