IL_8QYX_122

3D structure

PDB id

8QYX (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)

Description

Human 60S ribosomal subunit

Experimental method

ELECTRON MICROSCOPY

Resolution

1.78 Å

Loop

Sequence

GGGGGCGAGCCCCGAGGGGCUCUCGCUUCUGGCGCCAAG*CGAC

Length

43 nucleotides

Bulged bases

8QYX|1|A2|C|4100, 8QYX|1|A2|C|4102, 8QYX|1|A2|G|4104, 8QYX|1|A2|A|4105, 8QYX|1|A2|G|4106, 8QYX|1|A2|G|4107, 8QYX|1|A2|U|4111, 8QYX|1|A2|G|4115, 8QYX|1|A2|C|4116, 8QYX|1|A2|U|4117, 8QYX|1|A2|U|4118, 8QYX|1|A2|G|4121

QA status

Valid loop

Sequence variability

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation

No text annotation

Broad Annotation

No text annotation

Motif group

Not in a motif group

Basepair signature

Not available

Number of instances in this motif group

0

Unit IDs

8QYX|1|A2|G|4091
8QYX|1|A2|G|4092
8QYX|1|A2|G|4093
8QYX|1|A2|G|4094
8QYX|1|A2|G|4095
8QYX|1|A2|C|4096
8QYX|1|A2|G|4097
8QYX|1|A2|A|4098
8QYX|1|A2|G|4099
8QYX|1|A2|C|4100
8QYX|1|A2|C|4101
8QYX|1|A2|C|4102
8QYX|1|A2|C|4103
8QYX|1|A2|G|4104
8QYX|1|A2|A|4105
8QYX|1|A2|G|4106
8QYX|1|A2|G|4107
8QYX|1|A2|G|4108
8QYX|1|A2|G|4109
8QYX|1|A2|C|4110
8QYX|1|A2|U|4111
8QYX|1|A2|C|4112
8QYX|1|A2|U|4113
8QYX|1|A2|C|4114
8QYX|1|A2|G|4115
8QYX|1|A2|C|4116
8QYX|1|A2|U|4117
8QYX|1|A2|U|4118
8QYX|1|A2|C|4119
8QYX|1|A2|U|4120
8QYX|1|A2|G|4121
8QYX|1|A2|G|4122
8QYX|1|A2|C|4123
8QYX|1|A2|G|4124
8QYX|1|A2|C|4125
8QYX|1|A2|C|4126
8QYX|1|A2|A|4127
8QYX|1|A2|A|4128
8QYX|1|A2|G|4129
*
8QYX|1|A2|C|4155
8QYX|1|A2|G|4156
8QYX|1|A2|A|4157
8QYX|1|A2|C|4158

Current chains

Chain A2

28S rRNA

Nearby chains

Chain B1

60S ribosomal protein L7a

Chain D2

Large ribosomal subunit protein uL2

Chain T1

60S ribosomal protein L27

Chain W1

60S ribosomal protein L30

Chain a1

60S ribosomal protein L34

Chain j1

60S ribosomal protein L37a