J3_4V6I_039
3D structure
- PDB id
- 4V6I (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- Localization of the small subunit ribosomal proteins into a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome
- Experimental method
- ELECTRON MICROSCOPY
- Resolution
- 8.8 Å
Loop
- Sequence
- AUAUAGAUGGAUACGAAUAAGGCGUCCUUGUGGCGUCGCUGAAC*GCAACG*UUGCUGGCGAAUUGCAAUGUCAUUU
- Length
- 75 nucleotides
- Bulged bases
- 4V6I|1|DA|A|3170, 4V6I|1|DA|U|3171, 4V6I|1|DA|A|3172, 4V6I|1|DA|G|3173, 4V6I|1|DA|A|3174, 4V6I|1|DA|U|3175, 4V6I|1|DA|G|3176, 4V6I|1|DA|G|3177, 4V6I|1|DA|A|3178, 4V6I|1|DA|U|3179, 4V6I|1|DA|A|3180, 4V6I|1|DA|C|3181, 4V6I|1|DA|G|3182, 4V6I|1|DA|A|3183, 4V6I|1|DA|A|3184, 4V6I|1|DA|U|3185, 4V6I|1|DA|A|3186, 4V6I|1|DA|A|3187, 4V6I|1|DA|G|3188, 4V6I|1|DA|G|3189, 4V6I|1|DA|C|3190, 4V6I|1|DA|G|3191, 4V6I|1|DA|U|3192, 4V6I|1|DA|C|3193, 4V6I|1|DA|C|3194, 4V6I|1|DA|U|3195, 4V6I|1|DA|U|3196, 4V6I|1|DA|G|3197, 4V6I|1|DA|U|3198, 4V6I|1|DA|G|3199, 4V6I|1|DA|G|3200, 4V6I|1|DA|C|3201, 4V6I|1|DA|G|3202, 4V6I|1|DA|U|3203, 4V6I|1|DA|C|3204, 4V6I|1|DA|G|3205, 4V6I|1|DA|C|3206, 4V6I|1|DA|U|3207, 4V6I|1|DA|G|3208, 4V6I|1|DA|A|3209, 4V6I|1|DA|A|3210, 4V6I|1|DA|C|3225, 4V6I|1|DA|A|3226, 4V6I|1|DA|A|3227, 4V6I|1|DA|C|3228, 4V6I|1|DA|U|3259, 4V6I|1|DA|G|3260, 4V6I|1|DA|C|3261, 4V6I|1|DA|U|3262, 4V6I|1|DA|G|3263, 4V6I|1|DA|G|3264, 4V6I|1|DA|C|3265, 4V6I|1|DA|G|3266, 4V6I|1|DA|A|3267, 4V6I|1|DA|A|3268, 4V6I|1|DA|U|3269, 4V6I|1|DA|U|3270, 4V6I|1|DA|G|3271, 4V6I|1|DA|C|3272, 4V6I|1|DA|A|3273, 4V6I|1|DA|A|3274, 4V6I|1|DA|U|3275, 4V6I|1|DA|G|3276, 4V6I|1|DA|U|3277, 4V6I|1|DA|C|3278, 4V6I|1|DA|A|3279, 4V6I|1|DA|U|3280
- QA status
- Valid loop
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
4V6I|1|DA|A|3168
4V6I|1|DA|U|3169
4V6I|1|DA|A|3170
4V6I|1|DA|U|3171
4V6I|1|DA|A|3172
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4V6I|1|DA|G|3176
4V6I|1|DA|G|3177
4V6I|1|DA|A|3178
4V6I|1|DA|U|3179
4V6I|1|DA|A|3180
4V6I|1|DA|C|3181
4V6I|1|DA|G|3182
4V6I|1|DA|A|3183
4V6I|1|DA|A|3184
4V6I|1|DA|U|3185
4V6I|1|DA|A|3186
4V6I|1|DA|A|3187
4V6I|1|DA|G|3188
4V6I|1|DA|G|3189
4V6I|1|DA|C|3190
4V6I|1|DA|G|3191
4V6I|1|DA|U|3192
4V6I|1|DA|C|3193
4V6I|1|DA|C|3194
4V6I|1|DA|U|3195
4V6I|1|DA|U|3196
4V6I|1|DA|G|3197
4V6I|1|DA|U|3198
4V6I|1|DA|G|3199
4V6I|1|DA|G|3200
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4V6I|1|DA|C|3206
4V6I|1|DA|U|3207
4V6I|1|DA|G|3208
4V6I|1|DA|A|3209
4V6I|1|DA|A|3210
4V6I|1|DA|C|3211
*
4V6I|1|DA|G|3224
4V6I|1|DA|C|3225
4V6I|1|DA|A|3226
4V6I|1|DA|A|3227
4V6I|1|DA|C|3228
4V6I|1|DA|G|3229
*
4V6I|1|DA|U|3258
4V6I|1|DA|U|3259
4V6I|1|DA|G|3260
4V6I|1|DA|C|3261
4V6I|1|DA|U|3262
4V6I|1|DA|G|3263
4V6I|1|DA|G|3264
4V6I|1|DA|C|3265
4V6I|1|DA|G|3266
4V6I|1|DA|A|3267
4V6I|1|DA|A|3268
4V6I|1|DA|U|3269
4V6I|1|DA|U|3270
4V6I|1|DA|G|3271
4V6I|1|DA|C|3272
4V6I|1|DA|A|3273
4V6I|1|DA|A|3274
4V6I|1|DA|U|3275
4V6I|1|DA|G|3276
4V6I|1|DA|U|3277
4V6I|1|DA|C|3278
4V6I|1|DA|A|3279
4V6I|1|DA|U|3280
4V6I|1|DA|U|3281
4V6I|1|DA|U|3282
Current chains
- Chain DA
- 25S rRNA
Nearby chains
- Chain BF
- 60S ribosomal protein rpL9 (L6p)
- Chain BG
- 60S ribosomal protein rpL6 (L6e)
- Chain BK
- 60S ribosomal protein rpL16 (L13p)
- Chain BN
- 60S ribosomal protein rpL14 (L14e)
- Chain BS
- 60S ribosomal protein rpL20 (L18ae)
- Chain BV
- 60S ribosomal protein rpL17 (L22p)
- Chain Bj
- 60S ribosomal protein rpL33 (L35ae)
Coloring options: