Loop J4_8GHU

3D structure

PDB id: 8GHU (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Methyltransferase RmtC bound to the 30S ribosomal subunit
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3 Å

Loop

Sequence: CCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUU*AGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAG*CGCAACC*GAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGG
Length: 339 nucleotides
Bulged bases: 8GHU|1|a|C|934, 8GHU|1|a|C|936, 8GHU|1|a|G|939, 8GHU|1|a|A|946, 8GHU|1|a|G|953, 8GHU|1|a|U|957, 8GHU|1|a|A|958, 8GHU|1|a|C|962, 8GHU|1|a|A|969, 8GHU|1|a|A|975, 8GHU|1|a|A|983, 8GHU|1|a|G|993, 8GHU|1|a|U|1030, 8GHU|1|a|G|1039, 8GHU|1|a|C|1045, 8GHU|1|a|U|1049, 8GHU|1|a|C|1054, 8GHU|1|a|A|1191, 8GHU|1|a|C|1192, 8GHU|1|a|G|1193, 8GHU|1|a|A|1196, 8GHU|1|a|A|1197, 8GHU|1|a|A|1201, 8GHU|1|a|G|1206, 8GHU|1|a|A|1213, 8GHU|1|a|C|1214, 8GHU|1|a|C|1223, 8GHU|1|a|A|1227, 8GHU|1|a|C|1228, 8GHU|1|a|A|1229, 8GHU|1|a|C|1230, 8GHU|1|a|C|1234, 8GHU|1|a|U|1240, 8GHU|1|a|G|1241, 8GHU|1|a|C|1243, 8GHU|1|a|G|1244, 8GHU|1|a|C|1245, 8GHU|1|a|A|1246, 8GHU|1|a|U|1247, 8GHU|1|a|A|1248, 8GHU|1|a|C|1249, 8GHU|1|a|A|1250, 8GHU|1|a|A|1256, 8GHU|1|a|A|1257, 8GHU|1|a|C|1267, 8GHU|1|a|C|1281, 8GHU|1|a|C|1282, 8GHU|1|a|U|1286, 8GHU|1|a|C|1293, 8GHU|1|a|U|1298, 8GHU|1|a|C|1302, 8GHU|1|a|G|1305, 8GHU|1|a|G|1316, 8GHU|1|a|U|1335, 8GHU|1|a|G|1343, 8GHU|1|a|C|1344, 8GHU|1|a|A|1346, 8GHU|1|a|G|1347, 8GHU|1|a|C|1359, 8GHU|1|a|A|1362, 8GHU|1|a|U|1364, 8GHU|1|a|G|1365, 8GHU|1|a|C|1367, 8GHU|1|a|G|1371, 8GHU|1|a|A|1375, 8GHU|1|a|U|1376, 8GHU|1|a|C|1383, 8GHU|1|a|C|1384
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

8GHU|1|a|C|930
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*
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*
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*
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8GHU|1|a|U|1376
8GHU|1|a|A|1377
8GHU|1|a|C|1378
8GHU|1|a|G|1379
8GHU|1|a|U|1380
8GHU|1|a|U|1381
8GHU|1|a|C|1382
8GHU|1|a|C|1383
8GHU|1|a|C|1384
8GHU|1|a|G|1385
8GHU|1|a|G|1386
8GHU|1|a|G|1387

Current chains

Chain a: 16S rRNA

Nearby chains

Chain c: 30S ribosomal protein S3
Chain e: 30S ribosomal protein S5
Chain g: 30S ribosomal protein S7
Chain m: 30S ribosomal protein S13

J4_8GHU_004