Loop J5_6GZX

3D structure

PDB id: 6GZX (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: T. thermophilus hibernating 100S ribosome (ice)
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 4.57 Å

Loop

Sequence: CUAAACCGU*GCGGGGUCGUGGGGCCC*GGGUACCCGAGUACCC*GGGAAUCUGG*CUAAG
Length: 57 nucleotides
Bulged bases: 6GZX|1|A2|A|261, 6GZX|1|A2|U|289, 6GZX|1|A2|U|433
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

6GZX|1|A2|C|258
6GZX|1|A2|U|259
6GZX|1|A2|A|260
6GZX|1|A2|A|261
6GZX|1|A2|A|262
6GZX|1|A2|C|263
6GZX|1|A2|C|264
6GZX|1|A2|G|265
6GZX|1|A2|U|266
*
6GZX|1|A2|G|280
6GZX|1|A2|C|281
6GZX|1|A2|G|282
6GZX|1|A2|G|283
6GZX|1|A2|G|284
6GZX|1|A2|G|285
6GZX|1|A2|U|286
6GZX|1|A2|C|287
6GZX|1|A2|G|288
6GZX|1|A2|U|289
6GZX|1|A2|G|290
6GZX|1|A2|G|291
6GZX|1|A2|G|292
6GZX|1|A2|G|293
6GZX|1|A2|C|294
6GZX|1|A2|C|295
6GZX|1|A2|C|296
*
6GZX|1|A2|G|390
6GZX|1|A2|G|391
6GZX|1|A2|G|392
6GZX|1|A2|U|393
6GZX|1|A2|A|394
6GZX|1|A2|C|395
6GZX|1|A2|C|396
6GZX|1|A2|C|397
6GZX|1|A2|G|398
6GZX|1|A2|A|399
6GZX|1|A2|G|400
6GZX|1|A2|U|401
6GZX|1|A2|A|402
6GZX|1|A2|C|403
6GZX|1|A2|C|404
6GZX|1|A2|C|405
*
6GZX|1|A2|G|426
6GZX|1|A2|G|427
6GZX|1|A2|G|428
6GZX|1|A2|A|429
6GZX|1|A2|A|430
6GZX|1|A2|U|431
6GZX|1|A2|C|432
6GZX|1|A2|U|433
6GZX|1|A2|G|434
6GZX|1|A2|G|435
*
6GZX|1|A2|C|449
6GZX|1|A2|U|450
6GZX|1|A2|A|451
6GZX|1|A2|A|452
6GZX|1|A2|G|453

Current chains

Chain A2: 23S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain H2: 50S ribosomal protein L9
Chain W2: 50S ribosomal protein L28

J5_6GZX_006