J5_7AJT_001
3D structure
- PDB id
- 7AJT (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome)
- Experimental method
- ELECTRON MICROSCOPY
- Resolution
- 4.6 Å
Loop
- Sequence
- GAUUACUAG*CAAUCUAUUUCAAAGAAUUCAAACUUG*CUCUCAAAUC*GAUUAG*CAAAAGAGC
- Length
- 61 nucleotides
- Bulged bases
- 7AJT|1|D2|U|294, 7AJT|1|D2|A|295, 7AJT|1|D2|C|296, 7AJT|1|D2|U|297, 7AJT|1|D2|A|298, 7AJT|1|D2|A|309, 7AJT|1|D2|U|310, 7AJT|1|D2|A|313, 7AJT|1|D2|A|322, 7AJT|1|D2|U|325, 7AJT|1|D2|C|326, 7AJT|1|D2|A|329, 7AJT|1|D2|C|330, 7AJT|1|D2|U|331, 7AJT|1|D2|U|332, 7AJT|1|D2|U|392, 7AJT|1|D2|C|393, 7AJT|1|D2|U|394, 7AJT|1|D2|A|396, 7AJT|1|D2|A|461, 7AJT|1|D4|A|60, 7AJT|1|D4|G|61
- QA status
- Valid loop
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
7AJT|1|D2|G|291
7AJT|1|D2|A|292
7AJT|1|D2|U|293
7AJT|1|D2|U|294
7AJT|1|D2|A|295
7AJT|1|D2|C|296
7AJT|1|D2|U|297
7AJT|1|D2|A|298
7AJT|1|D2|G|299
*
7AJT|1|D2|C|307
7AJT|1|D2|A|308
7AJT|1|D2|A|309
7AJT|1|D2|U|310
7AJT|1|D2|C|311
7AJT|1|D2|U|312
7AJT|1|D2|A|313
7AJT|1|D2|U|314
7AJT|1|D2|U|315
7AJT|1|D2|U|316
7AJT|1|D2|C|317
7AJT|1|D2|A|318
7AJT|1|D2|A|319
7AJT|1|D2|A|320
7AJT|1|D2|G|321
7AJT|1|D2|A|322
7AJT|1|D2|A|323
7AJT|1|D2|U|324
7AJT|1|D2|U|325
7AJT|1|D2|C|326
7AJT|1|D2|A|327
7AJT|1|D2|A|328
7AJT|1|D2|A|329
7AJT|1|D2|C|330
7AJT|1|D2|U|331
7AJT|1|D2|U|332
7AJT|1|D2|G|333
*
7AJT|1|D2|C|391
7AJT|1|D2|U|392
7AJT|1|D2|C|393
7AJT|1|D2|U|394
7AJT|1|D2|C|395
7AJT|1|D2|A|396
7AJT|1|D2|A|397
7AJT|1|D2|A|398
7AJT|1|D2|U|399
7AJT|1|D2|C|400
*
7AJT|1|D2|G|457
7AJT|1|D2|A|458
7AJT|1|D2|U|459
7AJT|1|D2|U|460
7AJT|1|D2|A|461
7AJT|1|D2|G|462
*
7AJT|1|D4|C|54
7AJT|1|D4|A|55
7AJT|1|D4|A|56
7AJT|1|D4|A|57
7AJT|1|D4|A|58
7AJT|1|D4|G|59
7AJT|1|D4|A|60
7AJT|1|D4|G|61
7AJT|1|D4|C|62
Current chains
- Chain D2
- 5'ETS RNA
- Chain D4
- U3 snoRNA
Nearby chains
- Chain CE
- Nucleolar protein 58
- Chain CI
- U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
- Chain CJ
- U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
- Chain CL
- Ribosome biogenesis protein BMS1
- Chain UA
- Periodic tryptophan protein 2
- Chain UG
- U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
- Chain UK
- U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
- Chain UN
- U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
- Chain UR
- U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
- Chain UU
- U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
- Chain UX
- rRNA-processing protein FCF1
Coloring options: