Loop J5_8QU1

3D structure

PDB id: 8QU1 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 1
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 2.74 Å

Loop

Sequence: CUAGAAAUAAC*GACCC*GUUG*CCAAU*AAGAACUAAUG
Length: 36 nucleotides
Bulged bases: 8QU1|1|A|A|1869, 8QU1|1|A|G|2292, 8QU1|1|A|U|2296, 8QU1|1|A|A|2297, 8QU1|1|A|U|2299
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

8QU1|1|A|C|1865
8QU1|1|A|U|1866
8QU1|1|A|A|1867
8QU1|1|A|G|1868
8QU1|1|A|A|1869
8QU1|1|A|A|1870
8QU1|1|A|A|1871
8QU1|1|A|U|1872
8QU1|1|A|A|1873
8QU1|1|A|A|1874
8QU1|1|A|C|1875
*
8QU1|1|A|G|1899
8QU1|1|A|A|1900
8QU1|1|A|C|1901
8QU1|1|A|C|1902
8QU1|1|A|C|1903
*
8QU1|1|A|G|2019
8QU1|1|A|U|2020
8QU1|1|A|U|2021
8QU1|1|A|G|2022
*
8QU1|1|A|C|2271
8QU1|1|A|C|2272
8QU1|1|A|A|2273
8QU1|1|A|A|2274
8QU1|1|A|U|2275
*
8QU1|1|A|A|2290
8QU1|1|A|A|2291
8QU1|1|A|G|2292
8QU1|1|A|A|2293
8QU1|1|A|A|2294
8QU1|1|A|C|2295
8QU1|1|A|U|2296
8QU1|1|A|A|2297
8QU1|1|A|A|2298
8QU1|1|A|U|2299
8QU1|1|A|G|2300

Current chains

Chain A: 16S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain 3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
Chain F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
Chain M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
Chain R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
Chain S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial

J5_8QU1_002