J5_8QU5_002
3D structure
- PDB id
- 8QU5 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2
- Experimental method
- ELECTRON MICROSCOPY
- Resolution
- 2.42 Å
Loop
- Sequence
- CUAGAAAUAAC*GACCC*GUUG*CCAAU*AAGAACUAAUG
- Length
- 36 nucleotides
- Bulged bases
- 8QU5|1|A|A|1869, 8QU5|1|A|G|2292, 8QU5|1|A|U|2299
- QA status
- Unknown status
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
8QU5|1|A|C|1865
8QU5|1|A|U|1866
8QU5|1|A|A|1867
8QU5|1|A|G|1868
8QU5|1|A|A|1869
8QU5|1|A|A|1870
8QU5|1|A|A|1871
8QU5|1|A|U|1872
8QU5|1|A|A|1873
8QU5|1|A|A|1874
8QU5|1|A|C|1875
*
8QU5|1|A|G|1899
8QU5|1|A|A|1900
8QU5|1|A|C|1901
8QU5|1|A|C|1902
8QU5|1|A|C|1903
*
8QU5|1|A|G|2019
8QU5|1|A|U|2020
8QU5|1|A|U|2021
8QU5|1|A|G|2022
*
8QU5|1|A|C|2271
8QU5|1|A|C|2272
8QU5|1|A|A|2273
8QU5|1|A|A|2274
8QU5|1|A|U|2275
*
8QU5|1|A|A|2290
8QU5|1|A|A|2291
8QU5|1|A|G|2292
8QU5|1|A|A|2293
8QU5|1|A|A|2294
8QU5|1|A|C|2295
8QU5|1|A|U|2296
8QU5|1|A|A|2297
8QU5|1|A|A|2298
8QU5|1|A|U|2299
8QU5|1|A|G|2300
Current chains
- Chain A
- 16S ribosomal RNA
Nearby chains
- Chain 3
- 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
- Chain F
- 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
- Chain M
- 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
- Chain R
- 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
- Chain S
- 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
- Chain c
- 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
- Chain g
- 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
- Chain i
- 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
Coloring options: