J6_7ACJ_001
3D structure
- PDB id
- 7ACJ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
- Description
- Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
- Experimental method
- ELECTRON MICROSCOPY
- Resolution
- 3.2 Å
Loop
- Sequence
- AUGCCGAGGGGC*GCAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCU*AGAGCCC*GGUCAAACCCAAAAGAGAUCGC*GUUAAAACUUAAUCAGGCUAGUUU*AAGCGAAUGUAAAGACUGACUAAGCAU
- Length
- 126 nucleotides
- Bulged bases
- 7ACJ|1|4|A|51, 7ACJ|1|4|G|52, 7ACJ|1|4|G|53, 7ACJ|1|4|G|54, 7ACJ|1|4|A|79, 7ACJ|1|4|A|81, 7ACJ|1|4|U|85, 7ACJ|1|4|A|97, 7ACJ|1|4|C|98, 7ACJ|1|4|G|99, 7ACJ|1|4|A|100, 7ACJ|1|4|A|101, 7ACJ|1|4|A|102, 7ACJ|1|4|A|103, 7ACJ|1|4|C|104, 7ACJ|1|4|A|135, 7ACJ|1|4|U|182, 7ACJ|1|4|C|183, 7ACJ|1|4|C|188, 7ACJ|1|4|C|189, 7ACJ|1|4|A|190, 7ACJ|1|4|A|191, 7ACJ|1|4|A|192, 7ACJ|1|4|U|236, 7ACJ|1|4|U|237, 7ACJ|1|4|U|240, 7ACJ|1|4|U|246, 7ACJ|1|4|G|248, 7ACJ|1|4|U|249, 7ACJ|1|4|A|285, 7ACJ|1|4|U|296, 7ACJ|1|4|C|299
- QA status
- Valid loop
Sequence variability
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give its sequence variability.
- R3DSVS
Structural variability across Equivalence Class
-
The link below will give the loop's structural variability across the equivalence class for this chain.
- R3DMCS EC
Structural variability across Rfam
-
If this chain is mapped to an Rfam alignment, the link below will give the loop's structural variability between chains mapped to the same Rfam family.
- R3DMCS Rfam
- Detailed Annotation
- No text annotation
- Broad Annotation
- No text annotation
- Motif group
- Not in a motif group
- Basepair signature
- Not available
- Number of instances in this motif group
- 0
Unit IDs
7ACJ|1|4|A|45
7ACJ|1|4|U|46
7ACJ|1|4|G|47
7ACJ|1|4|C|48
7ACJ|1|4|C|49
7ACJ|1|4|G|50
7ACJ|1|4|A|51
7ACJ|1|4|G|52
7ACJ|1|4|G|53
7ACJ|1|4|G|54
7ACJ|1|4|G|55
7ACJ|1|4|C|56
*
7ACJ|1|4|G|77
7ACJ|1|4|C|78
7ACJ|1|4|A|79
7ACJ|1|4|A|80
7ACJ|1|4|A|81
7ACJ|1|4|A|82
7ACJ|1|4|A|83
7ACJ|1|4|A|84
7ACJ|1|4|U|85
7ACJ|1|4|A|86
7ACJ|1|4|G|87
7ACJ|1|4|U|88
7ACJ|1|4|C|89
7ACJ|1|4|G|90
7ACJ|1|4|C|91
7ACJ|1|4|A|92
7ACJ|1|4|A|93
7ACJ|1|4|A|94
7ACJ|1|4|C|95
7ACJ|1|4|G|96
7ACJ|1|4|A|97
7ACJ|1|4|C|98
7ACJ|1|4|G|99
7ACJ|1|4|A|100
7ACJ|1|4|A|101
7ACJ|1|4|A|102
7ACJ|1|4|A|103
7ACJ|1|4|C|104
7ACJ|1|4|U|105
7ACJ|1|4|A|106
7ACJ|1|4|C|107
7ACJ|1|4|G|108
7ACJ|1|4|C|109
7ACJ|1|4|U|110
*
7ACJ|1|4|A|133
7ACJ|1|4|G|134
7ACJ|1|4|A|135
7ACJ|1|4|G|136
7ACJ|1|4|C|137
7ACJ|1|4|C|138
7ACJ|1|4|C|139
*
7ACJ|1|4|G|180
7ACJ|1|4|G|181
7ACJ|1|4|U|182
7ACJ|1|4|C|183
7ACJ|1|4|A|184
7ACJ|1|4|A|185
7ACJ|1|4|A|186
7ACJ|1|4|C|187
7ACJ|1|4|C|188
7ACJ|1|4|C|189
7ACJ|1|4|A|190
7ACJ|1|4|A|191
7ACJ|1|4|A|192
7ACJ|1|4|A|193
7ACJ|1|4|G|194
7ACJ|1|4|A|195
7ACJ|1|4|G|196
7ACJ|1|4|A|197
7ACJ|1|4|U|198
7ACJ|1|4|C|199
7ACJ|1|4|G|200
7ACJ|1|4|C|201
*
7ACJ|1|4|G|228
7ACJ|1|4|U|229
7ACJ|1|4|U|230
7ACJ|1|4|A|231
7ACJ|1|4|A|232
7ACJ|1|4|A|233
7ACJ|1|4|A|234
7ACJ|1|4|C|235
7ACJ|1|4|U|236
7ACJ|1|4|U|237
7ACJ|1|4|A|238
7ACJ|1|4|A|239
7ACJ|1|4|U|240
7ACJ|1|4|C|241
7ACJ|1|4|A|242
7ACJ|1|4|G|243
7ACJ|1|4|G|244
7ACJ|1|4|C|245
7ACJ|1|4|U|246
7ACJ|1|4|A|247
7ACJ|1|4|G|248
7ACJ|1|4|U|249
7ACJ|1|4|U|250
7ACJ|1|4|U|251
*
7ACJ|1|4|A|280
7ACJ|1|4|A|281
7ACJ|1|4|G|282
7ACJ|1|4|C|283
7ACJ|1|4|G|284
7ACJ|1|4|A|285
7ACJ|1|4|A|286
7ACJ|1|4|U|287
7ACJ|1|4|G|288
7ACJ|1|4|U|289
7ACJ|1|4|A|290
7ACJ|1|4|A|291
7ACJ|1|4|A|292
7ACJ|1|4|G|293
7ACJ|1|4|A|294
7ACJ|1|4|C|295
7ACJ|1|4|U|296
7ACJ|1|4|G|297
7ACJ|1|4|A|298
7ACJ|1|4|C|299
7ACJ|1|4|U|300
7ACJ|1|4|A|301
7ACJ|1|4|A|302
7ACJ|1|4|G|303
7ACJ|1|4|C|304
7ACJ|1|4|A|305
7ACJ|1|4|U|306
Current chains
- Chain 4
- transfer-messanger RNA (tmRNA)
Nearby chains
- Chain 1
- Large subunit ribosomal RNA; LSU rRNA
- Chain 2
- Small subunit ribosomal RNA; SSU rRNA
- Chain 5
- SsrA-binding protein
- Chain h
- 30S ribosomal protein S3
- Chain i
- 30S ribosomal protein S4
- Chain j
- 30S ribosomal protein S5
- Chain o
- 30S ribosomal protein S10
- Chain q
- 30S ribosomal protein S12
- Chain x
- 30S ribosomal protein S19
Coloring options: