Loop J6_8QU5

3D structure

PDB id: 8QU5 (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 2.42 Å

Loop

Sequence: UUUA*UUCG*CU*AGCA*UCAAUUGAUCC*GACCAACGGAACAA
Length: 39 nucleotides
Bulged bases: 8QU5|1|A|U|2739, 8QU5|1|A|U|2895, 8QU5|1|A|G|2916, 8QU5|1|A|A|2918, 8QU5|1|A|A|2921
QA status: Unknown status

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

8QU5|1|A|U|2737
8QU5|1|A|U|2738
8QU5|1|A|U|2739
8QU5|1|A|A|2740
*
8QU5|1|A|U|2807
8QU5|1|A|U|2808
8QU5|1|A|C|2809
8QU5|1|A|G|2810
*
8QU5|1|A|C|2822
8QU5|1|A|U|2823
*
8QU5|1|A|A|2845
8QU5|1|A|G|2846
8QU5|1|A|C|2847
8QU5|1|A|A|2848
*
8QU5|1|A|U|2890
8QU5|1|A|C|2891
8QU5|1|A|A|2892
8QU5|1|A|A|2893
8QU5|1|A|U|2894
8QU5|1|A|U|2895
8QU5|1|A|G|2896
8QU5|1|A|A|2897
8QU5|1|A|U|2898
8QU5|1|A|C|2899
8QU5|1|A|C|2900
*
8QU5|1|A|G|2909
8QU5|1|A|A|2910
8QU5|1|A|C|2911
8QU5|1|A|C|2912
8QU5|1|A|A|2913
8QU5|1|A|A|2914
8QU5|1|A|C|2915
8QU5|1|A|G|2916
8QU5|1|A|G|2917
8QU5|1|A|A|2918
8QU5|1|A|A|2919
8QU5|1|A|C|2920
8QU5|1|A|A|2921
8QU5|1|A|A|2922

Current chains

Chain A: 16S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain 1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
Chain 3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
Chain M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
Chain W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
Chain X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial

J6_8QU5_002