Loop J8_6HCJ

3D structure

PDB id: 6HCJ (explore in PDB, NAKB, or RNA 3D Hub)
Description: Structure of the rabbit 80S ribosome on globin mRNA in the rotated state with A/P and P/E tRNAs
Experimental method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.8 Å

Loop

Sequence: GGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGAC*GUUUG*CACCUGUCAAACGGUAACGCAGGUGUCC*GGCCUCACGAUCC*GGUGUCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUG*CUUCGAUGUCGG*CUGGGUUUAG*UAGUUUUACCC
Length: 136 nucleotides
Bulged bases: 6HCJ|1|51|A|3908, 6HCJ|1|51|C|3910, 6HCJ|1|51|G|3922, 6HCJ|1|51|A|4214, 6HCJ|1|51|C|4221, 6HCJ|1|51|A|4376, 6HCJ|1|51|A|4379, 6HCJ|1|51|A|4380, 6HCJ|1|51|A|4385, 6HCJ|1|51|A|4394, 6HCJ|1|51|U|4395, 6HCJ|1|51|G|4451, 6HCJ|1|51|U|4532, 6HCJ|1|51|U|4555, 6HCJ|1|51|C|4560
QA status: Valid loop

Sequence variability

R3DSVS

Structural variability across Equivalence Class

R3DMCS EC

Structural variability across Rfam

R3DMCS Rfam

Detailed Annotation: No text annotation
Broad Annotation: No text annotation
Motif group: Not in a motif group
Basepair signature: Not available
Number of instances in this motif group: 0

Unit IDs

6HCJ|1|51|G|3899
6HCJ|1|51|G|3900
6HCJ|1|51|A|3901
6HCJ|1|51|A|3902
6HCJ|1|51|A|3903
6HCJ|1|51|G|3904
6HCJ|1|51|A|3905
6HCJ|1|51|A|3906
6HCJ|1|51|G|3907
6HCJ|1|51|A|3908
6HCJ|1|51|C|3909
6HCJ|1|51|C|3910
6HCJ|1|51|C|3911
6HCJ|1|51|U|3912
6HCJ|1|51|G|3913
6HCJ|1|51|U|3914
6HCJ|1|51|U|3915
6HCJ|1|51|G|3916
6HCJ|1|51|A|3917
6HCJ|1|51|G|3918
6HCJ|1|51|C|3919
6HCJ|1|51|U|3920
6HCJ|1|51|U|3921
6HCJ|1|51|G|3922
6HCJ|1|51|A|3923
6HCJ|1|51|C|3924
*
6HCJ|1|51|G|4187
6HCJ|1|51|U|4188
6HCJ|1|51|U|4189
6HCJ|1|51|U|4190
6HCJ|1|51|G|4191
*
6HCJ|1|51|C|4204
6HCJ|1|51|A|4205
6HCJ|1|51|C|4206
6HCJ|1|51|C|4207
6HCJ|1|51|U|4208
6HCJ|1|51|G|4209
6HCJ|1|51|U|4210
6HCJ|1|51|C|4211
6HCJ|1|51|A|4212
6HCJ|1|51|A|4213
6HCJ|1|51|A|4214
6HCJ|1|51|C|4215
6HCJ|1|51|G|4216
6HCJ|1|51|G|4217
6HCJ|1|51|U|4218
6HCJ|1|51|A|4219
6HCJ|1|51|A|4220
6HCJ|1|51|C|4221
6HCJ|1|51|G|4222
6HCJ|1|51|C|4223
6HCJ|1|51|A|4224
6HCJ|1|51|G|4225
6HCJ|1|51|G|4226
6HCJ|1|51|U|4227
6HCJ|1|51|G|4228
6HCJ|1|51|U|4229
6HCJ|1|51|C|4230
6HCJ|1|51|C|4231
*
6HCJ|1|51|G|4330
6HCJ|1|51|G|4331
6HCJ|1|51|C|4332
6HCJ|1|51|C|4333
6HCJ|1|51|U|4334
6HCJ|1|51|C|4335
6HCJ|1|51|A|4336
6HCJ|1|51|C|4337
6HCJ|1|51|G|4338
6HCJ|1|51|A|4339
6HCJ|1|51|U|4340
6HCJ|1|51|C|4341
6HCJ|1|51|C|4342
*
6HCJ|1|51|G|4370
6HCJ|1|51|G|4371
6HCJ|1|51|U|4372
6HCJ|1|51|G|4373
6HCJ|1|51|U|4374
6HCJ|1|51|C|4375
6HCJ|1|51|A|4376
6HCJ|1|51|G|4377
6HCJ|1|51|A|4378
6HCJ|1|51|A|4379
6HCJ|1|51|A|4380
6HCJ|1|51|A|4381
6HCJ|1|51|G|4382
6HCJ|1|51|U|4383
6HCJ|1|51|U|4384
6HCJ|1|51|A|4385
6HCJ|1|51|C|4386
6HCJ|1|51|C|4387
6HCJ|1|51|A|4388
6HCJ|1|51|C|4389
6HCJ|1|51|A|4390
6HCJ|1|51|G|4391
6HCJ|1|51|G|4392
6HCJ|1|51|G|4393
6HCJ|1|51|A|4394
6HCJ|1|51|U|4395
6HCJ|1|51|A|4396
6HCJ|1|51|A|4397
6HCJ|1|51|C|4398
6HCJ|1|51|U|4399
6HCJ|1|51|G|4400
*
6HCJ|1|51|C|4444
6HCJ|1|51|U|4445
6HCJ|1|51|U|4446
6HCJ|1|51|C|4447
6HCJ|1|51|G|4448
6HCJ|1|51|A|4449
6HCJ|1|51|U|4450
6HCJ|1|51|G|4451
6HCJ|1|51|U|4452
6HCJ|1|51|C|4453
6HCJ|1|51|G|4454
6HCJ|1|51|G|4455
*
6HCJ|1|51|C|4525
6HCJ|1|51|U|4526
6HCJ|1|51|G|4527
6HCJ|1|51|G|4528
6HCJ|1|51|G|4529
6HCJ|1|51|U|4530
6HCJ|1|51|U|4531
6HCJ|1|51|U|4532
6HCJ|1|51|A|4533
6HCJ|1|51|G|4534
*
6HCJ|1|51|U|4552
6HCJ|1|51|A|4553
6HCJ|1|51|G|4554
6HCJ|1|51|U|4555
6HCJ|1|51|U|4556
6HCJ|1|51|U|4557
6HCJ|1|51|U|4558
6HCJ|1|51|A|4559
6HCJ|1|51|C|4560
6HCJ|1|51|C|4561
6HCJ|1|51|C|4562

Current chains

Chain 51: 28S ribosomal RNA

Nearby chains

Chain 1: nascent chain
Chain 33: Transfer RNA; tRNA
Chain A3: Ribosomal protein L8
Chain B3: uL3
Chain C3: uL4
Chain I3: 60S ribosomal protein L10
Chain N3: Ribosomal protein L15
Chain P3: uL22
Chain Q3: eL18
Chain T3: eL21
Chain V3: Ribosomal protein L23
Chain a3: uL15
Chain b3: eL29
Chain o3: eL42
Chain q3: Transfer RNA; tRNA

J8_6HCJ_001