RNA 3D Hub //

4D5L Hairpin, Internal, and multi-helix Junction Loop Motifs

Download loops

Valid loops

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Valid loops

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IL_4V88_430
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homologous
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NA
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geometric
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IL_69986.1
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homologous
IL_4V88_444
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homologous
IL_4V88_445
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homologous
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1/1/1309:1316		No text annotation
IL_4D5L_0561/1/1291:1293,
1/1/1306:1308		No text annotation
homologous
IL_4V88_448
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1/1/1502:1503		Single bulged U
homologous
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IL_82107.4
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homologous
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homologous
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NA
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geometric
IL_5UNE_001
IL_44465.1
IL_4D5L_0631/1/1397:1399,
1/1/1447:1448		No text annotation
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1/1/1441:1445		No text annotation
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1/1/1429:1431		No text annotation
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geometric
IL_6OL3_002
IL_87907.2
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1/1/1582:1592		No text annotation
IL_4D5L_0681/1/1550:1558,
1/1/1577:1582		No text annotation
IL_4D5L_1091/1/1560:1562,
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homologous
IL_8CRE_464
IL_07785.1
IL_4D5L_0701/1/1604:1610,
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homologous
IL_8C3A_469
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homologous
IL_4V88_463
NA
IL_4D5L_0721/1/1702:1705,
1/1/1829:1833		No text annotation
geometric
IL_4V88_464
NA
IL_4D5L_0731/1/1706:1708,
1/1/1826:1828		Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_4V88_465
NA
IL_4D5L_0741/1/1708:1711,
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geometric
IL_4V88_466
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homologous
IL_8C3A_474
NA
IL_4D5L_0761/1/1717:1720,
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geometric
IL_4V88_468
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IL_4D5L_0781/1/1729:1731,
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homologous
IL_4V88_470
NA
IL_4D5L_0791/1/1733:1736,
1/1/1798:1801		Double sheared
homologous
IL_4V88_471
NA
IL_4D5L_0801/1/1739:1742,
1/1/1792:1795		Tandem non-canonical cWW pairs
homologous
IL_4V88_473
NA
IL_4D5L_1001/1/1742:1746,
1/1/1788:1792		Triple sheared
homologous
IL_8C3A_480
NA
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homologous
IL_4V88_475
NA

Problematic loops

#loop idProblemSequence
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IL_4D5L_037Isolated non-canonical cWW pair
IL_4D5L_041Kink-turn related
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IL_4D5L_089No text annotation
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IL_4D5L_058Tandem non-canonical cWW pairs
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IL_4D5L_066No text annotation
IL_4D5L_097Tandem non-canonical cWW pairs
IL_4D5L_069Tandem non-canonical cWW pairs
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IL_4D5L_101Partly complementary

Valid loops

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J3_4V88_033
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J3_8P9A_075
J3_94999.1
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J3_8C3A_038
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J3_8C3A_041
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homologous
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Problematic loops

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