Valid loops

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HL_4V88_186
NA
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HL_4D5L_0031/1/156:162GNRA related
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HL_4V88_188
NA
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NA
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NA
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HL_4V88_195
NA
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HL_4V88_196
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HL_5NFV_001
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HL_4V88_222
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Problematic loops

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Valid loops

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homologous
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IL_4D5L_0031/1/36:40,
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Triple sheared related
homologous
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No text annotation
homologous
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Minor groove platform
homologous
IL_4V88_388
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No text annotation
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Multiple bulged bases
homologous
IL_4V88_392
NA
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No text annotation
homologous
IL_8P9A_382
IL_02934.1
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Isolated non-canonical cWW contact
homologous
IL_4V88_395
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No text annotation
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No text annotation
IL_4D5L_0861/1/317:321,
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No text annotation
IL_4D5L_0141/1/359:364,
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Kink-turn with non-sequential stacking
homologous
IL_4V88_402
NA
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No text annotation
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IL_4ERD_001
IL_42626.1
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No text annotation
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Isolated cWH basepair
homologous
IL_4V88_405
NA
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Isolated near basepair
homologous
IL_4V88_406
NA
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1/1/511:512
Single bulged U
homologous
IL_4V88_407
NA
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1/1/508:509
C-loop
geometric
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IL_31461.3
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Single bulged G
geometric
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IL_00225.9
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Single bulged A
homologous
IL_4V88_409
NA
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No text annotation
IL_4D5L_0241/1/565:569,
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No text annotation
IL_4D5L_0251/1/599:608,
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geometric
IL_4V88_470
NA
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Kink-turn related
homologous
IL_4V88_415
NA
IL_4D5L_0271/1/663:665,
1/1/1162:1164
Isolated cWH basepair
geometric
IL_406D_002
IL_10167.3
IL_4D5L_0281/1/673:675,
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Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_4V88_417
NA
IL_4D5L_0291/1/676:680,
1/1/1025:1029
tSH-tHW-tHS
homologous
IL_4V88_418
NA
IL_4D5L_0301/1/692:694,
1/1/738:739
Multiple bulged bases
geometric
IL_7Q80_001
IL_82107.2
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1/1/790:791
No text annotation
IL_4D5L_0321/1/802:803,
1/1/860:863
Major groove minor groove platform; mini C-loop
homologous
IL_4V88_423
NA
IL_4D5L_0331/1/804:807,
1/1/856:859
Tandem non-canonical cWW pairs
geometric
IL_7A0S_040
IL_54697.2
IL_4D5L_0341/1/807:815,
1/1/849:856
No text annotation
homologous
IL_4V88_425
NA
IL_4D5L_0351/1/877:879,
1/1/907:909
Isolated cWH basepair
homologous
IL_4V88_427
NA
IL_4D5L_0361/1/922:923,
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Major groove platform; stack outside cWW
geometric
IL_4V88_428
NA
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No text annotation
IL_4D5L_0381/1/928:931,
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Tandem non-canonical cWW pairs
geometric
IL_4V88_430
NA
IL_4D5L_0391/1/931:935,
1/1/1007:1010
Tandem non-canonical cWW pairs
homologous
IL_4V88_431
NA
IL_4D5L_0401/1/942:945,
1/1/981:984
Tandem non-canonical cWW pairs
homologous
IL_4V88_432
NA
IL_4D5L_1061/1/952:956,
1/1/967:974
No text annotation
IL_4D5L_0421/1/1042:1047,
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Other IL
homologous
IL_4V88_435
NA
IL_4D5L_0431/1/1047:1051,
1/1/1067:1071
tSH-tHW-tHS
geometric
IL_4V88_436
NA
IL_4D5L_0441/1/1091:1093,
1/1/1152:1158
No text annotation
homologous
IL_4V88_437
NA
IL_4D5L_0451/1/1098:1101,
1/1/1131:1134
Tandem non-canonical cWW pairs
homologous
IL_4V88_438
NA
IL_4D5L_0461/1/1101:1103,
1/1/1129:1131
Isolated non-canonical cWW contact
geometric
IL_5UNE_009
IL_63702.2
IL_4D5L_0471/1/1108:1110,
1/1/1123:1124
Single bulged U
homologous
IL_4V88_439
NA
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1/1/1186:1191
8x6 Sarcin-Ricin with inserted Y; G-bulge
homologous
IL_4V88_440
NA
IL_4D5L_0881/1/1202:1204,
1/1/1694:1697
No text annotation
IL_4D5L_0501/1/1206:1210,
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Tandem non-canonical cWW pairs
geometric
IL_1D4R_001
NA
IL_4D5L_1071/1/1206:1212,
1/1/1687:1692
No text annotation
IL_4D5L_0511/1/1213:1217,
1/1/1681:1686
No text annotation
IL_4D5L_0521/1/1230:1232,
1/1/1526:1528
Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_4V88_444
NA
IL_4D5L_0531/1/1235:1236,
1/1/1521:1523
Minor groove platform
homologous
IL_4V88_445
NA
IL_4D5L_0911/1/1270:1272,
1/1/1510:1512
Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_8C3A_452
IL_10289.1
IL_4D5L_1081/1/1280:1290,
1/1/1309:1317
No text annotation
IL_4D5L_0551/1/1281:1290,
1/1/1309:1316
No text annotation
IL_4D5L_0561/1/1291:1293,
1/1/1306:1308
No text annotation
homologous
IL_4V88_448
NA
IL_4D5L_0571/1/1325:1327,
1/1/1502:1503
Single bulged U
homologous
IL_4V88_449
NA
IL_4D5L_0941/1/1329:1332,
1/1/1499:1500
Multiple bulged bases
geometric
IL_1FUF_002
IL_82107.2
IL_4D5L_0591/1/1333:1335,
1/1/1492:1498
Minor groove platform with extra cWW
homologous
IL_4V88_451
NA
IL_4D5L_0601/1/1337:1338,
1/1/1488:1490
Single bulged A
homologous
IL_4V88_452
NA
IL_4D5L_0611/1/1347:1349,
1/1/1380:1382
Isolated cWH basepair
homologous
IL_4V88_453
NA
IL_4D5L_0621/1/1395:1397,
1/1/1448:1450
Isolated non-canonical cWW contact
geometric
IL_5UNE_001
IL_63702.2
IL_4D5L_0631/1/1397:1399,
1/1/1447:1448
No text annotation
IL_4D5L_0951/1/1401:1405,
1/1/1441:1445
No text annotation
IL_4D5L_0651/1/1408:1413,
1/1/1433:1438
No text annotation
IL_4D5L_0961/1/1415:1418,
1/1/1429:1431
No text annotation
IL_4D5L_0671/1/1537:1539,
1/1/1594:1596
Isolated non-canonical cWW pair
geometric
IL_6OL3_002
IL_10289.1
IL_4D5L_0981/1/1541:1550,
1/1/1582:1592
No text annotation
IL_4D5L_0681/1/1550:1558,
1/1/1577:1582
No text annotation
IL_4D5L_1091/1/1560:1562,
1/1/1573:1575
No text annotation
IL_4D5L_0701/1/1604:1610,
1/1/1629:1635
No text annotation
homologous
IL_8C3A_469
NA
IL_4D5L_0711/1/1700:1702,
1/1/1833:1836
No text annotation
homologous
IL_4V88_463
NA
IL_4D5L_0721/1/1702:1705,
1/1/1829:1833
No text annotation
geometric
IL_4V88_464
NA
IL_4D5L_0731/1/1706:1708,
1/1/1826:1828
Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_4V88_465
NA
IL_4D5L_0741/1/1708:1711,
1/1/1822:1826
Non canonical cWW and near pair
geometric
IL_4V88_466
NA
IL_4D5L_0991/1/1714:1716,
1/1/1817:1819
Isolated non-canonical cWW pair
homologous
IL_8C3A_474
IL_63702.2
IL_4D5L_0761/1/1717:1720,
1/1/1813:1816
Double sheared
geometric
IL_4V88_468
NA
IL_4D5L_0771/1/1720:1722,
1/1/1812:1813
No text annotation
IL_4D5L_0781/1/1729:1731,
1/1/1803:1805
Isolated non-canonical cWW
homologous
IL_4V88_470
NA
IL_4D5L_0791/1/1733:1736,
1/1/1798:1801
Double sheared
homologous
IL_4V88_471
NA
IL_4D5L_0801/1/1739:1742,
1/1/1792:1795
Tandem non-canonical cWW pairs
homologous
IL_4V88_473
NA
IL_4D5L_1001/1/1742:1746,
1/1/1788:1792
Triple sheared
homologous
IL_8C3A_480
IL_50730.1
IL_4D5L_0821/1/1750:1752,
1/1/1780:1784
No text annotation
homologous
IL_4V88_475
NA

Problematic loops

#loop idProblemSequence
IL_4D5L_001Tandem non-canonical cWW pairs
IL_4D5L_006No text annotation
IL_4D5L_009No text annotation
IL_4D5L_012No text annotation
IL_4D5L_023No text annotation
IL_4D5L_087No text annotation
IL_4D5L_037Isolated non-canonical cWW pair
IL_4D5L_041Kink-turn related
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IL_4D5L_089No text annotation
IL_4D5L_090No text annotation
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IL_4D5L_092No text annotation
IL_4D5L_093No text annotation
IL_4D5L_058Tandem non-canonical cWW pairs
IL_4D5L_064No text annotation
IL_4D5L_066No text annotation
IL_4D5L_097Tandem non-canonical cWW pairs
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IL_4D5L_075Tandem non-canonical cWW pairs
IL_4D5L_081No text annotation
IL_4D5L_101Partly complementary

Valid loops

3DLoop idLocationAnnotation; motif groupMapped info
J3_4D5L_0011/1/40:41,
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1/1/512:514
No text annotation
homologous
J3_8P9A_068
NA
J3_4D5L_0021/1/681:684,
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1/1/1022:1024
No text annotation
J3_4D5L_0031/1/816:819,
1/1/829:831,
1/1/843:848
No text annotation
geometric
J3_4V88_032
NA
J3_4D5L_0041/1/938:941,
1/1/985:993,
1/1/1000:1004
No text annotation
homologous
J3_4V88_033
NA
J3_4D5L_0121/1/1094:1096,
1/1/1136:1140,
1/1/1147:1151
No text annotation
homologous
J3_8P9A_075
NA
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No text annotation
homologous
J3_8C3A_038
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1/1/1254:1266,
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No text annotation
J3_4D5L_0081/1/1272:1277,
1/1/1320:1324,
1/1/1504:1510
No text annotation
homologous
J3_8C3A_041
NA
J3_4D5L_0091/1/1340:1345,
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1/1/1481:1486
No text annotation
homologous
J3_4V88_039
NA
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J3_4D5L_0141/1/1391:1395,
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No text annotation
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Problematic loops

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