6YSI Internal, hairpin and 3-way junction loop motifs
Valid loops
# | loop id | location | motif |
---|---|---|---|
1 | ➜ | 1/1/24:30,1/1/502:508 | NA |
2 | ➜ | 1/1/36:37,1/1/434:436 | NA |
3 | ➜ | 1/1/43:44,1/1/426:428 | NA |
4 | ➜ | 1/1/81:85,1/1/98:105 | NA |
5 | ➜ | 1/1/183:184,1/1/212:214 | NA |
6 | ➜ | 1/1/188:194,1/1/201:208 | NA |
7 | ➜ | 1/1/239:245,1/1/253:258 | NA |
8 | ➜ | 1/1/269:275,1/1/355:362 | NA |
9 | ➜ | 1/1/288:290,1/1/338:342 | NA |
10 | ➜ | 1/1/298:300,1/1/307:309 | NA |
11 | ➜ | 1/1/473:476,1/1/488:501 | NA |
12 | ➜ | 1/1/528:531,1/1/545:548 | NA |
13 | ➜ | 1/1/535:536,1/1/539:541 | NA |
14 | ➜ | 1/1/555:557,1/1/566:568 | NA |
15 | ➜ | 1/1/597:601,1/1/609:613 | NA |
16 | ➜ | 1/1/663:665,1/1/797:799 | NA |
17 | ➜ | 1/1/665:669,1/1/790:797 | NA |
18 | ➜ | 1/1/688:689,1/1/754:756 | NA |
19 | ➜ | 1/1/693:694,1/1/719:721 | NA |
20 | ➜ | 1/1/694:698,1/1/715:719 | NA |
21 | ➜ | 1/1/729:731,1/1/748:749 | NA |
22 | ➜ | 1/1/733:735,1/1/744:746 | NA |
23 | ➜ | 1/1/766:768,1/1/778:782 | NA |
24 | ➜ | 1/1/834:839,1/1/921:925 | NA |
25 | ➜ | 1/1/841:842,1/1/917:919 | NA |
26 | ➜ | 1/1/847:853,1/1/906:912 | NA |
27 | ➜ | 1/1/853:854,1/1/904:906 | NA |
28 | ➜ | 1/1/855:859,1/1/900:903 | NA |
29 | ➜ | 1/1/861:863,1/1/896:898 | NA |
30 | ➜ | 1/1/984:986,1/1/1150:1151 | NA |
31 | ➜ | 1/1/988:992,1/1/1144:1148 | NA |
32 | ➜ | 1/1/994:1001,1/1/1141:1142 | NA |
33 | ➜ | 1/1/1001:1003,1/1/1140:1141 | NA |
34 | ➜ | 1/1/1008:1020,1/1/1114:1135 | NA |
35 | ➜ | 1/1/1021:1024,1/1/1111:1113 | NA |
36 | ➜ | 1/1/1028:1031,1/1/1104:1107 | NA |
37 | ➜ | 1/1/1184:1186,1/1/1235:1238 | NA |
38 | ➜ | 1/1/1190:1194,1/1/1228:1231 | NA |
39 | ➜ | 1/1/1196:1203,1/1/1222:1226 | NA |
40 | ➜ | 1/1/1250:1257,1/1/2000:2006 | NA |
41 | ➜ | 1/1/1298:1301,1/1/1594:1595 | NA |
42 | ➜ | 1/1/1307:1311,1/1/1319:1321 | NA |
43 | ➜ | 1/1/1339:1343,1/1/1364:1368 | NA |
44 | ➜ | 1/1/1345:1349,1/1/1358:1362 | NA |
45 | ➜ | 1/1/1403:1404,1/1/1573:1578 | NA |
46 | ➜ | 1/1/1405:1409,1/1/1568:1572 | NA |
47 | ➜ | 1/1/1420:1423,1/1/1548:1552 | NA |
48 | ➜ | 1/1/1425:1428,1/1/1542:1546 | NA |
49 | ➜ | 1/1/1461:1466,1/1/1502:1507 | NA |
50 | ➜ | 1/1/1469:1471,1/1/1494:1499 | NA |
51 | ➜ | 1/1/1477:1479,1/1/1487:1488 | NA |
52 | ➜ | 1/1/1642:1647,1/1/1993:1995 | NA |
53 | ➜ | 1/1/1654:1656,1/1/1984:1986 | NA |
54 | ➜ | 1/1/1657:1660,1/1/1982:1983 | NA |
55 | ➜ | 1/1/1660:1665,1/1/1979:1982 | NA |
56 | ➜ | 1/1/1677:1682,1/1/1687:1693 | NA |
57 | ➜ | 1/1/1759:1760,1/1/1969:1971 | NA |
58 | ➜ | 1/1/1787:1793,1/1/1802:1810 | NA |
59 | ➜ | 1/1/1826:1829,1/1/1891:1892 | NA |
60 | ➜ | 1/1/1830:1831,1/1/1887:1890 | NA |
61 | ➜ | 1/1/1835:1838,1/1/1882:1883 | NA |
62 | ➜ | 1/1/1853:1856,1/1/1863:1867 | NA |
63 | ➜ | 1/1/1922:1923,1/1/1953:1956 | NA |
64 | ➜ | 1/1/1923:1934,1/1/1950:1953 | NA |
65 | ➜ | 1/1/2038:2041,1/1/2606:2608 | NA |
66 | ➜ | 1/1/2043:2045,1/1/2601:2604 | NA |
67 | ➜ | 1/1/2056:2059,1/1/2430:2432 | NA |
68 | ➜ | 1/1/2059:2060,1/1/2427:2430 | NA |
69 | ➜ | 1/1/2070:2072,1/1/2225:2228 | NA |
70 | ➜ | 1/1/2074:2076,1/1/2221:2223 | NA |
71 | ➜ | 1/1/2191:2193,1/1/2209:2210 | NA |
72 | ➜ | 1/1/2286:2289,1/1/2305:2310 | NA |
73 | ➜ | 1/1/2339:2342,1/1/2353:2356 | NA |
74 | ➜ | 1/1/2390:2392,1/1/2403:2404 | NA |
75 | ➜ | 1/1/2442:2443,1/1/2487:2489 | NA |
76 | ➜ | 1/1/2443:2444,1/1/2485:2487 | NA |
77 | ➜ | 1/1/2446:2448,1/1/2482:2483 | NA |
78 | ➜ | 1/1/2448:2450,1/1/2478:2482 | NA |
79 | ➜ | 1/1/2455:2459,1/1/2469:2473 | NA |
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81 | ➜ | 1/1/2499:2501,1/1/2563:2567 | NA |
82 | ➜ | 1/1/2501:2502,1/1/2560:2563 | NA |
83 | ➜ | 1/1/2511:2512,1/1/2529:2532 | NA |
84 | ➜ | 1/1/2580:2581,1/1/2590:2592 | NA |
85 | ➜ | 1/1/2625:2629,1/1/2763:2771 | NA |
86 | ➜ | 1/1/2640:2647,1/1/2652:2658 | NA |
87 | ➜ | 1/1/2669:2673,1/1/2714:2716 | NA |
88 | ➜ | 1/1/2676:2680,1/1/2707:2711 | NA |
89 | ➜ | 1/1/2684:2685,1/1/2700:2703 | NA |
90 | ➜ | 1/1/2726:2731,1/1/2751:2756 | NA |
91 | ➜ | 1/1/2784:2785,1/1/2788:2790 | NA |
92 | ➜ | 1/1/2795:2800,1/1/2878:2881 | NA |
93 | ➜ | 1/1/2827:2828,1/1/2867:2869 | NA |
94 | ➜ | 1/1/2832:2835,1/1/2859:2863 | NA |
95 | ➜ | 1/1/2836:2841,1/1/2854:2858 | NA |
96 | ➜ | 1/5/16:17,1/5/64:66 | NA |
97 | ➜ | 1/5/21:27,1/5/55:60 | NA |
98 | ➜ | 1/5/29:30,1/5/50:53 | NA |
99 | ➜ | 1/5/33:37,1/5/43:47 | NA |
100 | ➜ | 1/5/70:78,1/5/95:103 | NA |
Problematic loops
No problematic loops
Valid loops
# | loop id | location | motif |
---|---|---|---|
1 | ➜ | 1/1/59:68 | NA |
2 | ➜ | 1/1/86:97 | NA |
3 | ➜ | 1/1/123:128 | NA |
4 | ➜ | 1/1/137:142 | NA |
5 | ➜ | 1/1/158:168 | NA |
6 | ➜ | 1/1/194:201 | NA |
7 | ➜ | 1/1/225:230 | NA |
8 | ➜ | 1/1/246:252 | NA |
9 | ➜ | 1/1/300:307 | NA |
10 | ➜ | 1/1/314:318 | NA |
11 | ➜ | 1/1/322:330 | NA |
12 | ➜ | 1/1/374:384 | NA |
13 | ➜ | 1/1/402:409 | NA |
14 | ➜ | 1/1/454:459 | NA |
15 | ➜ | 1/1/479:485 | NA |
16 | ➜ | 1/1/536:539 | NA |
17 | ➜ | 1/1/557:566 | NA |
18 | ➜ | 1/1/602:608 | NA |
19 | ➜ | 1/1/620:625 | NA |
20 | ➜ | 1/1/632:638 | NA |
21 | ➜ | 1/1/703:710 | NA |
22 | ➜ | 1/1/735:744 | NA |
23 | ➜ | 1/1/770:776 | NA |
24 | ➜ | 1/1/817:822 | NA |
25 | ➜ | 1/1/945:952 | NA |
26 | ➜ | 1/1/968:975 | NA |
27 | ➜ | 1/1/1161:1167 | NA |
28 | ➜ | 1/1/1210:1215 | NA |
29 | ➜ | 1/1/1269:1277 | NA |
30 | ➜ | 1/1/1312:1318 | NA |
31 | ➜ | 1/1/1351:1356 | NA |
32 | ➜ | 1/1/1377:1386 | NA |
33 | ➜ | 1/1/1438:1449 | NA |
34 | ➜ | 1/1/1480:1486 | NA |
35 | ➜ | 1/1/1556:1559 | NA |
36 | ➜ | 1/1/1603:1610 | NA |
37 | ➜ | 1/1/1621:1627 | NA |
38 | ➜ | 1/1/1682:1687 | NA |
39 | ➜ | 1/1/1741:1745 | NA |
40 | ➜ | 1/1/1766:1776 | NA |
41 | ➜ | 1/1/1795:1800 | NA |
42 | ➜ | 1/1/1857:1862 | NA |
43 | ➜ | 1/1/1899:1909 | NA |
44 | ➜ | 1/1/1938:1946 | NA |
45 | ➜ | 1/1/2016:2025 | NA |
46 | ➜ | 1/1/2198:2204 | NA |
47 | ➜ | 1/1/2237:2245 | NA |
48 | ➜ | 1/1/2253:2265 | NA |
49 | ➜ | 1/1/2292:2302 | NA |
50 | ➜ | 1/1/2313:2320 | NA |
51 | ➜ | 1/1/2344:2351 | NA |
52 | ➜ | 1/1/2363:2368 | NA |
53 | ➜ | 1/1/2393:2402 | NA |
54 | ➜ | 1/1/2460:2468 | NA |
55 | ➜ | 1/1/2517:2524 | NA |
56 | ➜ | 1/1/2540:2546 | NA |
57 | ➜ | 1/1/2583:2588 | NA |
58 | ➜ | 1/1/2647:2652 | NA |
59 | ➜ | 1/1/2690:2695 | NA |
60 | ➜ | 1/1/2734:2748 | NA |
61 | ➜ | 1/1/2785:2788 | NA |
62 | ➜ | 1/1/2808:2816 | NA |
63 | ➜ | 1/1/2845:2850 | NA |
64 | ➜ | 1/5/37:43 | NA |
65 | ➜ | 1/5/84:89 | NA |
Problematic loops
Valid loops
# | loop id | location | motif |
---|---|---|---|
1 | ➜ | 1/1/30:31,1/1/466:473,1/1/501:502 | NA |
2 | ➜ | 1/1/56:57,1/1/70:76,1/1/110:114 | NA |
3 | ➜ | 1/1/674:680,1/1/764:766,1/1/782:785 | NA |
4 | ➜ | 1/1/689:691,1/1/723:727,1/1/751:754 | NA |
5 | ➜ | 1/1/1286:1291,1/1/1616:1618,1/1/1630:1633 | NA |
6 | ➜ | 1/1/1294:1297,1/1/1596:1602,1/1/1611:1613 | NA |
7 | ➜ | 1/1/1332:1337,1/1/1370:1373,1/1/1390:1391 | NA |
8 | ➜ | 1/1/1432:1433,1/1/1454:1459,1/1/1509:1538 | NA |
9 | ➜ | 1/1/2080:2082,1/1/2185:2189,1/1/2212:2217 | NA |
10 | ➜ | 1/1/2284:2286,1/1/2310:2312,1/1/2321:2326 | NA |
11 | ➜ | 1/1/2506:2509,1/1/2534:2536,1/1/2550:2556 | NA |
12 | ➜ | 1/1/2778:2781,1/1/2793:2795,1/1/2881:2883 | NA |
13 | ➜ | 1/1/2803:2804,1/1/2820:2825,1/1/2871:2875 | NA |
14 | ➜ | 1/5/9:15,1/5/67:69,1/5/104:108 | NA |
Problematic loops
No problematic loops
Coloring options: