BGSU RNA Site //

3CCV Internal, Hairpin and 3-way Junction Loop Motifs

Download loops

Valid loops

#loop idlocationannotationmotif
1➜1/0/55:64NANA
2➜1/0/83:91NANA
3➜1/0/118:122NANA
4➜1/0/136:142NANA
5➜1/0/164:171NANA
6➜1/0/195:201NANA
7➜1/0/217:223NANA
8➜1/0/252:257NANA
9➜1/0/312:319NANA
10➜1/0/326:330NANA
11➜1/0/334:342NANA
12➜1/0/390:399NANA
13➜1/0/416:424NANA
14➜1/0/468:473NANA
15➜1/0/493:499NANA
16➜1/0/576:581NANA
17➜1/0/623:632NANA
18➜1/0/670:676NANA
19➜1/0/690:695NANA
20➜1/0/733:738NANA
21➜1/0/804:809NANA
22➜1/0/837:846NANA
23➜1/0/872:878NANA
24➜1/0/919:924NANA
25➜1/0/1054:1060NANA
26➜1/0/1076:1083NANA
27➜1/0/1168:1178NANA
28➜1/0/1274:1282NANA
29➜1/0/1326:1331NANA
30➜1/0/1387:1395NANA
31➜1/0/1430:1436NANA
32➜1/0/1468:1474NANA
33➜1/0/1498:1507NANA
34➜1/0/1594:1600NANA
35➜1/0/1628:1633NANA
36➜1/0/1651:1655NANA
37➜1/0/1687:1694NANA
38➜1/0/1705:1713NANA
39➜1/0/1769:1774NANA
40➜1/0/1793:1799NANA
41➜1/0/1808:1812NANA
42➜1/0/1833:1843NANA
43➜1/0/1862:1867NANA
44➜1/0/1916:1923NANA
45➜1/0/1990:1998NANA
46➜1/0/2068:2077NANA
47➜1/0/2248:2253NANA
48➜1/0/2281:2289NANA
49➜1/0/2298:2310NANA
50➜1/0/2358:2365NANA
51➜1/0/2389:2399NANA
52➜1/0/2411:2416NANA
53➜1/0/2442:2450NANA
54➜1/0/2506:2514NANA
55➜1/0/2563:2570NANA
56➜1/0/2585:2593NANA
57➜1/0/2629:2634NANA
58➜1/0/2695:2700NANA
59➜1/0/2737:2742NANA
60➜1/0/2780:2794NANA
61➜1/0/2836:2844NANA
62➜1/0/2876:2881NANA
63➜1/9/37:43NANA
64➜1/9/89:94NANA

Problematic loops

#loop idProblemSequence
1➜NA
2➜NA
3➜NA
4➜NA
5➜NA
6➜NA
7➜NA
8➜NA

Valid loops

#loop idlocationannotationmotif
1➜1/0/21:27,1/0/516:522NANA
2➜1/0/33:34,1/0/448:450NANA
3➜1/0/39:41,1/0/440:443NANA
4➜1/0/77:81,1/0/93:100NANA
5➜1/0/153:154,1/0/182:184NANA
6➜1/0/158:164,1/0/171:178NANA
7➜1/0/210:216,1/0/224:229NANA
8➜1/0/245:248,1/0/265:266NANA
9➜1/0/248:249,1/0/260:265NANA
10➜1/0/274:275,1/0/374:376NANA
11➜1/0/280:287,1/0/365:369NANA
12➜1/0/290:296,1/0/355:362NANA
13➜1/0/307:309,1/0/322:323NANA
14➜1/0/487:491,1/0/501:515NANA
15➜1/0/548:553,1/0/606:608NANA
16➜1/0/554:555,1/0/602:605NANA
17➜1/0/558:560,1/0/597:599NANA
18➜1/0/562:567,1/0/591:595NANA
19➜1/0/567:572,1/0/585:591NANA
20➜1/0/663:667,1/0/679:683NANA
21➜1/0/699:702,1/0/726:727NANA
22➜1/0/705:709,1/0/719:723NANA
23➜1/0/763:765,1/0/899:901NANA
24➜1/0/765:769,1/0/892:899NANA
25➜1/0/788:789,1/0/856:858NANA
26➜1/0/793:794,1/0/819:821NANA
27➜1/0/794:798,1/0/815:819NANA
28➜1/0/830:833,1/0/849:851NANA
29➜1/0/834:836,1/0/847:848NANA
30➜1/0/868:870,1/0/880:884NANA
31➜1/0/936:940,1/0/1026:1034NANA
32➜1/0/942:944,1/0/1023:1024NANA
33➜1/0/952:956,1/0/1011:1015NANA
34➜1/0/956:957,1/0/1009:1011NANA
35➜1/0/958:964,1/0/1004:1008NANA
36➜1/0/965:968,1/0/1000:1003NANA
37➜1/0/1095:1099,1/0/1257:1261NANA
38➜1/0/1101:1108,1/0/1254:1255NANA
39➜1/0/1108:1110,1/0/1253:1254NANA
40➜1/0/1115:1121,1/0/1243:1248NANA
41➜1/0/1136:1138,1/0/1225:1226NANA
42➜1/0/1147:1155,1/0/1212:1216NANA
43➜1/0/1163:1167,1/0/1179:1183NANA
44➜1/0/1269:1270,1/0/1286:1289NANA
45➜1/0/1301:1303,1/0/1351:1354NANA
46➜1/0/1303:1305,1/0/1349:1351NANA
47➜1/0/1312:1319,1/0/1338:1342NANA
48➜1/0/1367:1373,1/0/2052:2057NANA
49➜1/0/1416:1419,1/0/1678:1679NANA
50➜1/0/1425:1429,1/0/1437:1439NANA
51➜1/0/1456:1460,1/0/1483:1489NANA
52➜1/0/1465:1467,1/0/1475:1478NANA
53➜1/0/1521:1529,1/0/1662:1665NANA
54➜1/0/1542:1546,1/0/1639:1643NANA
55➜1/0/1570:1574,1/0/1622:1627NANA
56➜1/0/1578:1583,1/0/1612:1618NANA
57➜1/0/1587:1592,1/0/1602:1608NANA
58➜1/0/1728:1734,1/0/2045:2047NANA
59➜1/0/1741:1743,1/0/2036:2038NANA
60➜1/0/1744:1747,1/0/2034:2035NANA
61➜1/0/1747:1752,1/0/2031:2034NANA
62➜1/0/1764:1769,1/0/1774:1780NANA
63➜1/0/1826:1827,1/0/2021:2023NANA
64➜1/0/1854:1860,1/0/1869:1877NANA
65➜1/0/1893:1896,1/0/1943:1944NANA
66➜1/0/1897:1898,1/0/1939:1942NANA
67➜1/0/1902:1905,1/0/1934:1935NANA
68➜1/0/1907:1913,1/0/1926:1932NANA
69➜1/0/1974:1975,1/0/2005:2008NANA
70➜1/0/1975:1986,1/0/2002:2005NANA
71➜1/0/2090:2093,1/0/2652:2654NANA
72➜1/0/2095:2097,1/0/2647:2650NANA
73➜1/0/2108:2110,1/0/2477:2478NANA
74➜1/0/2111:2112,1/0/2473:2476NANA
75➜1/0/2122:2124,1/0/2269:2272NANA
76➜1/0/2279:2280,1/0/2290:2292NANA
77➜1/0/2331:2333,1/0/2351:2355NANA
78➜1/0/2436:2438,1/0/2454:2455NANA
79➜1/0/2489:2490,1/0/2531:2533NANA
80➜1/0/2492:2494,1/0/2528:2529NANA
81➜1/0/2494:2496,1/0/2524:2528NANA
82➜1/0/2501:2505,1/0/2515:2519NANA
83➜1/0/2542:2543,1/0/2615:2617NANA
84➜1/0/2545:2547,1/0/2609:2613NANA
85➜1/0/2547:2548,1/0/2606:2609NANA
86➜1/0/2557:2558,1/0/2575:2578NANA
87➜1/0/2626:2627,1/0/2636:2638NANA
88➜1/0/2672:2676,1/0/2809:2817NANA
89➜1/0/2689:2695,1/0/2700:2705NANA
90➜1/0/2717:2721,1/0/2761:2763NANA
91➜1/0/2724:2728,1/0/2754:2758NANA
92➜1/0/2732:2733,1/0/2746:2750NANA
93➜1/0/2772:2777,1/0/2797:2802NANA
94➜1/0/2855:2857,1/0/2900:2903NANA
95➜1/0/2860:2861,1/0/2895:2897NANA
96➜1/0/2864:2869,1/0/2888:2892NANA
97➜1/0/2873:2876,1/0/2881:2884NANA
98➜1/9/15:16,1/9/64:66NANA
99➜1/9/21:28,1/9/54:59NANA
100➜1/9/29:30,1/9/50:53NANA
101➜1/9/33:37,1/9/43:47NANA
102➜1/9/72:74,1/9/107:109NANA
103➜1/9/75:81,1/9/101:106NANA
104➜1/9/86:88,1/9/95:96NANA

Problematic loops

No problematic loops

Valid loops

#loop idlocationannotationmotif
1➜1/0/240:244,1/0/267:273,1/0/377:379NANA
2➜1/0/774:780,1/0/866:868,1/0/884:887NANA
3➜1/0/789:791,1/0/823:828,1/0/853:856NANA
4➜1/0/1159:1161,1/0/1185:1194,1/0/1205:1208NANA
5➜1/0/1404:1409,1/0/1700:1703,1/0/1715:1718NANA
6➜1/0/1412:1415,1/0/1680:1686,1/0/1695:1697NANA
7➜1/0/2131:2134,1/0/2241:2245,1/0/2256:2262NANA
8➜1/0/2329:2331,1/0/2355:2357,1/0/2366:2371NANA
9➜1/0/2552:2555,1/0/2580:2583,1/0/2595:2602NANA
10➜1/9/9:14,1/9/67:71,1/9/110:114NANA

Problematic loops

No problematic loops


Coloring options:
Copyright 2023 BGSU RNA group. Page generated in 0.0871 s